Netiquette · Download · News · Gallery · Homepage · DSSR · Web-DSSR · DSSR Manual · Reproduce DSSR · DSSR-Jmol · DSSR-PyMOL · Web-SNAP

Author Topic: SNAP: software for characterizing DNA-protein interactions  (Read 4831 times)

Offline xiangjun

  • Administrator
  • regular
  • *****
  • Posts: 1320
    • View Profile
    • 3DNA homepage
DNA/RNA-protein interactions underpin fundamental biological processes such as transcription, splicing, and translation. The increasing number of experimentally determined three-dimensional structures of nucleic acid-protein complexes provides unprecedented opportunities to decipher the underlying principles governing the process of DNA/RNA-protein recognition. Existing bioinformatics tools are fragmented, with limited scope or usability. We have developed SNAP, a new 3DNA program for the characterization of three-dimensional Structures of Nucleic Acid-Protein complexes. The program is currently in beta testing release, focusing on DNA-protein interactions. SNAP consolidates, refines, and significantly extends 3DNA's functionality for DNA-protein structural analysis.

Starting from a structure of a DNA-protein complex in PDB or PDBx/mmCIF format, SNAP automatically detects double-helical regions consisting of either canonical or non-canonical base-pairs using DSSR, and categorizes protein into secondary structural units (alpha-helices, beta-sheets, turns, and loops) using DSSP. The program aims to characterize DNA/RNA-protein interactions by checking all combinations between the two components: major groove, minor groove, and backbone for DNA/RNA, versus each alpha-helix, beta-sheet, turn, and loop for protein. SNAP recognizes and outputs base-amino-acid H-bonding and stacking interactions. To quantify the relative spatial relationship between interacting amino acids and bases, SNAP defines a local amino-acid reference frame in the side chain, and takes advantage of the standard base reference frame (see figures below). SNAP calculates all six rigid-body parameters to allow for the analysis of large sets of DNA/RNA-protein complexes consistently and rigorously.

Implemented in ANSI C as a standalone command-line program, SNAP follows the same minimalist design as DSSR. It is tiny (executables are less than 1MB) and self-contained, with zero runtime dependencies on third party libraries or configurations. The program is currently under active development, and your feedback will make a difference!

List of users who has helped improve SNAP by reporting bugs, making comments/suggestions etc:


Auffinger; jdbrown444; ldfinger; miaozhichao; Phosphoserine; jms89

-- Xiang-Jun


Note: please start a new topic with a more specific title; do not post directly below this announcement.


Abbreviations used: AA: amino acid; BP: base-pair




Here is a sample run on 1oct (see x3dna-snap -h for more info), the crystal structure of the Oct-1 POU domain bound to an octamer site solved by Pabo et al.:

Code: [Select]
Run: x3dna-snap --interface -i=1oct.pdb -o=1oct.out
****************************************************************************
    SNAP: a program for the characterization of three-dimensional
             Structures of Nucleic Acid-Protein complexes
              beta-r15-2018feb15, by xiangjun@x3dna.org

  This program is being actively maintained and developed. As always,
  I greatly appreciate your feedback! Please report all SNAP-related
  issues on the 3DNA Forum (forum.x3dna.org). I strive to respond
  *promptly* to *any questions* posted there.

****************************************************************************
Note: By default, each nucleotide/amino-acid is identified by chainId.name#.
      So a common case would be B.DA1689, meaning adenosine #1689 on chain B.
      Use the --idstr=long option to get strictly delineated id strings.

Command: x3dna-snap -i=1oct.pdb -o=1oct.out --interface --type=either
Date and time: Thu Feb 15 00:04:33 2018
File name: 1oct.pdb
    no. of peptide chains: 1 [C=131]
    no. of DNA/RNA chains: 2 [A=15,B=15]
    no. of amino acids:    131
    no. of nucleotides:    30
    no. of atoms:          1670
    no. of waters:         0
    no. of metals:         0

****************************************************************************
List of 1 helix
  Note: a helix is defined by base-stacking interactions, regardless of bp
        type and backbone connectivity, and may contain more than one stem.
      helix#number[stems-contained] bps=number-of-base-pairs in the helix
      bp-type: '|' for a canonical WC/wobble pair, '.' otherwise
      helix-form: classification of a dinucleotide step comprising the bp
        above the given designation and the bp that follows it. Types
        include 'A', 'B' or 'Z' for the common A-, B- and Z-form helices,
        '.' for an unclassified step, and 'x' for a step without a
        continuous backbone.
      --------------------------------------------------------------------
  helix#1[0] bps=14
      strand-1 5'-GTATGCAAATAAGG-3'
       bp-type    ||||||||||||||
      strand-2 3'-CATACGTTTATTCC-5'
      helix-form  BBBBBBBBBBBBB
   1 A.DG202        B.DC230        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.DT203        B.DA229        T-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   3 A.DA204        B.DT228        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
   4 A.DT205        B.DA227        T-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   5 A.DG206        B.DC226        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   6 A.DC207        B.DG225        C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   7 A.DA208        B.DT224        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
   8 A.DA209        B.DT223        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
   9 A.DA210        B.DT222        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
  10 A.DT211        B.DA221        T-A WC           20-XX     cWW  cW-W
  11 A.DA212        B.DT220        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
  12 A.DA213        B.DT219        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
  13 A.DG214        B.DC218        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
  14 A.DG215        B.DC217        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W

