Netiquette · Download · News · Gallery · Homepage · DSSR · Web-DSSR · DSSR Manual · G4 Structures · DSSR-Jmol · DSSR-PyMOL · Web-SNAP

Author Topic: modified isolated base--wrong pdb format?  (Read 4344 times)

Offline far217

  • regular
  • *
  • Posts: 3
    • View Profile
modified isolated base--wrong pdb format?
« on: December 11, 2006, 12:06:49 pm »
Hello,
I was trying to use X3DNA to calculate some helix parameter in a DNA duplex in which a base
(dG) is not
paired to its opposite base (I removed the dC base form my model). I can not generate
the .inp file from my
pdb file using find_pair.
This is my sequence:
5'-C1  C2   A3   T4    C5   G6  C7   T8    A9   C10  C11-3'
3-G21 G20 T19 A18 C17 ---  G16 A15 T14 G13  G12-5'

when I type find_pair -t iBdnaVacFINAL_x3dna2.pdb iBdnaVacFINAL_x3dna.inp
I get:

 ...... /usr/local/research/X3DNA/BASEPARS/ ......
 ...... reading file: misc_3dna.par ......

 ...... /usr/local/research/X3DNA/BASEPARS/ ......
 ...... reading file: baselist.dat ......

 ...... /usr/local/research/X3DNA/BASEPARS/ ......

 ...... /usr/local/research/X3DNA/BASEPARS/ ......
 ...... reading file: misc_3dna.par ......
no base-pairs found for this structure


===========================
this is the .inp file generated by the find_pair command:

iBdnaVacFINAL_x3dna2.pdb
iBdnaVacFINAL_x3dna2.out
    2         # duplex
    0         # number of base-pairs

===========================

More over, my DNA is a DNA adduct with a lesion at G6, but I removed the carcinogen
atomsx from the pdb file
to
make it easier to me and for the programme.

1) How to I fix this?
2) i can try to generate  the .inp file manually, but what number should I use to specify the
number of base
pairs, 11 or 10?


UPDATE:

now I created manually a .inp file:

iBdnaVacFINAL_x3dna.pdb
iBdnaVacFINAL_x3dna.out
    2            # duplex
   10           # number of base-pairs
    1     0     #
    1   21  0 #
    2   20  0
    3   19  0
    4   18  0
    5   17  0
    6         1
    7   16  0
    8   15  0
    9   14  0
   10  13  0
   11  12  0

and the, when I type analyze iBdnaVacFINAL_x3dna.inp
I get this error:

......Processing structure #1: <iBdnaVacFINAL_x3dna.inp>......

 ...... /usr/local/research/X3DNA/BASEPARS/ ......
 ...... reading file: misc_3dna.par ......

 ...... /usr/local/research/X3DNA/BASEPARS/ ......
 ...... reading file: baselist.dat ......
Non-base: residue   C    1  on chain A [#1]

Any help?
Thank you,
fabian.


