Detection of stacking interactions

[miaozhichao]

Hi Xiangjun,
It was very convenient using SNAP. I am wondering if you have function in detecting aromatic stacking between protein and NA? I need this function for my current job. Can you help me?

Best
Zhichao.

[xiangjun]

Hi Zhichao,

Yes, SNAP has provisions for detecting aromatic stacking interactions. Try the (currently undocumented) option --get-stack to see if it gets what you want.

The output is in format;

Code: [Select]

1 U/G A.U2647 A.G2648 1.0 3.32 6where the last three values are the area of overlap in Ų, vertical distance in Å, and angle between the two planes.

I welcome your suggestions to revise this functionality in order to better fit your needs.

Best regards,

Xiang-Jun

[xiangjun]

Hi Zhichao,

As of SNAP beta-r06-2015oct23, I've added a new section in the main output for aromatic stacking interactions between bases and amino acids. Using PDB entry 3k49 (Puf3 RNA binding domain bound to Cox17 RNA 3' UTR recognition sequence site B) as an example, the new part is as below:

Code: [Select]

****************************************************************************
List of 39 base/amino-acid pseudo stacks
      id  nt-aa  nt           aa      vertical-distance   plane-angle
   1 3k49 U-tyr B.U3         A.TYR825        3.16             15
   2 3k49 G-tyr B.G4         A.TYR825        3.43              5
   3 3k49 U-tyr B.U5         A.TYR734        3.13             14
   4 3k49 U-asn B.U5         A.ASN776        3.19              4
   5 3k49 A-arg B.A6         A.ARG698        3.40              6
   6 3k49 A-tyr B.A6         A.TYR734        3.41              2
   7 3k49 A-arg B.A7         A.ARG698        3.43             12
   8 3k49 A-arg B.A8         A.ARG626        3.60             13
   9 3k49 A-his B.A8         A.HIS662        3.28             12
  10 3k49 U-tyr B.U9         A.TYR590        3.05             10
  11 3k49 U-arg B.U9         A.ARG626        3.47             30
  12 3k49 A-arg B.A10        A.ARG554        3.22             26
  13 3k49 A-tyr B.A10        A.TYR590        3.31              2
  14 3k49 U-tyr D.U3         C.TYR825        3.19             16
  15 3k49 G-tyr D.G4         C.TYR825        3.34              5
  16 3k49 U-tyr D.U5         C.TYR734        3.24             14
  17 3k49 U-asn D.U5         C.ASN776        3.14              4
  18 3k49 A-arg D.A6         C.ARG698        3.40              4
  19 3k49 A-tyr D.A6         C.TYR734        3.36              4
  20 3k49 A-arg D.A7         C.ARG698        3.40              9
  21 3k49 A-arg D.A8         C.ARG626        3.57             15
  22 3k49 A-his D.A8         C.HIS662        3.33              8
  23 3k49 U-tyr D.U9         C.TYR590        3.09             13
  24 3k49 U-arg D.U9         C.ARG626        3.46             31
  25 3k49 A-arg D.A10        C.ARG554        3.11             26
  26 3k49 A-tyr D.A10        C.TYR590        3.37              3
  27 3k49 U-tyr F.U3         E.TYR825        3.19             15
  28 3k49 G-tyr F.G4         E.TYR825        3.36              4
  29 3k49 U-tyr F.U5         E.TYR734        3.18             14
  30 3k49 U-asn F.U5         E.ASN776        3.21              1
  31 3k49 A-arg F.A6         E.ARG698        3.37              4
  32 3k49 A-tyr F.A6         E.TYR734        3.43              2
  33 3k49 A-arg F.A7         E.ARG698        3.48             16
  34 3k49 A-arg F.A8         E.ARG626        3.57             12
  35 3k49 A-his F.A8         E.HIS662        3.32              9
  36 3k49 U-tyr F.U9         E.TYR590        3.14             15
  37 3k49 U-arg F.U9         E.ARG626        3.57             28
  38 3k49 A-arg F.A10        E.ARG554        3.41             24
  39 3k49 A-tyr F.A10        E.TYR590        3.27              2
It is tentatively called "pseudo stacks" to match "pseudo pairs".

Xiang-Jun