****************************************************************************
List of 77 nucleotide/amino-acid interactions
       id   nt-aa   nt           aa              Tdst    Rdst     Tx      Ty      Tz      Rx      Ry      Rz
   1  1oct  G-thr  A.DG202      C.THR26         12.73  -38.52   -6.47   10.19    4.03  -24.59   26.49  -13.54
   2  1oct  T-arg  A.DT203      C.ARG20         19.41 -111.23  -15.89    8.93    6.68  -43.44  -11.44 -104.66
   3  1oct  T-ile  A.DT203      C.ILE21        -17.63 -139.08  -13.56    5.93   -9.58  -15.64   62.29 -131.25
   4  1oct  T-thr  A.DT203      C.THR26        -13.42  -56.68   -2.74   13.12    0.78  -17.93   32.10  -43.91
   5  1oct  T-gln  A.DT203      C.GLN27         12.54 -132.49   -5.55    8.99    6.76   21.85  -81.09 -114.36
   6  1oct  T-gln  A.DT203      C.GLN44         10.67 -115.42   -4.72    9.57   -0.05   65.02   27.06  -98.34
   7  1oct  T-ser  A.DT203      C.SER48         11.31  -84.75   -8.12    6.44    4.54   29.42    7.18  -80.13
   8  1oct  A-lys  A.DA204      C.LYS17        -18.07  175.87   14.34   -7.08   -8.42    7.85  -46.15  175.49
   9  1oct  A-gln  A.DA204      C.GLN27        -11.98  163.47    5.68   -8.28   -6.55   20.04  -87.74  156.55
  10  1oct  A-gln  A.DA204      C.GLN44          8.90 -147.71   -1.25    8.28   -3.00   62.13   -4.03 -142.09
  11  1oct  A-ser  A.DA204      C.SER48         10.01 -126.61   -5.86    8.07    0.89   21.11   -7.37 -125.49
  12  1oct  A-glu  A.DA204      C.GLU51         14.87 -145.96  -11.08    8.90   -4.38   87.37   -5.57 -132.18
  13  1oct  T-thr  A.DT205      C.THR45          6.48 -148.19   -1.00    5.50    3.28  -35.77    2.63 -146.52
  14  1oct  T-ser  A.DT205      C.SER48        -10.33 -151.96   -5.14    8.73   -2.03   28.42  -17.90 -150.69
  15  1oct  G-thr  A.DG206      C.THR45         -7.46  178.53   -1.92   -7.19    0.56   34.46  -11.97  178.45
  16  1oct  G-arg  A.DG206      C.ARG49        -11.02  175.51    3.67   -9.94    3.04   54.67  -28.85  174.77
  17  1oct  C-arg  A.DC207      C.ARG49        -10.55  130.65   -1.73  -10.40    0.39   42.89  -25.07  125.22
  18  1oct  C-arg  A.DC207      C.ARG105        10.64   61.56   -9.91   -3.22    2.16    3.33   59.24   17.22
  19  1oct  A-arg  A.DA208      C.ARG105        10.98  -45.39  -10.37   -1.40   -3.30   18.22   38.36  -16.42
  20  1oct  A-arg  A.DA208      C.ARG113        17.53  -87.05  -14.54    6.53   -7.31   61.91   23.81  -59.97
  21  1oct  A-arg  A.DA209      C.ARG102        12.96  -64.64  -12.42   -3.69    0.50   19.39   38.44  -49.42
  22  1oct  A-arg  A.DA209      C.ARG105       -10.54  -77.58   -9.01    0.77   -5.43   32.27   40.40  -59.98
  23  1oct  A-thr  A.DA209      C.THR106       -12.45   76.08   -4.46   10.70    4.55  -24.22  -70.81   14.79
  24  1oct  A-ile  A.DA209      C.ILE108       -14.17  -36.15   -5.74   12.87   -1.43   -1.65  -27.04  -24.16
  25  1oct  A-arg  A.DA209      C.ARG113       -16.89 -120.22  -11.02    8.88   -9.21   63.56   10.27 -107.85
  26  1oct  A-trp  A.DA209      C.TRP148        11.47  103.87    6.57    5.65    7.52    2.91   44.45   96.44
  27  1oct  A-asn  A.DA209      C.ASN151         9.24 -165.14   -6.41    6.54   -1.24   44.17   60.06 -161.30
  28  1oct  A-lys  A.DA209      C.LYS155        12.02  116.35    8.46   -4.66    7.15    1.16   62.24  103.95
  29  1oct  A-arg  A.DA210      C.ARG102        13.00  -90.23  -12.62   -0.84   -3.03   31.67   30.70  -80.82
  30  1oct  A-lys  A.DA210      C.LYS103       -13.17  -49.41   -7.21    9.69    5.25  -32.94  -36.47   -5.27
  31  1oct  A-lys  A.DA210      C.LYS104       -14.22  106.94    5.65   12.26   -4.48   29.91   64.97   85.63
  32  1oct  A-arg  A.DA210      C.ARG105       -12.13 -102.76   -8.14    2.20   -8.71   44.67   29.25  -91.36
  33  1oct  A-thr  A.DA210      C.THR106       -13.69  -77.72   -3.34   13.06    2.39  -41.68  -63.09  -19.46
  34  1oct  A-val  A.DA210      C.VAL144        12.95   98.31    5.37    9.78    6.57    9.45   78.15   64.48
  35  1oct  A-val  A.DA210      C.VAL147         9.50  177.54    8.35   -4.40    1.13  -31.38  -26.50  177.38
  36  1oct  A-asn  A.DA210      C.ASN151         7.95  169.39    3.58   -6.02   -3.76  -61.24  -46.91  166.41
  37  1oct  T-arg  A.DT211      C.ARG102       -14.28 -123.19  -12.66    2.15   -6.23   35.07   24.54 -118.55
  38  1oct  T-lys  A.DT211      C.LYS103       -14.60  -59.01   -4.92   13.51    2.53  -42.55  -18.37  -37.59