===================
PDB file

ATOM      1 H5T  CYT     1    -273.519 337.365  -7.216                       H
ATOM      2 O5'  CYT     1    -274.367 337.343  -7.755                       O
ATOM      3 C5'  CYT     1    -274.072 336.902  -9.099                       C
ATOM      4 H5'1 CYT     1    -273.346 337.585  -9.550                       H
ATOM      5 H5'2 CYT     1    -273.604 335.913  -9.069                       H
ATOM      6 C4'  CYT     1    -275.332 336.840 -10.005                       C
ATOM      7 H4'  CYT     1    -275.023 336.582 -11.023                       H
ATOM      8 O4'  CYT     1    -276.228 335.803  -9.510                       O
ATOM      9 C1'  CYT     1    -277.560 336.330  -9.286                       C
ATOM     10 H1'  CYT     1    -278.132 336.206 -10.215                       H
ATOM     11 N1   CYT     1    -278.189 335.614  -8.159                       N
ATOM     12 C6   CYT     1    -277.600 335.619  -6.916                       C
ATOM     13 H6   CYT     1    -276.659 336.147  -6.779                       H
ATOM     14 C5   CYT     1    -278.176 334.955  -5.882                       C
ATOM     15 H5   CYT     1    -277.707 334.955  -4.909                       H
ATOM     16 C4   CYT     1    -279.389 334.262  -6.146                       C
ATOM     17 N4   CYT     1    -280.003 333.571  -5.200                       N
ATOM     18 H41  CYT     1    -279.607 333.529  -4.269                       H
ATOM     19 H42  CYT     1    -280.883 333.114  -5.453                       H
ATOM     20 N3   CYT     1    -279.966 334.233  -7.324                       N
ATOM     21 C2   CYT     1    -279.387 334.903  -8.349                       C
ATOM     22 O2   CYT     1    -279.962 334.845  -9.419                       O
ATOM     23 C3'  CYT     1    -276.160 338.148 -10.016                       C
ATOM     24 H3'  CYT     1    -275.570 339.006  -9.677                       H
ATOM     25 C2'  CYT     1    -277.328 337.836  -9.069                       C
ATOM     26 H2'1 CYT     1    -278.216 338.428  -9.278                       H
ATOM     27 H2'2 CYT     1    -277.020 338.044  -8.043                       H
ATOM     28 O3'  CYT     1    -276.645 338.376 -11.371                       O
ATOM     29 P    CYT     2    -277.401 339.776 -11.764                       P
ATOM     30 O1P  CYT     2    -277.065 340.919 -10.840                       O
ATOM     31 O2P  CYT     2    -277.066 340.175 -13.179                       O
ATOM     32 O5'  CYT     2    -278.958 339.292 -11.591                       O
ATOM     33 C5'  CYT     2    -279.557 338.469 -12.632                       C
ATOM     34 H5'1 CYT     2    -279.488 338.987 -13.593                       H
ATOM     35 H5'2 CYT     2    -279.000 337.532 -12.715                       H
ATOM     36 C4'  CYT     2    -281.043 338.163 -12.325                       C
ATOM     37 H4'  CYT     2    -281.451 337.531 -13.119                       H
ATOM     38 O4'  CYT     2    -281.155 337.445 -11.065                       O
ATOM     39 C1'  CYT     2    -282.345 337.870 -10.364                       C
ATOM     40 H1'  CYT     2    -283.207 337.361 -10.816                       H
ATOM     41 N1   CYT     2    -282.222 337.556  -8.928                       N
ATOM     42 C6   CYT     2    -281.117 337.967  -8.222                       C
ATOM     43 H6   CYT     2    -280.362 338.555  -8.730                       H
ATOM     44 C5   CYT     2    -280.971 337.626  -6.916                       C
ATOM     45 H5   CYT     2    -280.099 337.943  -6.366                       H
ATOM     46 C4   CYT     2    -282.007 336.848  -6.330                       C
ATOM     47 N4   CYT     2    -281.940 336.466  -5.065                       N
ATOM     48 H41  CYT     2    -281.109 336.664  -4.525                       H
ATOM     49 H42  CYT     2    -282.693 335.862  -4.726                       H
ATOM     50 N3   CYT     2    -283.085 336.465  -6.973                       N
ATOM     51 C2   CYT     2    -283.225 336.826  -8.270                       C
ATOM     52 O2   CYT     2    -284.258 336.485  -8.813                       O
ATOM     53 C3'  CYT     2    -281.917 339.434 -12.162                       C
ATOM     54 H3'  CYT     2    -281.336 340.344 -12.341                       H
ATOM     55 C2'  CYT     2    -282.417 339.366 -10.708                       C
ATOM     56 H2'1 CYT     2    -283.422 339.764 -10.580                       H
ATOM     57 H2'2 CYT     2    -281.738 339.941 -10.075                       H
ATOM     58 O3'  CYT     2    -283.027 339.355 -13.101                       O
ATOM     59 P    ADE     3    -283.978 340.662 -13.380                       P
ATOM     60 O1P  ADE     3    -283.304 341.977 -13.080                       O
ATOM     61 O2P  ADE     3    -284.456 340.669 -14.810                       O
ATOM     62 O5'  ADE     3    -285.181 340.342 -12.315                       O
ATOM     63 C5'  ADE     3    -286.146 339.304 -12.639                       C
ATOM     64 H5'1 ADE     3    -286.667 339.565 -13.565                       H
ATOM     65 H5'2 ADE     3    -285.618 338.361 -12.805                       H
ATOM     66 C4'  ADE     3    -287.175 339.120 -11.500                       C
ATOM     67 H4'  ADE     3    -287.860 338.308 -11.763                       H
ATOM     68 O4'  ADE     3    -286.498 338.761 -10.266                       O
ATOM     69 C1'  ADE     3    -287.212 339.325  -9.145                       C
ATOM     70 H1'  ADE     3    -288.096 338.709  -8.930                       H
ATOM     71 N9   ADE     3    -286.338 339.374  -7.974                       N
ATOM     72 C8   ADE     3    -285.058 339.893  -7.873                       C
ATOM     73 H8   ADE     3    -284.670 340.453  -8.726                       H
ATOM     74 N7   ADE     3    -284.390 339.636  -6.683                       N
ATOM     75 C5   ADE     3    -285.327 338.887  -5.950                       C
ATOM     76 C6   ADE     3    -285.364 338.266  -4.679                       C
ATOM     77 N6   ADE     3    -284.359 338.253  -3.790                       N
ATOM     78 H61  ADE     3    -284.459 337.681  -2.949                       H
ATOM     79 H62  ADE     3    -283.466 338.650  -4.061                       H
ATOM     80 N1   ADE     3    -286.443 337.612  -4.267                       N
ATOM     81 C2   ADE     3    -287.489 337.549  -5.073                       C
ATOM     82 H2   ADE     3    -288.347 337.007  -4.697                       H
ATOM     83 N3   ADE     3    -287.620 338.064  -6.287                       N
ATOM     84 C4   ADE     3    -286.505 338.750  -6.755                       C
ATOM     85 C3'  ADE     3    -287.982 340.404 -11.173                       C
ATOM     86 H3'  ADE     3    -287.688 341.236 -11.822                       H
ATOM     87 C2'  ADE     3    -287.654 340.689  -9.692                       C
ATOM     88 H2'1 ADE     3    -288.487 341.105  -9.122                       H
ATOM     89 H2'2 ADE     3    -286.824 341.398  -9.646                       H
ATOM     90 O3'  ADE     3    -289.393 340.109 -11.366                       O
ATOM     91 P    THY     4    -290.525 341.288 -11.247                       P
ATOM     92 O1P  THY     4    -289.979 342.679 -11.440                       O
ATOM     93 O2P  THY     4    -291.643 341.051 -12.230                       O
ATOM     94 O5'  THY     4    -290.981 341.011  -9.699                       O
ATOM     95 C5'  THY     4    -291.739 339.805  -9.407                       C
ATOM     96 H5'1 THY     4    -292.697 339.836  -9.935                       H
ATOM     97 H5'2 THY     4    -291.186 338.934  -9.768                       H
ATOM     98 C4'  THY     4    -291.982 339.649  -7.890                       C
ATOM     99 H4'  THY     4    -292.469 338.687  -7.704                       H
ATOM    100 O4'  THY     4    -290.722 339.665  -7.168                       O
ATOM    101 C1'  THY     4    -290.958 340.217  -5.854                       C
ATOM    102 H1'  THY     4    -291.491 339.458  -5.269                       H
ATOM    103 N1   THY     4    -289.687 340.598  -5.208                       N
ATOM    104 C6   THY     4    -288.811 341.467  -5.836                       C
ATOM    105 H6   THY     4    -289.078 341.872  -6.805                       H
ATOM    106 C5   THY     4    -287.621 341.797  -5.264                       C
ATOM    107 C7   THY     4    -286.699 342.778  -5.967                       C
ATOM    108 H71  THY     4    -286.525 343.641  -5.319                       H
ATOM    109 H72  THY     4    -285.732 342.310  -6.158                       H
ATOM    110 H73  THY     4    -287.122 343.132  -6.908                       H
ATOM    111 C4   THY     4    -287.220 341.222  -3.981                       C
ATOM    112 O4   THY     4    -286.156 341.392  -3.419                       O
ATOM    113 N3   THY     4    -288.169 340.412  -3.402                       N
ATOM    114 H3   THY     4    -287.944 340.016  -2.500                       H
ATOM    115 C2   THY     4    -289.388 340.072  -3.940                       C
ATOM    116 O2   THY     4    -290.135 339.345  -3.315                       O
ATOM    117 C3'  THY     4    -292.829 340.790  -7.268                       C
ATOM    118 H3'  THY     4    -293.075 341.555  -8.012                       H
ATOM    119 C2'  THY     4    -291.936 341.362  -6.150                       C
ATOM    120 H2'1 THY     4    -292.491 341.653  -5.259                       H
ATOM    121 H2'2 THY     4    -291.403 342.237  -6.528                       H
ATOM    122 O3'  THY     4    -294.042 340.201  -6.719                       O
ATOM    123 P    CYT     5    -295.323 341.142  -6.320                       P
ATOM    124 O1P  CYT     5    -295.419 342.403  -7.140                       O
ATOM    125 O2P  CYT     5    -296.609 340.366  -6.457                       O
ATOM    126 O5'  CYT     5    -294.934 341.455  -4.762                       O
ATOM    127 C5'  CYT     5    -295.179 340.440  -3.749                       C
ATOM    128 H5'1 CYT     5    -296.254 340.253  -3.677                       H
ATOM    129 H5'2 CYT     5    -294.692 339.506  -4.042                       H
ATOM    130 C4'  CYT     5    -294.637 340.897  -2.374                       C
ATOM    131 H4'  CYT     5    -294.875 340.147  -1.616                       H
ATOM    132 O4'  CYT     5    -293.185 341.025  -2.439                       O
ATOM    133 C1'  CYT     5    -292.789 342.198  -1.699                       C
ATOM    134 H1'  CYT     5    -292.890 341.966  -0.631                       H
ATOM    135 N1   CYT     5    -291.391 342.586  -1.993                       N
ATOM    136 C6   CYT     5    -291.064 343.331  -3.103                       C
ATOM    137 H6   CYT     5    -291.813 343.526  -3.860                       H
ATOM    138 C5   CYT     5    -289.812 343.838  -3.241                       C
ATOM    139 H5   CYT     5    -289.560 344.436  -4.103                       H
ATOM    140 C4   CYT     5    -288.878 343.565  -2.205                       C
ATOM    141 N4   CYT     5    -287.693 344.149  -2.189                       N
ATOM    142 H41  CYT     5    -287.622 345.062  -2.629                       H
ATOM    143 H42  CYT     5    -287.086 343.895  -1.407                       H
ATOM    144 N3   CYT     5    -289.144 342.803  -1.172                       N
ATOM    145 C2   CYT     5    -290.386 342.280  -1.056                       C
ATOM    146 O2   CYT     5    -290.575 341.554  -0.097                       O
ATOM    147 C3'  CYT     5    -295.162 342.303  -1.956                       C
ATOM    148 H3'  CYT     5    -295.954 342.676  -2.615                       H
ATOM    149 C2'  CYT     5    -293.913 343.185  -2.061                       C
ATOM    150 H2'1 CYT     5    -293.957 344.049  -1.399                       H
ATOM    151 H2'2 CYT     5    -293.824 343.541  -3.088                       H
ATOM    152 O3'  CYT     5    -295.608 342.342  -0.569                       O
ATOM    153 O1P  GUX     6    -297.254 340.324  -0.704                       O
ATOM    154 P    GUX     6    -297.065 341.711  -0.148                       P
ATOM    155 O2P  GUX     6    -297.236 341.714   1.348                       O
ATOM    156 O5'  GUX     6    -298.077 342.743  -0.912                       O
ATOM    157 C5'  GUX     6    -298.622 343.899  -0.223                       C
ATOM    158 H5'1 GUX     6    -299.413 344.296  -0.864                       H
ATOM    159 H5'2 GUX     6    -299.090 343.589   0.714                       H
ATOM    160 C4'  GUX     6    -297.562 345.005   0.020                       C
ATOM    161 O4'  GUX     6    -296.714 345.138  -1.150                       O
ATOM    162 H4'  GUX     6    -296.925 344.758   0.874                       H
ATOM    163 C3'  GUX     6    -298.185 346.425   0.198                       C
ATOM    164 O3'  GUX     6    -298.010 346.977   1.532                       O
ATOM    165 H3'  GUX     6    -299.243 346.455  -0.084                       H
ATOM    166 C2'  GUX     6    -297.406 347.316  -0.788                       C
ATOM    167 H2'1 GUX     6    -297.110 348.276  -0.359                       H
ATOM    168 H2'2 GUX     6    -298.030 347.510  -1.663                       H
ATOM    169 C1'  GUX     6    -296.186 346.471  -1.169                       C
ATOM    170 H1'  GUX     6    -295.420 346.557  -0.387                       H
ATOM    171 N9   GUX     6    -295.602 346.735  -2.477                       N
ATOM    172 C4   GUX     6    -294.270 346.761  -2.804                       C
ATOM    173 N3   GUX     6    -293.171 346.643  -1.968                       N
ATOM    174 C8   GUX     6    -296.218 346.813  -3.719                       C
ATOM    175 H8   GUX     6    -297.305 346.772  -3.758                       H
ATOM    176 N7   GUX     6    -295.368 346.911  -4.822                       N
ATOM    177 C5   GUX     6    -294.102 346.867  -4.219                       C
ATOM    178 C6   GUX     6    -292.820 346.878  -4.848                       C
ATOM    179 O6   GUX     6    -292.639 346.974  -6.052                       O
ATOM    180 N1   GUX     6    -291.785 346.759  -3.942                       N
ATOM    181 H1   GUX     6    -290.852 346.754  -4.307                       H
ATOM    182 C2   GUX     6    -291.993 346.651  -2.593                       C
ATOM    183 N2   GUX     6    -290.880 346.456  -1.876                       N
ATOM    184 H22  GUX     6    -289.976 346.419  -2.354                       H
ATOM    185 CB14 GUX     6    -290.672 347.175  -0.595                       C
ATOM    186 HB14 GUX     6    -291.541 347.116   0.064                       H
ATOM    187 CB15 GUX     6    -289.434 346.613   0.108                       C
ATOM    188 CB13 GUX     6    -290.512 348.704  -0.849                       C
ATOM    189 HB13 GUX     6    -291.416 349.075  -1.340                       H
ATOM    190 O13  GUX     6    -290.397 349.410   0.402                       O
ATOM    191 HO13 GUX     6    -289.764 350.162   0.234                       H
ATOM    192 CB12 GUX     6    -289.301 349.020  -1.777                       C
ATOM    193 HB12 GUX     6    -289.667 349.008  -2.809                       H
ATOM    194 O12  GUX     6    -288.789 350.350  -1.519                       O
ATOM    195 HO12 GUX     6    -289.476 351.021  -1.788                       H
ATOM    196 CB11 GUX     6    -288.159 347.963  -1.675                       C
ATOM    197 O11  GUX     6    -288.207 347.076  -2.812                       O
ATOM    198 HO11 GUX     6    -287.845 347.571  -3.601                       H
ATOM    199 HB11 GUX     6    -287.199 348.487  -1.717                       H
ATOM    200 CB16 GUX     6    -288.220 347.104  -0.413                       C
ATOM    201 CB10 GUX     6    -287.028 346.821   0.231                       C
ATOM    202 HB10 GUX     6    -286.096 347.223  -0.164                       H
ATOM    203 CB17 GUX     6    -287.020 346.116   1.418                       C
ATOM    204 CB9  GUX     6    -285.807 345.996   2.091                       C
ATOM    205 HB9  GUX     6    -284.898 346.436   1.683                       H
ATOM    206 CB8  GUX     6    -285.753 345.341   3.307                       C
ATOM    207 HB8  GUX     6    -284.806 345.270   3.840                       H
ATOM    208 CB20 GUX     6    -286.910 344.783   3.835                       C
ATOM    209 CB7  GUX     6    -286.820 344.130   5.057                       C
ATOM    210 HB7  GUX     6    -285.869 344.060   5.574                       H
ATOM    211 CB6  GUX     6    -287.948 343.566   5.620                       C
ATOM    212 HB6  GUX     6    -287.880 343.058   6.580                       H
ATOM    213 CB5  GUX     6    -289.164 343.645   4.955                       C
ATOM    214 HB5  GUX     6    -289.995 343.174   5.460                       H
ATOM    215 CB22 GUX     6    -289.284 344.281   3.701                       C
ATOM    216 CB23 GUX     6    -290.483 344.292   2.958                       C
ATOM    217 CB4  GUX     6    -291.619 343.598   3.427                       C
ATOM    218 HB4  GUX     6    -291.647 343.085   4.377                       H
ATOM    219 CB3  GUX     6    -292.778 343.499   2.680                       C
ATOM    220 HB3  GUX     6    -293.638 342.952   3.065                       H
ATOM    221 CB2  GUX     6    -292.823 344.069   1.427                       C
ATOM    222 HB2  GUX     6    -293.726 343.968   0.827                       H
ATOM    223 CB1  GUX     6    -291.710 344.741   0.938                       C
ATOM    224 HB1  GUX     6    -291.804 345.072  -0.079                       H
ATOM    225 CB24 GUX     6    -290.542 344.953   1.702                       C
ATOM    226 CB19 GUX     6    -289.422 345.701   1.219                       C
ATOM    227 CB18 GUX     6    -288.203 345.554   1.921                       C
ATOM    228 CB21 GUX     6    -288.137 344.869   3.148                       C
ATOM    229 P    CYT     7    -299.042 346.531   2.711                       P
ATOM    230 O1P  CYT     7    -299.577 347.792   3.333                       O
ATOM    231 O2P  CYT     7    -300.177 345.677   2.215                       O
ATOM    232 O5'  CYT     7    -297.975 345.776   3.690                       O
ATOM    233 C5'  CYT     7    -298.026 344.331   3.844                       C
ATOM    234 H5'1 CYT     7    -299.024 344.040   4.183                       H
ATOM    235 H5'2 CYT     7    -297.846 343.852   2.881                       H
ATOM    236 C4'  CYT     7    -296.973 343.853   4.875                       C