  39  1oct  T-val  A.DT211      C.VAL147        -9.12  143.26    7.02   -5.17   -2.68  -31.13  -15.46  141.43
  40  1oct  C-ser  B.DC217      C.SER128       -15.00  -66.88   -9.78    8.86   -7.13   36.24   36.65  -44.16
  41  1oct  C-lys  B.DC217      C.LYS142        18.35  -89.91   -7.88   15.79   -5.07   36.13   69.78  -47.78
  42  1oct  C-arg  B.DC217      C.ARG146        14.28  -55.97   -8.39   11.34    2.24   15.64   47.13  -26.68
  43  1oct  C-lys  B.DC218      C.LYS125        15.78 -137.92  -15.08    2.61   -3.83   11.82   49.06 -133.24
  44  1oct  C-arg  B.DC218      C.ARG146        13.18  -86.99   -2.76   12.86   -0.85   32.48   47.52  -68.28
  45  1oct  C-cys  B.DC218      C.CYS150        11.54  -63.48   -5.57    8.38    5.65    2.43   35.14  -53.68
  46  1oct  C-arg  B.DC218      C.ARG153        14.95 -110.67  -12.78    7.73    0.61   48.20   62.91  -84.80
  47  1oct  T-lys  B.DT219      C.LYS125       -16.35 -155.82  -12.71    6.20   -8.22   28.65   34.22 -153.83
  48  1oct  T-cys  B.DT219      C.CYS150        10.66  -81.40   -2.86   10.10    1.89    8.36   20.66  -78.81
  49  1oct  T-arg  B.DT219      C.ARG153        13.68 -118.82   -9.41    9.25   -3.59   61.30   38.84 -101.70
  50  1oct  T-lys  B.DT220      C.LYS157        15.34 -128.23  -11.99    9.55    0.74   26.77    7.97 -126.53
  51  1oct  T-ser  B.DT223      C.SER56         13.43 -172.88  -11.81    5.85    2.61   78.96  -41.85 -169.98
  52  1oct  T-lys  B.DT223      C.LYS58        -15.63 -104.26  -10.08    8.56   -8.32   47.88   32.02  -91.06
  53  1oct  T-asn  B.DT223      C.ASN59         13.38  -79.77   -9.24    8.66    4.33  -40.87    3.90  -69.96
  54  1oct  T-lys  B.DT223      C.LYS62         16.93  -82.77  -14.55    8.20   -2.75   16.71   20.50  -79.16
  55  1oct  T-arg  B.DT223      C.ARG102        12.45   46.89  -11.36    4.59    2.22   27.19  -16.42   34.94
  56  1oct  T-phe  B.DT224      C.PHE42         13.51   37.27   -1.91   12.27    5.32   -1.35    5.84   36.80
  57  1oct  T-thr  B.DT224      C.THR46         10.40  140.67    5.66    1.06    8.65  -28.39   38.51  136.80
  58  1oct  T-arg  B.DT224      C.ARG49         12.06 -116.46   -5.79   10.20    2.79   24.96   60.01 -102.74
  59  1oct  T-leu  B.DT224      C.LEU55         11.64  144.35    9.48   -3.62   -5.72  -19.44  -72.43  134.61
  60  1oct  T-asn  B.DT224      C.ASN59        -13.74 -111.77   -6.97   11.83    0.55  -36.46   15.99 -106.76
  61  1oct  T-lys  B.DT224      C.LYS62        -17.62 -117.67  -12.18   11.04   -6.35   23.45   13.68 -115.67
  62  1oct  T-leu  B.DT224      C.LEU63         16.98 -113.68  -11.93   10.63    5.74  -60.86   16.39 -100.17
  63  1oct  T-arg  B.DT224      C.ARG102       -14.08  -32.87  -11.42    8.12   -1.33   20.82  -25.38   -1.63
  64  1oct  T-arg  B.DT224      C.ARG105        10.20   47.44   -9.49    1.43    3.47   32.81  -33.87    5.35
  65  1oct  G-asp  B.DG225      C.ASP41        -15.79 -162.72  -12.41    2.27    9.49  -41.38  -74.71 -156.40
  66  1oct  G-phe  B.DG225      C.PHE42         12.92   10.20    2.40   12.63    1.36   -9.66    3.27    0.08
  67  1oct  G-ser  B.DG225      C.SER43         10.76 -127.61   -8.48    6.55   -1.00  -33.95   77.50 -106.70
  68  1oct  G-thr  B.DG225      C.THR45          8.31 -141.05   -5.19    5.96    2.57   27.42   16.56 -139.41
  69  1oct  G-thr  B.DG225      C.THR46          9.41  109.20    7.44   -0.06    5.76  -23.33   51.56   97.72
  70  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG49         10.84 -140.82   -1.39   10.75   -0.00   40.74   39.22 -135.24
  71  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG102       -14.97  -49.97   -8.82   10.75   -5.55    3.36  -36.30  -34.77
  72  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG105       -10.31  -55.06   -9.54    3.91   -0.13   12.03  -47.33  -26.24
  73  1oct  C-thr  B.DC226      C.THR45         -7.82 -173.77   -2.54    7.16   -1.83   17.56   14.19 -173.64
  74  1oct  C-lys  B.DC226      C.LYS104       -14.16  152.22   13.16    2.51   -4.59   66.99   37.28  144.36
  75  1oct  C-arg  B.DC226      C.ARG105       -11.37  -65.61   -8.90    6.45   -2.94   -3.39  -34.34  -56.68
  76  1oct  A-thr  B.DA227      C.THR45         -6.83  150.54   -0.53   -5.80   -3.56  -38.91   -1.49  148.71
  77  1oct  A-ser  B.DA227      C.SER107       -13.93  120.59    3.63    1.86  -13.32   63.52  -38.15  103.24