ATOM    237 H4'  CYT     7    -297.077 342.775   5.011                       H
ATOM    238 O4'  CYT     7    -295.649 344.159   4.351                       O
ATOM    239 C1'  CYT     7    -294.846 344.897   5.309                       C
ATOM    240 H1'  CYT     7    -294.263 344.166   5.884                       H
ATOM    241 N1   CYT     7    -293.951 345.849   4.624                       N
ATOM    242 C6   CYT     7    -294.326 346.466   3.451                       C
ATOM    243 H6   CYT     7    -295.290 346.225   3.008                       H
ATOM    244 C5   CYT     7    -293.485 347.344   2.844                       C
ATOM    245 H5   CYT     7    -293.777 347.805   1.912                       H
ATOM    246 C4   CYT     7    -292.240 347.604   3.488                       C
ATOM    247 N4   CYT     7    -291.338 348.428   2.986                       N
ATOM    248 H41  CYT     7    -291.419 348.774   2.033                       H
ATOM    249 H42  CYT     7    -290.432 348.435   3.459                       H
ATOM    250 N3   CYT     7    -291.877 347.051   4.620                       N
ATOM    251 C2   CYT     7    -292.706 346.152   5.195                       C
ATOM    252 O2   CYT     7    -292.305 345.628   6.215                       O
ATOM    253 C3'  CYT     7    -297.077 344.614   6.226                       C
ATOM    254 H3'  CYT     7    -297.991 345.216   6.245                       H
ATOM    255 C2'  CYT     7    -295.872 345.564   6.236                       C
ATOM    256 H2'1 CYT     7    -295.476 345.750   7.235                       H
ATOM    257 H2'2 CYT     7    -296.180 346.522   5.811                       H
ATOM    258 O3'  CYT     7    -297.142 343.754   7.412                       O
ATOM    259 P    THY     8    -296.032 342.612   7.832                       P
ATOM    260 O1P  THY     8    -296.650 341.676   8.840                       O
ATOM    261 O2P  THY     8    -295.488 341.776   6.706                       O
ATOM    262 O5'  THY     8    -294.860 343.536   8.505                       O
ATOM    263 C5'  THY     8    -295.124 344.238   9.750                       C
ATOM    264 H5'1 THY     8    -295.934 344.956   9.591                       H
ATOM    265 H5'2 THY     8    -295.444 343.527  10.517                       H
ATOM    266 C4'  THY     8    -293.847 344.971  10.222                       C
ATOM    267 H4'  THY     8    -293.066 344.242  10.460                       H
ATOM    268 O4'  THY     8    -293.354 345.845   9.176                       O
ATOM    269 C1'  THY     8    -292.657 346.953   9.779                       C
ATOM    270 H1'  THY     8    -291.695 346.579  10.153                       H
ATOM    271 N1   THY     8    -292.464 348.031   8.793                       N
ATOM    272 C6   THY     8    -293.513 348.437   7.992                       C
ATOM    273 H6   THY     8    -294.488 347.989   8.140                       H
ATOM    274 C5   THY     8    -293.336 349.374   7.022                       C
ATOM    275 C7   THY     8    -294.524 349.807   6.180                       C
ATOM    276 H71  THY     8    -294.689 350.880   6.304                       H
ATOM    277 H72  THY     8    -294.321 349.620   5.124                       H
ATOM    278 H73  THY     8    -295.437 349.280   6.466                       H
ATOM    279 C4   THY     8    -292.018 349.965   6.789                       C
ATOM    280 O4   THY     8    -291.745 350.798   5.947                       O
ATOM    281 N3   THY     8    -291.031 349.515   7.638                       N
ATOM    282 H3   THY     8    -290.108 349.910   7.527                       H
ATOM    283 C2   THY     8    -291.199 348.631   8.679                       C
ATOM    284 O2   THY     8    -290.278 348.419   9.444                       O
ATOM    285 C3'  THY     8    -294.091 345.913  11.431                       C
ATOM    286 H3'  THY     8    -295.158 345.969  11.671                       H
ATOM    287 C2'  THY     8    -293.561 347.288  10.972                       C
ATOM    288 H2'1 THY     8    -293.013 347.824  11.747                       H
ATOM    289 H2'2 THY     8    -294.401 347.908  10.651                       H
ATOM    290 O3'  THY     8    -293.332 345.425  12.572                       O
ATOM    291 P    ADE     9    -293.805 345.812  14.093                       P
ATOM    292 O1P  ADE     9    -295.303 345.897  14.241                       O
ATOM    293 O2P  ADE     9    -293.273 344.807  15.083                       O
ATOM    294 O5'  ADE     9    -293.109 347.288  14.218                       O
ATOM    295 C5'  ADE     9    -291.756 347.399  14.739                       C
ATOM    296 H5'1 ADE     9    -291.740 347.035  15.769                       H
ATOM    297 H5'2 ADE     9    -291.083 346.768  14.151                       H
ATOM    298 C4'  ADE     9    -291.261 348.867  14.697                       C
ATOM    299 H4'  ADE     9    -290.304 348.950  15.220                       H
ATOM    300 O4'  ADE     9    -291.051 349.259  13.311                       O
ATOM    301 C1'  ADE     9    -291.338 350.665  13.186                       C
ATOM    302 H1'  ADE     9    -290.515 351.225  13.646                       H
ATOM    303 N9   ADE     9    -291.460 351.066  11.779                       N
ATOM    304 C8   ADE     9    -292.575 351.052  10.952                       C
ATOM    305 H8   ADE     9    -293.478 350.553  11.306                       H
ATOM    306 N7   ADE     9    -292.430 351.691   9.728                       N
ATOM    307 C5   ADE     9    -291.098 352.133   9.755                       C
ATOM    308 C6   ADE     9    -290.254 352.852   8.876                       C
ATOM    309 N6   ADE     9    -290.622 353.293   7.664                       N
ATOM    310 H61  ADE     9    -289.942 353.800   7.096                       H
ATOM    311 H62  ADE     9    -291.533 353.030   7.300                       H
ATOM    312 N1   ADE     9    -288.988 353.112   9.187                       N
ATOM    313 C2   ADE     9    -288.538 352.673  10.353                       C
ATOM    314 H2   ADE     9    -287.501 352.896  10.571                       H
ATOM    315 N3   ADE     9    -289.190 351.994  11.292                       N
ATOM    316 C4   ADE     9    -290.522 351.719  10.999                       C
ATOM    317 C3'  ADE     9    -292.290 349.894  15.262                       C
ATOM    318 H3'  ADE     9    -293.202 349.413  15.628                       H
ATOM    319 C2'  ADE     9    -292.598 350.798  14.060                       C
ATOM    320 H2'1 ADE     9    -292.803 351.830  14.351                       H
ATOM    321 H2'2 ADE     9    -293.475 350.400  13.547                       H
ATOM    322 O3'  ADE     9    -291.748 350.742  16.313                       O
ATOM    323 P    CYT    10    -291.286 350.098  17.746                       P
ATOM    324 O1P  CYT    10    -291.820 350.899  18.906                       O
ATOM    325 O2P  CYT    10    -291.654 348.650  17.931                       O
ATOM    326 O5'  CYT    10    -289.682 350.306  17.498                       O
ATOM    327 C5'  CYT    10    -289.083 351.562  17.915                       C
ATOM    328 H5'1 CYT    10    -289.805 352.375  17.800                       H
ATOM    329 H5'2 CYT    10    -288.823 351.493  18.975                       H
ATOM    330 C4'  CYT    10    -287.830 351.880  17.067                       C
ATOM    331 H4'  CYT    10    -287.116 351.053  17.118                       H
ATOM    332 O4'  CYT    10    -288.257 352.103  15.688                       O
ATOM    333 C1'  CYT    10    -287.972 353.460  15.262                       C
ATOM    334 H1'  CYT    10    -286.992 353.446  14.765                       H
ATOM    335 N1   CYT    10    -289.026 353.957  14.356                       N
ATOM    336 C6   CYT    10    -290.356 353.837  14.690                       C
ATOM    337 H6   CYT    10    -290.626 353.346  15.621                       H
ATOM    338 C5   CYT    10    -291.316 354.306  13.850                       C
ATOM    339 H5   CYT    10    -292.358 354.203  14.108                       H
ATOM    340 C4   CYT    10    -290.884 354.918  12.643                       C
ATOM    341 N4   CYT    10    -291.750 355.351  11.741                       N
ATOM    342 H41  CYT    10    -292.744 355.267  11.912                       H
ATOM    343 H42  CYT    10    -291.364 355.781  10.896                       H
ATOM    344 N3   CYT    10    -289.625 355.075  12.320                       N
ATOM    345 C2   CYT    10    -288.676 354.598  13.157                       C
ATOM    346 O2   CYT    10    -287.523 354.756  12.804                       O
ATOM    347 C3'  CYT    10    -287.181 353.212  17.516                       C
ATOM    348 H3'  CYT    10    -287.388 353.425  18.570                       H
ATOM    349 C2'  CYT    10    -287.827 354.238  16.578                       C
ATOM    350 H2'1 CYT    10    -287.223 355.134  16.454                       H
ATOM    351 H2'2 CYT    10    -288.805 354.530  16.967                       H
ATOM    352 O3'  CYT    10    -285.744 353.155  17.284                       O
ATOM    353 P    CYT    11    -284.747 354.225  18.029                       P
ATOM    354 O1P  CYT    11    -285.244 354.651  19.387                       O