****************************************************************************
List of 71 base-pair/amino-acid interactions
       id   bp-aa     nt1          nt2          aa              Tdst    Rdst    Tx      Ty      Tz      Rx      Ry      Rz
   1  1oct  AT-arg  B.DA229      A.DT203      C.ARG20        -19.52  117.19  -15.97   -9.33   -6.22  -41.53   15.52  111.52
   2  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG49        -12.01  110.94   -6.48   -9.84   -2.30   21.51  -51.98  100.00
   3  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG102        14.29  -31.63  -11.90   -7.65    1.98   13.43   28.49   -2.95
   4  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG105       -10.59  -45.43   -9.93   -1.42   -3.39   25.50   36.06  -10.92
   5  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG113        17.31  -90.85  -14.39    6.97   -6.64   70.13   25.78  -55.99
   6  1oct  AT-arg  A.DA209      B.DT223      C.ARG102        12.71  -54.74  -11.96   -4.19   -0.89   23.07   27.36  -42.12
   7  1oct  AT-arg  A.DA209      B.DT223      C.ARG105       -10.29  -68.58   -8.18    0.74   -6.21   36.66   30.50  -50.81
   8  1oct  AT-arg  A.DA209      B.DT223      C.ARG113       -16.87 -116.63  -10.50    9.30   -9.38   73.35    5.41  -98.06
   9  1oct  AT-arg  A.DA210      B.DT222      C.ARG102       -13.20  -84.60  -12.59   -1.35   -3.71   32.25   24.46  -75.94
  10  1oct  AT-arg  A.DA210      B.DT222      C.ARG105       -12.11  -97.17   -7.84    1.95   -9.02   45.82   23.66  -85.44
  11  1oct  AT-arg  B.DA221      A.DT211      C.ARG102        14.18  115.79  -11.93   -1.95    7.41   37.89  -13.80  111.03
  12  1oct  AT-arg  A.DA213      B.DT219      C.ARG153       -13.63  118.33   -9.60   -9.00    3.57   62.96  -35.71  101.15
  13  1oct  AT-asn  A.DA208      B.DT224      C.ASN59         13.52  112.55   -7.23  -11.42    0.14  -38.45   -7.03  107.81
  14  1oct  AT-asn  A.DA209      B.DT223      C.ASN59        -13.39   77.54   -9.96   -8.07   -3.88  -34.03    7.88   70.36
  15  1oct  AT-asn  A.DA209      B.DT223      C.ASN151         9.34 -156.07   -6.69    6.48   -0.66   53.59   59.89 -148.51
  16  1oct  AT-asn  A.DA210      B.DT222      C.ASN151         7.73  175.46    3.73   -5.97   -3.21  -66.31  -46.20  174.04
  17  1oct  AT-cys  A.DA213      B.DT219      C.CYS150       -10.45   82.10   -3.17   -9.77   -1.89    9.43  -17.73   80.04
  18  1oct  AT-gln  B.DA229      A.DT203      C.GLN27        -12.65  160.63  -11.13   -5.09    3.19  -44.88  -77.69  152.54
  19  1oct  AT-gln  B.DA229      A.DT203      C.GLN44        -10.82  115.12   -4.79   -9.70   -0.08   67.58  -19.25   98.01
  20  1oct  AT-gln  A.DA204      B.DT228      C.GLN27        -11.93  166.48    5.68   -8.49   -6.16   16.93  -84.96  161.38
  21  1oct  AT-gln  A.DA204      B.DT228      C.GLN44          8.85 -145.35   -1.20    8.29   -2.86   64.97   -7.53 -138.55
  22  1oct  AT-glu  A.DA204      B.DT228      C.GLU51         14.79  -90.29   -0.94   12.66    7.59  -40.17   80.28  -10.94
  23  1oct  AT-ile  B.DA229      A.DT203      C.ILE21         17.69  140.07  -13.19   -6.51    9.84   -9.96  -57.42  133.98
  24  1oct  AT-ile  A.DA209      B.DT223      C.ILE108       -14.05  -45.00   -5.64   12.74   -1.80    1.85  -39.75  -21.44
  25  1oct  AT-leu  A.DA208      B.DT224      C.LEU55        -11.39 -149.57    9.27    3.36    5.69  -23.35   66.87 -142.43
  26  1oct  AT-leu  A.DA208      B.DT224      C.LEU63         16.88  116.53  -12.54  -10.40   -4.43  -63.20   -7.65  103.50
  27  1oct  AT-lys  A.DA204      B.DT228      C.LYS17        -18.00  178.12   14.14   -7.20   -8.51    4.21  -42.94  177.98
  28  1oct  AT-lys  A.DA208      B.DT224      C.LYS62         17.46  113.44  -12.10  -10.36    7.14   21.84   -5.49  111.96
  29  1oct  AT-lys  A.DA209      B.DT223      C.LYS58         15.58   97.17   -9.91   -8.49    8.52   54.71  -24.55   80.41
  30  1oct  AT-lys  A.DA209      B.DT223      C.LYS62         16.98   76.57  -14.77   -7.60    3.52   23.46  -10.58   72.75
  31  1oct  AT-lys  A.DA209      B.DT223      C.LYS155        12.22  111.66    8.02   -4.08    8.28   -9.80   54.07  101.45
  32  1oct  AT-lys  A.DA210      B.DT222      C.LYS103       -13.29  -56.30   -7.88    9.58    4.78  -35.38  -43.65   -3.71
  33  1oct  AT-lys  A.DA210      B.DT222      C.LYS104       -14.28  103.49    5.38   12.13   -5.25   22.30   62.89   84.32
  34  1oct  AT-lys  B.DA221      A.DT211      C.LYS103        14.53   67.18   -5.13  -13.50   -1.59  -46.94   30.72   38.56