ATOM    355 O2P  CYT    11    -283.365 353.640  18.180                       O
ATOM    356 O5'  CYT    11    -284.800 355.467  16.962                       O
ATOM    357 C5'  CYT    11    -283.964 355.414  15.774                       C
ATOM    358 H5'1 CYT    11    -282.913 355.368  16.073                       H
ATOM    359 H5'2 CYT    11    -284.193 354.505  15.211                       H
ATOM    360 C4'  CYT    11    -284.184 356.650  14.868                       C
ATOM    361 H4'  CYT    11    -283.512 356.583  14.007                       H
ATOM    362 O4'  CYT    11    -285.549 356.680  14.370                       O
ATOM    363 C1'  CYT    11    -285.956 358.055  14.197                       C
ATOM    364 H1'  CYT    11    -285.457 358.438  13.297                       H
ATOM    365 N1   CYT    11    -287.424 358.150  14.072                       N
ATOM    366 C6   CYT    11    -288.247 357.602  15.026                       C
ATOM    367 H6   CYT    11    -287.802 357.149  15.904                       H
ATOM    368 C5   CYT    11    -289.595 357.622  14.864                       C
ATOM    369 H5   CYT    11    -290.238 357.181  15.611                       H
ATOM    370 C4   CYT    11    -290.099 358.238  13.686                       C
ATOM    371 N4   CYT    11    -291.399 358.315  13.453                       N
ATOM    372 H41  CYT    11    -292.050 357.898  14.107                       H
ATOM    373 H42  CYT    11    -291.687 358.690  12.546                       H
ATOM    374 N3   CYT    11    -289.338 358.824  12.792                       N
ATOM    375 C2   CYT    11    -287.997 358.810  12.972                       C
ATOM    376 O2   CYT    11    -287.340 359.416  12.147                       O
ATOM    377 C3'  CYT    11    -283.980 358.015  15.584                       C
ATOM    378 H3'  CYT    11    -283.732 357.883  16.643                       H
ATOM    379 C2'  CYT    11    -285.334 358.732  15.429                       C
ATOM    380 H2'1 CYT    11    -285.232 359.812  15.294                       H
ATOM    381 H2'2 CYT    11    -285.940 358.551  16.320                       H
ATOM    382 O3'  CYT    11    -282.957 358.789  14.924                       O
ATOM    383 H3T  CYT    11    -282.804 359.638  15.437                       H
ATOM    384 H5T  GUA    12    -294.467 362.958   2.658                       H
ATOM    385 O5'  GUA    12    -293.604 362.895   3.168                       O
ATOM    386 C5'  GUA    12    -293.020 364.212   3.293                       C
ATOM    387 H5'1 GUA    12    -292.827 364.617   2.294                       H
ATOM    388 H5'2 GUA    12    -293.731 364.887   3.781                       H
ATOM    389 C4'  GUA    12    -291.693 364.204   4.097                       C
ATOM    390 H4'  GUA    12    -291.262 365.210   4.085                       H
ATOM    391 O4'  GUA    12    -291.972 363.830   5.478                       O
ATOM    392 C1'  GUA    12    -291.019 362.832   5.919                       C
ATOM    393 H1'  GUA    12    -290.110 363.339   6.265                       H
ATOM    394 N9   GUA    12    -291.560 362.012   7.000                       N
ATOM    395 C8   GUA    12    -292.844 361.504   7.170                       C
ATOM    396 H8   GUA    12    -293.591 361.771   6.418                       H
ATOM    397 N7   GUA    12    -293.044 360.702   8.294                       N
ATOM    398 C5   GUA    12    -291.769 360.703   8.878                       C
ATOM    399 C6   GUA    12    -291.359 360.046  10.072                       C
ATOM    400 O6   GUA    12    -292.089 359.381  10.787                       O
ATOM    401 N1   GUA    12    -290.024 360.261  10.351                       N
ATOM    402 H1   GUA    12    -289.648 359.835  11.187                       H
ATOM    403 C2   GUA    12    -289.215 361.037   9.570                       C
ATOM    404 N2   GUA    12    -287.945 361.105   9.945                       N
ATOM    405 H21  GUA    12    -287.302 361.442   9.234                       H
ATOM    406 H22  GUA    12    -287.615 360.489  10.697                       H
ATOM    407 N3   GUA    12    -289.554 361.685   8.461                       N
ATOM    408 C4   GUA    12    -290.885 361.506   8.088                       C
ATOM    409 C3'  GUA    12    -290.651 363.175   3.581                       C
ATOM    410 H3'  GUA    12    -290.898 362.814   2.577                       H
ATOM    411 C2'  GUA    12    -290.710 362.060   4.632                       C
ATOM    412 H2'1 GUA    12    -289.788 361.486   4.703                       H
ATOM    413 H2'2 GUA    12    -291.529 361.376   4.396                       H
ATOM    414 O3'  GUA    12    -289.334 363.799   3.588                       O
ATOM    415 P    GUA    13    -288.052 363.050   2.889                       P
ATOM    416 O1P  GUA    13    -288.450 362.050   1.834                       O
ATOM    417 O2P  GUA    13    -287.134 364.071   2.265                       O
ATOM    418 O5'  GUA    13    -287.385 362.312   4.194                       O
ATOM    419 C5'  GUA    13    -286.646 363.110   5.163                       C
ATOM    420 H5'1 GUA    13    -285.954 363.774   4.638                       H
ATOM    421 H5'2 GUA    13    -287.348 363.737   5.720                       H
ATOM    422 C4'  GUA    13    -285.833 362.227   6.145                       C
ATOM    423 H4'  GUA    13    -285.287 362.877   6.835                       H
ATOM    424 O4'  GUA    13    -286.724 361.370   6.915                       O
ATOM    425 C1'  GUA    13    -286.237 360.004   6.913                       C
ATOM    426 H1'  GUA    13    -285.491 359.889   7.709                       H
ATOM    427 N9   GUA    13    -287.337 359.068   7.136                       N
ATOM    428 C8   GUA    13    -288.601 359.074   6.554                       C
ATOM    429 H8   GUA    13    -288.745 359.726   5.692                       H
ATOM    430 N7   GUA    13    -289.574 358.296   7.175                       N
ATOM    431 C5   GUA    13    -288.855 357.732   8.234                       C
ATOM    432 C6   GUA    13    -289.346 356.863   9.247                       C
ATOM    433 O6   GUA    13    -290.498 356.478   9.335                       O
ATOM    434 N1   GUA    13    -288.362 356.517  10.151                       N
ATOM    435 H1   GUA    13    -288.630 355.920  10.920                       H
ATOM    436 C2   GUA    13    -287.081 356.981  10.078                       C
ATOM    437 N2   GUA    13    -286.249 356.502  10.993                       N
ATOM    438 H21  GUA    13    -285.267 356.508  10.746                       H
ATOM    439 H22  GUA    13    -286.602 355.839  11.692                       H
ATOM    440 N3   GUA    13    -286.577 357.791   9.152                       N
ATOM    441 C4   GUA    13    -287.501 358.196   8.190                       C
ATOM    442 C3'  GUA    13    -284.849 361.265   5.432                       C
ATOM    443 H3'  GUA    13    -284.680 361.553   4.389                       H
ATOM    444 C2'  GUA    13    -285.538 359.896   5.554                       C
ATOM    445 H2'1 GUA    13    -284.851 359.051   5.503                       H
ATOM    446 H2'2 GUA    13    -286.277 359.794   4.757                       H
ATOM    447 O3'  GUA    13    -283.596 361.279   6.175                       O
ATOM    448 P    THY    14    -282.257 360.558   5.569                       P
ATOM    449 O1P  THY    14    -282.267 360.445   4.066                       O
ATOM    450 O2P  THY    14    -281.018 361.303   5.997                       O
ATOM    451 O5'  THY    14    -282.403 359.092   6.285                       O
ATOM    452 C5'  THY    14    -281.986 358.921   7.670                       C
ATOM    453 H5'1 THY    14    -280.957 359.271   7.783                       H
ATOM    454 H5'2 THY    14    -282.622 359.528   8.320                       H
ATOM    455 C4'  THY    14    -282.059 357.432   8.095                       C
ATOM    456 H4'  THY    14    -281.646 357.319   9.102                       H
ATOM    457 O4'  THY    14    -283.449 356.988   8.096                       O
ATOM    458 C1'  THY    14    -283.563 355.727   7.396                       C
ATOM    459 H1'  THY    14    -283.237 354.934   8.080                       H
ATOM    460 N1   THY    14    -284.961 355.484   6.976                       N
ATOM    461 C6   THY    14    -285.444 355.949   5.767                       C
ATOM    462 H6   THY    14    -284.793 356.500   5.104                       H
ATOM    463 C5   THY    14    -286.732 355.732   5.390                       C
ATOM    464 C7   THY    14    -287.210 356.250   4.044                       C
ATOM    465 H71  THY    14    -286.418 356.775   3.505                       H
ATOM    466 H72  THY    14    -287.554 355.414   3.431                       H
ATOM    467 H73  THY    14    -288.054 356.929   4.186                       H
ATOM    468 C4   THY    14    -287.654 355.004   6.258                       C
ATOM    469 O4   THY    14    -288.819 354.766   6.012                       O
ATOM    470 N3   THY    14    -287.106 354.571   7.446                       N
ATOM    471 H3   THY    14    -287.710 354.051   8.071                       H
ATOM    472 C2   THY    14    -285.795 354.746   7.839                       C