  35  1oct  AT-lys  A.DA212      B.DT220      C.LYS157       -15.24  126.42  -12.14   -9.18   -0.66   26.14   -7.61  124.74
  36  1oct  AT-lys  A.DA213      B.DT219      C.LYS125        16.19  156.20  -12.64   -6.01    8.15   31.37  -32.17  154.22
  37  1oct  AT-phe  A.DA208      B.DT224      C.PHE42        -13.70  -40.01   -2.53  -12.67   -4.56  -10.22   -4.94  -38.43
  38  1oct  AT-ser  B.DA229      A.DT203      C.SER48        -11.58   87.13   -8.41   -6.64   -4.39   30.60    0.15   82.61
  39  1oct  AT-ser  A.DA204      B.DT228      C.SER48          9.93 -125.38   -5.92    7.94    0.78   23.33  -11.93 -123.79
  40  1oct  AT-ser  B.DA227      A.DT205      C.SER48         10.37  152.19   -4.85   -8.92    2.09   26.76   18.96  150.98
  41  1oct  AT-ser  B.DA227      A.DT205      C.SER107       -13.72  120.33    3.45    2.22  -13.09   64.99  -38.86  101.87
  42  1oct  AT-ser  A.DA209      B.DT223      C.SER56        -13.35   90.10   -4.50  -12.57    0.15   -6.23  -78.04   48.75
  43  1oct  AT-thr  B.DA229      A.DT203      C.THR26         13.45   58.18   -2.51  -13.19   -0.70  -17.63  -26.42   49.39
  44  1oct  AT-thr  B.DA227      A.DT205      C.THR45         -6.65  149.36   -0.76   -5.65   -3.42  -37.34   -2.05  147.61
  45  1oct  AT-thr  A.DA208      B.DT224      C.THR46        -10.47 -143.48    5.83   -1.89   -8.49  -35.34  -44.18 -138.31
  46  1oct  AT-thr  A.DA209      B.DT223      C.THR106       -12.24   88.85   -4.96   10.54    3.77  -23.98  -84.29   16.44
  47  1oct  AT-thr  A.DA210      B.DT222      C.THR106       -13.61  -84.35   -3.84   12.88    2.19  -42.84  -70.72  -18.40
  48  1oct  AT-trp  A.DA209      B.DT223      C.TRP148        11.45  101.29    6.02    6.18    7.54   -7.55   35.76   96.20
  49  1oct  AT-val  A.DA210      B.DT222      C.VAL144        12.90   94.14    4.85   10.35    5.99    2.43   74.57   62.19
  50  1oct  AT-val  A.DA210      B.DT222      C.VAL147         9.44 -177.78   -8.53    3.83    1.33   37.06   24.02 -177.61
  51  1oct  AT-val  B.DA221      A.DT211      C.VAL147        -9.19 -149.81    7.12    5.31    2.37  -42.28   11.70 -147.39
  52  1oct  GC-arg  A.DG206      B.DC226      C.ARG49         11.14  174.67    3.34   -9.86    3.98   45.92  -30.78  173.98
  53  1oct  GC-arg  A.DG206      B.DC226      C.ARG105        11.24   73.06   -8.49   -6.69    3.11   -0.59   41.26   61.67
  54  1oct  GC-arg  B.DG225      A.DC207      C.ARG49         10.69 -135.66   -1.58   10.57   -0.18   41.82   32.16 -130.18
  55  1oct  GC-arg  B.DG225      A.DC207      C.ARG102       -15.17  -52.80   -8.81   10.28   -6.84   -0.85  -42.84  -31.61
  56  1oct  GC-arg  B.DG225      A.DC207      C.ARG105       -10.47  -57.77   -9.76    3.61   -1.15    7.66  -53.29  -21.80
  57  1oct  GC-arg  A.DG214      B.DC218      C.ARG146       -13.22   81.82   -3.10  -12.84    0.55   33.12  -42.77   63.89
  58  1oct  GC-arg  A.DG214      B.DC218      C.ARG153       -15.04  105.31  -13.12   -7.36   -0.34   48.96  -59.02   78.67
  59  1oct  GC-arg  A.DG215      B.DC217      C.ARG146       -14.12   54.56   -8.22  -11.26   -2.24   17.71  -44.22   27.42
  60  1oct  GC-asp  B.DG225      A.DC207      C.ASP41        -15.83  145.24    7.69    5.05  -12.89   14.51  -88.51  130.16
  61  1oct  GC-cys  A.DG214      B.DC218      C.CYS150       -11.64   58.75   -6.02   -8.19   -5.66    2.88  -29.51   51.30
  62  1oct  GC-lys  A.DG206      B.DC226      C.LYS104        14.00 -147.17   13.14   -1.87    4.47   60.50  -32.46 -139.97
  63  1oct  GC-lys  A.DG214      B.DC218      C.LYS125       -15.77  133.59  -15.05   -2.40    4.03   15.10  -45.64  128.88
  64  1oct  GC-lys  A.DG215      B.DC217      C.LYS142       -18.20   88.73   -7.54  -15.85    4.81   38.75  -67.02   47.26
  65  1oct  GC-phe  B.DG225      A.DC207      C.PHE42        -12.94   16.35    2.22   12.74    0.40  -16.24   -1.72    0.81
  66  1oct  GC-ser  B.DG225      A.DC207      C.SER43         10.70 -125.48   -8.19    6.60   -1.95  -34.20   69.17 -108.25
  67  1oct  GC-ser  A.DG215      B.DC217      C.SER128        14.83   66.84   -9.41   -8.96    7.15   38.53  -33.77   44.47
  68  1oct  GC-thr  A.DG202      B.DC230      C.THR26         12.81  -35.78   -6.69   10.25    3.78  -25.47   20.05  -15.35
  69  1oct  GC-thr  A.DG206      B.DC226      C.THR45         -7.64  176.19   -2.23   -7.21    1.19   26.03  -13.35  176.06
  70  1oct  GC-thr  B.DG225      A.DC207      C.THR45          8.13 -137.49   -5.46    5.69    1.99   29.38    9.20 -135.83
  71  1oct  GC-thr  B.DG225      A.DC207      C.THR46          9.34  109.47    7.63    0.45    5.38  -31.44   53.14   95.45

****************************************************************************
List of 25 phosphate/amino-acid H-bonds
       id    nt-atom         aa-atom            dist     type
   1  1oct  OP1@A.DT203      NH2@C.ARG20        2.74 po4:sidechain:salt-bridge
   2  1oct  OP2@A.DT203      NH2@C.ARG20        3.02 po4:sidechain:salt-bridge
   3  1oct  OP2@A.DT203      N@C.GLN27          3.19 po4:backbone
   4  1oct  OP2@A.DA204      NE2@C.GLN27        2.79 po4:sidechain
   5  1oct  OP2@A.DA204      OG@C.SER48         2.60 po4:sidechain
   6  1oct  OP1@A.DA208      NH2@C.ARG113       2.69 po4:sidechain:salt-bridge
   7  1oct  OP1@A.DA210      N@C.THR106         2.96 po4:backbone
   8  1oct  OP1@A.DA210      OG1@C.THR106       2.37 po4:sidechain
   9  1oct  OP1@A.DT211      N@C.LYS103         3.10 po4:backbone
  10  1oct  OP1@B.DC217      NZ@C.LYS142        3.64 po4:sidechain:salt-bridge
  11  1oct  O5'@B.DC217      OG@C.SER128        3.41 po4:sidechain
  12  1oct  OP2@B.DC218      NE@C.ARG146        2.90 po4:sidechain:salt-bridge
  13  1oct  OP1@B.DT219      NZ@C.LYS125        3.21 po4:sidechain:salt-bridge
  14  1oct  OP2@B.DT219      NE@C.ARG153        3.04 po4:sidechain:salt-bridge
  15  1oct  OP2@B.DT219      NH2@C.ARG153       2.58 po4:sidechain:salt-bridge
  16  1oct  O3'@B.DC218      NZ@C.LYS125        3.44 po4:sidechain
  17  1oct  O3'@B.DC218      NH2@C.ARG153       3.14 po4:sidechain
  18  1oct  OP2@B.DT223      OG@C.SER56         2.61 po4:sidechain
  19  1oct  OP1@B.DT224      NZ@C.LYS62         2.42 po4:sidechain:salt-bridge
  20  1oct  OP2@B.DT224      ND2@C.ASN59        2.83 po4:sidechain
  21  1oct  OP1@B.DG225      N@C.SER43          3.26 po4:backbone
  22  1oct  OP2@B.DG225      N@C.SER43          3.12 po4:backbone
  23  1oct  OP2@B.DG225      OG@C.SER43         2.74 po4:sidechain
  24  1oct  OP2@B.DG225      OG1@C.THR46        2.45 po4:sidechain
  25  1oct  OP1@B.DC226      N@C.ARG105         3.82 po4:backbone