ATOM    473 O2   THY    14    -285.415 354.249   8.881                       O
ATOM    474 C3'  THY    14    -281.322 356.494   7.102                       C
ATOM    475 H3'  THY    14    -280.643 357.052   6.450                       H
ATOM    476 C2'  THY    14    -282.474 355.853   6.315                       C
ATOM    477 H2'1 THY    14    -282.217 354.898   5.862                       H
ATOM    478 H2'2 THY    14    -282.761 356.542   5.522                       H
ATOM    479 O3'  THY    14    -280.607 355.463   7.844                       O
ATOM    480 P    ADE    15    -279.209 354.859   7.239                       P
ATOM    481 O1P  ADE    15    -278.312 355.936   6.683                       O
ATOM    482 O2P  ADE    15    -278.443 354.096   8.289                       O
ATOM    483 O5'  ADE    15    -279.807 353.916   6.038                       O
ATOM    484 C5'  ADE    15    -279.925 352.473   6.196                       C
ATOM    485 H5'1 ADE    15    -280.257 352.064   5.239                       H
ATOM    486 H5'2 ADE    15    -278.938 352.050   6.405                       H
ATOM    487 C4'  ADE    15    -280.921 352.052   7.308                       C
ATOM    488 H4'  ADE    15    -280.573 352.363   8.298                       H
ATOM    489 O4'  ADE    15    -282.238 352.603   7.074                       O
ATOM    490 C1'  ADE    15    -283.264 351.773   7.682                       C
ATOM    491 H1'  ADE    15    -283.582 352.225   8.629                       H
ATOM    492 N9   ADE    15    -284.420 351.691   6.784                       N
ATOM    493 C8   ADE    15    -284.596 352.279   5.538                       C
ATOM    494 H8   ADE    15    -283.730 352.740   5.059                       H
ATOM    495 N7   ADE    15    -285.886 352.244   5.028                       N
ATOM    496 C5   ADE    15    -286.598 351.540   6.012                       C
ATOM    497 C6   ADE    15    -287.939 351.131   6.192                       C
ATOM    498 N6   ADE    15    -288.944 351.391   5.341                       N
ATOM    499 H61  ADE    15    -289.893 351.105   5.586                       H
ATOM    500 H62  ADE    15    -288.745 351.917   4.497                       H
ATOM    501 N1   ADE    15    -288.310 350.455   7.273                       N
ATOM    502 C2   ADE    15    -287.396 350.191   8.193                       C
ATOM    503 H2   ADE    15    -287.743 349.644   9.060                       H
ATOM    504 N3   ADE    15    -286.109 350.516   8.194                       N
ATOM    505 C4   ADE    15    -285.683 351.207   7.065                       C
ATOM    506 C3'  ADE    15    -281.193 350.540   7.296                       C
ATOM    507 H3'  ADE    15    -281.261 350.184   6.262                       H
ATOM    508 C2'  ADE    15    -282.567 350.424   7.965                       C
ATOM    509 H2'1 ADE    15    -282.452 350.293   9.044                       H
ATOM    510 H2'2 ADE    15    -283.128 349.573   7.579                       H
ATOM    511 O3'  ADE    15    -280.183 349.823   8.052                       O
ATOM    512 P    GUA    16    -279.579 348.421   7.459                       P
ATOM    513 O1P  GUA    16    -279.244 348.511   5.992                       O
ATOM    514 O2P  GUA    16    -278.347 348.008   8.224                       O
ATOM    515 O5'  GUA    16    -280.877 347.460   7.725                       O
ATOM    516 C5'  GUA    16    -281.118 346.958   9.069                       C
ATOM    517 H5'1 GUA    16    -280.292 346.312   9.376                       H
ATOM    518 H5'2 GUA    16    -281.157 347.802   9.764                       H
ATOM    519 C4'  GUA    16    -282.457 346.187   9.137                       C
ATOM    520 H4'  GUA    16    -282.677 345.905  10.172                       H
ATOM    521 O4'  GUA    16    -283.524 347.043   8.655                       O
ATOM    522 C1'  GUA    16    -284.610 346.232   8.162                       C
ATOM    523 H1'  GUA    16    -285.243 345.937   9.008                       H
ATOM    524 N9   GUA    16    -285.406 346.976   7.187                       N
ATOM    525 C8   GUA    16    -284.963 347.755   6.122                       C
ATOM    526 H8   GUA    16    -283.886 347.915   6.032                       H
ATOM    527 N7   GUA    16    -285.937 348.196   5.233                       N
ATOM    528 C5   GUA    16    -287.098 347.637   5.779                       C
ATOM    529 C6   GUA    16    -288.418 347.705   5.255                       C
ATOM    530 O6   GUA    16    -288.731 348.300   4.240                       O
ATOM    531 N1   GUA    16    -289.319 347.003   6.027                       N
ATOM    532 H1   GUA    16    -290.270 346.944   5.693                       H
ATOM    533 C2   GUA    16    -288.966 346.329   7.161                       C
ATOM    534 N2   GUA    16    -289.949 345.655   7.746                       N
ATOM    535 H21  GUA    16    -289.696 345.042   8.510                       H
ATOM    536 H22  GUA    16    -290.854 345.572   7.268                       H
ATOM    537 N3   GUA    16    -287.747 346.228   7.690                       N
ATOM    538 C4   GUA    16    -286.766 346.911   6.969                       C
ATOM    539 C3'  GUA    16    -282.525 344.932   8.231                       C
ATOM    540 H3'  GUA    16    -281.755 344.956   7.452                       H
ATOM    541 C2'  GUA    16    -283.913 344.991   7.575                       C
ATOM    542 H2'1 GUA    16    -284.494 344.090   7.785                       H
ATOM    543 H2'2 GUA    16    -283.795 345.081   6.492                       H
ATOM    544 O3'  GUA    16    -282.453 343.705   9.006                       O
ATOM    545 P    GUA    17    -281.064 342.842   9.022                       P
ATOM    546 O1P  GUA    17    -279.835 343.692   9.211                       O
ATOM    547 O2P  GUA    17    -281.102 341.789  10.099                       O
ATOM    548 O5'  GUA    17    -281.134 342.228   7.500                       O
ATOM    549 C5'  GUA    17    -281.730 340.922   7.251                       C
ATOM    550 H5'1 GUA    17    -281.452 340.608   6.241                       H
ATOM    551 H5'2 GUA    17    -281.300 340.195   7.945                       H
ATOM    552 C4'  GUA    17    -283.277 340.934   7.372                       C
ATOM    553 H4'  GUA    17    -283.588 341.334   8.340                       H
ATOM    554 O4'  GUA    17    -283.830 341.744   6.293                       O
ATOM    555 C1'  GUA    17    -284.805 341.002   5.514                       C
ATOM    556 H1'  GUA    17    -285.801 341.170   5.941                       H
ATOM    557 N9   GUA    17    -284.788 341.437   4.114                       N
ATOM    558 C8   GUA    17    -283.749 342.046   3.416                       C
ATOM    559 H8   GUA    17    -282.775 342.096   3.909                       H
ATOM    560 N7   GUA    17    -284.063 342.567   2.166                       N
ATOM    561 C5   GUA    17    -285.422 342.250   2.057                       C
ATOM    562 C6   GUA    17    -286.295 342.572   0.982                       C
ATOM    563 O6   GUA    17    -285.967 343.182  -0.021                       O
ATOM    564 N1   GUA    17    -287.576 342.113   1.202                       N
ATOM    565 H1   GUA    17    -288.267 342.301   0.491                       H
ATOM    566 C2   GUA    17    -287.945 341.440   2.331                       C
ATOM    567 N2   GUA    17    -289.195 340.996   2.327                       N
ATOM    568 H21  GUA    17    -289.454 340.324   3.037                       H
ATOM    569 H22  GUA    17    -289.786 341.173   1.507                       H
ATOM    570 N3   GUA    17    -287.163 341.094   3.353                       N
ATOM    571 C4   GUA    17    -285.846 341.543   3.231                       C
ATOM    572 C3'  GUA    17    -283.864 339.515   7.164                       C
ATOM    573 H3'  GUA    17    -283.096 338.745   7.290                       H
ATOM    574 C2'  GUA    17    -284.401 339.540   5.727                       C
ATOM    575 H2'1 GUA    17    -285.244 338.865   5.581                       H
ATOM    576 H2'2 GUA    17    -283.601 339.267   5.034                       H
ATOM    577 O3'  GUA    17    -284.962 339.303   8.096                       O
ATOM    578 P    ADE    18    -285.279 337.790   8.648                       P
ATOM    579 O1P  ADE    18    -284.035 336.966   8.866                       O
ATOM    580 O2P  ADE    18    -286.053 337.846   9.941                       O
ATOM    581 O5'  ADE    18    -286.158 337.215   7.392                       O
ATOM    582 C5'  ADE    18    -287.596 337.424   7.385                       C
ATOM    583 H5'1 ADE    18    -288.041 336.905   8.239                       H
ATOM    584 H5'2 ADE    18    -287.808 338.492   7.492                       H
ATOM    585 C4'  ADE    18    -288.233 336.903   6.076                       C
ATOM    586 H4'  ADE    18    -289.317 337.040   6.119                       H
ATOM    587 O4'  ADE    18    -287.728 337.663   4.947                       O
ATOM    588 C1'  ADE    18    -287.686 336.813   3.783                       C
ATOM    589 H1'  ADE    18    -288.702 336.703   3.380                       H
ATOM    590 N9   ADE    18    -286.813 337.406   2.771                       N