****************************************************************************
List of 1 sugar/amino-acid H-bonds
       id    nt-atom         aa-atom            dist     type
   1  1oct  O4'@A.DA208      NH2@C.ARG105       3.40 sugar:sidechain

****************************************************************************
List of 12 base/amino-acid H-bonds
       id    nt-atom         aa-atom            dist     type
   1  1oct  N7@A.DA204       NE2@C.GLN44        3.16 base:sidechain
   2  1oct  N6@A.DA204       OE1@C.GLN44        3.37 base:sidechain
   3  1oct  O4@A.DT205       OG1@C.THR45        2.93 base:sidechain
   4  1oct  N7@A.DG206       NH2@C.ARG49        3.44 base:sidechain
   5  1oct  N3@A.DA208       NH1@C.ARG105       3.23 base:sidechain
   6  1oct  N7@A.DA210       ND2@C.ASN151       3.47 base:sidechain
   7  1oct  N6@A.DA210       OD1@C.ASN151       3.54 base:sidechain
   8  1oct  N3@A.DA210       NH2@C.ARG102       3.85 base:sidechain
   9  1oct  O2@B.DT223       NH2@C.ARG102       3.69 base:sidechain
  10  1oct  O6@B.DG225       NH1@C.ARG49        2.84 base:sidechain
  11  1oct  O6@B.DG225       NH2@C.ARG49        3.21 base:sidechain
  12  1oct  N4@B.DC226       OG1@C.THR45        3.22 base:sidechain