ATOM    591 C8   ADE    18    -285.468 337.731   2.866                       C
ATOM    592 H8   ADE    18    -284.923 337.397   3.750                       H
ATOM    593 N7   ADE    18    -284.946 338.477   1.818                       N
ATOM    594 C5   ADE    18    -286.053 338.647   0.972                       C
ATOM    595 C6   ADE    18    -286.296 339.295  -0.261                       C
ATOM    596 N6   ADE    18    -285.382 339.973  -0.973                       N
ATOM    597 H61  ADE    18    -285.679 340.449  -1.828                       H
ATOM    598 H62  ADE    18    -284.431 340.035  -0.624                       H
ATOM    599 N1   ADE    18    -287.499 339.277  -0.818                       N
ATOM    600 C2   ADE    18    -288.475 338.639  -0.194                       C
ATOM    601 H2   ADE    18    -289.438 338.640  -0.689                       H
ATOM    602 N3   ADE    18    -288.419 337.978   0.955                       N
ATOM    603 C4   ADE    18    -287.173 337.983   1.571                       C
ATOM    604 C3'  ADE    18    -287.908 335.419   5.756                       C
ATOM    605 H3'  ADE    18    -287.239 334.984   6.506                       H
ATOM    606 C2'  ADE    18    -287.226 335.473   4.374                       C
ATOM    607 H2'1 ADE    18    -287.485 334.639   3.723                       H
ATOM    608 H2'2 ADE    18    -286.146 335.463   4.524                       H
ATOM    609 O3'  ADE    18    -289.157 334.672   5.710                       O
ATOM    610 P    THY    19    -289.158 333.040   5.549                       P
ATOM    611 O1P  THY    19    -287.881 332.384   6.009                       O
ATOM    612 O2P  THY    19    -290.323 332.433   6.288                       O
ATOM    613 O5'  THY    19    -289.337 332.961   3.922                       O
ATOM    614 C5'  THY    19    -290.636 333.272   3.348                       C
ATOM    615 H5'1 THY    19    -291.350 332.484   3.604                       H
ATOM    616 H5'2 THY    19    -291.002 334.209   3.777                       H
ATOM    617 C4'  THY    19    -290.548 333.434   1.813                       C
ATOM    618 H4'  THY    19    -291.509 333.794   1.433                       H
ATOM    619 O4'  THY    19    -289.524 334.393   1.447                       O
ATOM    620 C1'  THY    19    -289.221 334.191   0.048                       C
ATOM    621 H1'  THY    19    -290.044 334.640  -0.523                       H
ATOM    622 N1   THY    19    -287.929 334.800  -0.319                       N
ATOM    623 C6   THY    19    -286.796 334.526   0.421                       C
ATOM    624 H6   THY    19    -286.879 333.868   1.277                       H
ATOM    625 C5   THY    19    -285.591 335.062   0.089                       C
ATOM    626 C7   THY    19    -284.371 334.725   0.929                       C
ATOM    627 H71  THY    19    -283.922 335.641   1.319                       H
ATOM    628 H72  THY    19    -284.623 334.070   1.766                       H
ATOM    629 H73  THY    19    -283.624 334.227   0.307                       H
ATOM    630 C4   THY    19    -285.462 335.957  -1.062                       C
ATOM    631 O4   THY    19    -284.450 336.526  -1.419                       O
ATOM    632 N3   THY    19    -286.630 336.150  -1.765                       N
ATOM    633 H3   THY    19    -286.581 336.736  -2.586                       H
ATOM    634 C2   THY    19    -287.856 335.594  -1.477                       C
ATOM    635 O2   THY    19    -288.800 335.803  -2.214                       O
ATOM    636 C3'  THY    19    -290.148 332.150   1.052                       C
ATOM    637 H3'  THY    19    -289.558 331.494   1.701                       H
ATOM    638 C2'  THY    19    -289.282 332.662  -0.117                       C
ATOM    639 H2'1 THY    19    -289.707 332.420  -1.089                       H
ATOM    640 H2'2 THY    19    -288.288 332.213  -0.052                       H
ATOM    641 O3'  THY    19    -291.340 331.465   0.578                       O
ATOM    642 P    GUA    20    -291.235 329.967  -0.087                       P
ATOM    643 O1P  GUA    20    -290.084 329.155   0.448                       O
ATOM    644 O2P  GUA    20    -292.518 329.204   0.125                       O
ATOM    645 O5'  GUA    20    -291.003 330.374  -1.658                       O
ATOM    646 C5'  GUA    20    -292.113 330.939  -2.409                       C
ATOM    647 H5'1 GUA    20    -292.911 330.196  -2.501                       H
ATOM    648 H5'2 GUA    20    -292.517 331.796  -1.863                       H
ATOM    649 C4'  GUA    20    -291.663 331.409  -3.814                       C
ATOM    650 H4'  GUA    20    -292.503 331.904  -4.312                       H
ATOM    651 O4'  GUA    20    -290.567 332.362  -3.691                       O
ATOM    652 C1'  GUA    20    -289.583 332.112  -4.721                       C
ATOM    653 H1'  GUA    20    -289.919 332.574  -5.658                       H
ATOM    654 N9   GUA    20    -288.278 332.656  -4.343                       N
ATOM    655 C8   GUA    20    -287.523 332.400  -3.203                       C
ATOM    656 H8   GUA    20    -287.937 331.700  -2.477                       H
ATOM    657 N7   GUA    20    -286.279 333.019  -3.133                       N
ATOM    658 C5   GUA    20    -286.239 333.718  -4.345                       C
ATOM    659 C6   GUA    20    -285.167 334.500  -4.853                       C
ATOM    660 O6   GUA    20    -284.125 334.717  -4.262                       O
ATOM    661 N1   GUA    20    -285.434 334.989  -6.116                       N
ATOM    662 H1   GUA    20    -284.718 335.547  -6.559                       H
ATOM    663 C2   GUA    20    -286.611 334.763  -6.771                       C
ATOM    664 N2   GUA    20    -286.673 335.250  -8.003                       N
ATOM    665 H21  GUA    20    -287.501 335.041  -8.546                       H
ATOM    666 H22  GUA    20    -285.849 335.703  -8.415                       H
ATOM    667 N3   GUA    20    -287.645 334.047  -6.336                       N
ATOM    668 C4   GUA    20    -287.456 333.494  -5.068                       C
ATOM    669 C3'  GUA    20    -291.124 330.263  -4.711                       C
ATOM    670 H3'  GUA    20    -291.286 329.280  -4.258                       H
ATOM    671 C2'  GUA    20    -289.629 330.585  -4.856                       C
ATOM    672 H2'1 GUA    20    -289.199 330.237  -5.794                       H
ATOM    673 H2'2 GUA    20    -289.084 330.115  -4.034                       H
ATOM    674 O3'  GUA    20    -291.799 330.338  -6.000                       O
ATOM    675 P    GUA    21    -291.566 329.184  -7.141                       P
ATOM    676 O1P  GUA    21    -291.030 327.888  -6.589                       O
ATOM    677 O2P  GUA    21    -292.849 328.908  -7.883                       O
ATOM    678 O5'  GUA    21    -290.455 329.955  -8.069                       O
ATOM    679 C5'  GUA    21    -290.894 331.047  -8.927                       C
ATOM    680 H5'1 GUA    21    -291.710 330.704  -9.568                       H
ATOM    681 H5'2 GUA    21    -291.278 331.860  -8.304                       H
ATOM    682 C4'  GUA    21    -289.741 331.575  -9.814                       C
ATOM    683 H4'  GUA    21    -290.108 332.411 -10.418                       H
ATOM    684 O4'  GUA    21    -288.646 332.052  -8.982                       O
ATOM    685 C1'  GUA    21    -287.380 331.674  -9.571                       C
ATOM    686 H1'  GUA    21    -287.124 332.395 -10.357                       H
ATOM    687 N9   GUA    21    -286.325 331.648  -8.561                       N
ATOM    688 C8   GUA    21    -286.347 331.063  -7.300                       C
ATOM    689 H8   GUA    21    -287.251 330.522  -7.019                       H
ATOM    690 N7   GUA    21    -285.209 331.235  -6.518                       N
ATOM    691 C5   GUA    21    -284.393 331.994  -7.366                       C
ATOM    692 C6   GUA    21    -283.083 332.472  -7.094                       C
ATOM    693 O6   GUA    21    -282.474 332.277  -6.057                       O
ATOM    694 N1   GUA    21    -282.563 333.188  -8.152                       N
ATOM    695 H1   GUA    21    -281.637 333.575  -8.039                       H
ATOM    696 C2   GUA    21    -283.241 333.398  -9.319                       C
ATOM    697 N2   GUA    21    -282.549 334.025 -10.263                       N
ATOM    698 H21  GUA    21    -283.018 334.225 -11.139                       H
ATOM    699 H22  GUA    21    -281.605 334.375 -10.060                       H
ATOM    700 N3   GUA    21    -284.458 332.954  -9.630                       N
ATOM    701 C4   GUA    21    -285.075 332.234  -8.603                       C
ATOM    702 C3'  GUA    21    -289.123 330.490 -10.739                       C
ATOM    703 H3'  GUA    21    -289.682 329.548 -10.688                       H
ATOM    704 C2'  GUA    21    -287.696 330.310 -10.202                       C
ATOM    705 H2'1 GUA    21    -286.976 330.040 -10.979                       H
ATOM    706 H2'2 GUA    21    -287.694 329.528  -9.438                       H
ATOM    707 O3'  GUA    21    -289.058 330.958 -12.102                       O
ATOM    708 H3T  GUA    21    -288.706 330.223 -12.687                       H