****************************************************************************
List of 7 base/amino-acid pairs
       id   nt-aa   nt           aa      vertical-distance   plane-angle
   1  1oct  A-gln  A.DA204      C.GLN44         0.05              9
   2  1oct  G-arg  A.DG206      C.ARG49         1.68             26
   3  1oct  A-arg  A.DA208      C.ARG105        0.33             44
   4  1oct  A-arg  A.DA210      C.ARG102        2.12             37
   5  1oct  A-asn  A.DA210      C.ASN151        0.70             27
   6  1oct  T-arg  B.DT223      C.ARG102        1.17             49
   7  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG49         0.44             32

****************************************************************************
List of 1 base/amino-acid stacks
       id   nt-aa   nt           aa      vertical-distance   plane-angle
   1  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG105        3.31             37

****************************************************************************
List of 19 nucleotides interacting with amino acids
   1 A.DG202  d=3.25 C5'@A.DG202   CG2@C.THR26   aas=1 T C.THR26 ...
   2 A.DT203  d=2.74 OP1@A.DT203   NH2@C.ARG20   aas=6 RITQQS C.ARG20,C.ILE21,C.THR26,C.GLN27,C.GLN44,C.SER48 h..,...,...,h..,...,...
   3 A.DA204  d=2.60 OP2@A.DA204   OG@C.SER48    aas=5 KQQSE C.LYS17,C.GLN27,C.GLN44,C.SER48,C.GLU51 ...,h..,hp.,h..,...
   4 A.DT205  d=2.93 O4@A.DT205    OG1@C.THR45   aas=2 TS C.THR45,C.SER48 h..,...
   5 A.DG206  d=3.44 N7@A.DG206    NH2@C.ARG49   aas=2 TR C.THR45,C.ARG49 ...,hp.
   6 A.DC207  d=3.53 N4@A.DC207    NH2@C.ARG49   aas=2 RR C.ARG49,C.ARG105 ...,...
   7 A.DA208  d=2.69 OP1@A.DA208   NH2@C.ARG113  aas=2 RR C.ARG105,C.ARG113 hp.,h..
   8 A.DA209  d=3.35 O4'@A.DA209   NH1@C.ARG105  aas=8 RRTIRWNK C.ARG102,C.ARG105,C.THR106,C.ILE108,C.ARG113,C.TRP148,C.ASN151,C.LYS155 ...,...,...,...,...,...,...,...
   9 A.DA210  d=2.37 OP1@A.DA210   OG1@C.THR106  aas=8 RKKRTVVN C.ARG102,C.LYS103,C.LYS104,C.ARG105,C.THR106,C.VAL144,C.VAL147,C.ASN151 hp.,...,...,...,h..,...,...,hp.
  10 A.DT211  d=3.10 OP1@A.DT211   N@C.LYS103    aas=3 RKV C.ARG102,C.LYS103,C.VAL147 ...,h..,...
  11 B.DC217  d=3.29 C5'@B.DC217   OG@C.SER128   aas=3 SKR C.SER128,C.LYS142,C.ARG146 h..,h..,...
  12 B.DC218  d=2.90 OP2@B.DC218   NE@C.ARG146   aas=4 KRCR C.LYS125,C.ARG146,C.CYS150,C.ARG153 h..,h..,...,h..
  13 B.DT219  d=2.58 OP2@B.DT219   NH2@C.ARG153  aas=3 KCR C.LYS125,C.CYS150,C.ARG153 h..,...,h..
  14 B.DT220  d=3.96 OP2@B.DT220   CE@C.LYS157   aas=1 K C.LYS157 ...
  15 B.DT223  d=2.61 OP2@B.DT223   OG@C.SER56    aas=5 SKNKR C.SER56,C.LYS58,C.ASN59,C.LYS62,C.ARG102 h..,...,...,...,hp.
  16 B.DT224  d=2.42 OP1@B.DT224   NZ@C.LYS62    aas=9 FTRLNKLRR C.PHE42,C.THR46,C.ARG49,C.LEU55,C.ASN59,C.LYS62,C.LEU63,C.ARG102,C.ARG105 ...,...,...,...,h..,h..,...,...,...
  17 B.DG225  d=2.45 OP2@B.DG225   OG1@C.THR46   aas=8 DFSTTRRR C.ASP41,C.PHE42,C.SER43,C.THR45,C.THR46,C.ARG49,C.ARG102,C.ARG105 ...,...,h..,...,h..,hp.,...,..s
  18 B.DC226  d=3.22 N4@B.DC226    OG1@C.THR45   aas=3 TKR C.THR45,C.LYS104,C.ARG105 h..,...,h..
  19 B.DA227  d=3.71 OP1@B.DA227   OG@C.SER107   aas=2 TS C.THR45,C.SER107 ...,...

****************************************************************************
Time used: 00:00:00:00
« Last Edit: February 15, 2018, 12:05:45 am by xiangjun »
Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊]
Email: xiangjun@x3dna.org
Homepage: http://x3dna.org/
Forum: http://forum.x3dna.org/

 

Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊], Principal Investigator of the NIH grant R01GM096889
Dr. Lu is currently affiliated with the Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University.