Offline xiangjun

  • Administrator
  • regular
  • *****
  • Posts: 1412
    • View Profile
    • 3DNA homepage
(No subject)
« Reply #1 on: December 11, 2006, 09:51:08 pm »
Hi,

The problem you have is due to the wrong PDB format. Specifically, with the atom name, as shown below:
Code: [Select]
ATOM     11 N1   CYT     1    -278.189 335.614  -8.159                       N
instead of the correct format as in:
ATOM      9  N1    C A   1      18.770  29.711  23.733  1.00  7.31           N

In the coming new release of 3DNA, I have taken such case into consideration, and the input file following "find_pair" would be:
Code: [Select]
iBdnaVacFINAL_x3dna2.pdb
iBdnaVacFINAL_x3dna2.out
    2         # duplex
   10         # number of base-pairs
    1    1    # explicit bp numbering/hetero atoms
    1   21  0 #    1 | ....>-:...1_:[CYT]C-----G[GUA]:..22_:-<....  0.64  0.09 11.06  9.06 -3.63
    2   20  0 #    2 | ....>-:...2_:[CYT]C-----G[GUA]:..21_:-<....  0.65  0.01  9.87  9.04 -3.84
    3   19  0 #    3 | ....>-:...3_:[ADE]A-----T[THY]:..20_:-<....  0.11  0.09 13.97  9.06 -4.00
    4   18  0 #    4 | ....>-:...4_:[THY]T-----A[ADE]:..19_:-<....  0.14  0.08 11.22  9.06 -4.13
    5   17  0 #    5 | ....>-:...5_:[CYT]C-----G[GUA]:..18_:-<....  0.67  0.08  5.34  9.07 -3.89
    7   16  0 #    6 | ....>-:...7_:[CYT]C-----G[GUA]:..16_:-<....  0.70  0.26 16.15  8.99 -2.98
    8   15  0 #    7 | ....>-:...8_:[THY]T-----A[ADE]:..15_:-<....  0.29  0.29 13.17  9.06 -3.49
    9   14  0 #    8 | ....>-:...9_:[ADE]A-----T[THY]:..14_:-<....  0.21  0.01  1.70  9.21 -4.69
   10   13  0 #    9 | ....>-:..10_:[CYT]C-----G[GUA]:..13_:-<....  0.66  0.05 17.87  9.01 -3.34
   11   12  0 #   10 | ....>-:..11_:[CYT]C-----G[GUA]:..12_:-<....  0.60  0.10 12.40  9.06 -3.58
##### Base-pair criteria used:   4.00 15.00  2.50 65.00  4.50  7.50 ON
##### 0 non-Watson-Crick base-pairs, and 1 helix (0 isolated bps)
##### Helix #1 (10): 1 - 10  ***broken O3'[i] to P[i+1] linkage***


For the time being, you could write a script to change the atom name following the PDB convention.

Xiang-Jun
Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊]
Email: xiangjun@x3dna.org
Homepage: http://x3dna.org/
Forum: http://forum.x3dna.org/

 

Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊], Principal Investigator of the NIH grant R01GM096889
Dr. Lu is currently affiliated with the Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University.