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Author Topic: Minor and major grove calculation  (Read 484 times)

Offline bciezah1

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Minor and major grove calculation
« on: April 04, 2017, 11:02:42 pm »
Dear Xiang-Jun,

I would like to understand why I got this output when I calculated the minor and major groove from my pdb. It seems that there is some miss values. I attached the pdb I used (I am using 3DNA v2.0)

Thanks you in advance,

Basilio.

                  Minor Groove        Major Groove
                 P-P     Refined     P-P     Refined
   1 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   2 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   3 AA/TT       9.2       ---      20.8       ---
   4 AA/TT       9.2       9.1      21.1      21.1
   5 AA/TT       9.6       ---      20.1       ---
   6 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   7 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   8 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   9 AA/TT       ---       ---       ---       ---
  10 AA/TT       ---       ---       ---       ---
  11 AA/TT      10.9       ---      19.3       ---
  12 AA/TT      10.6      10.3      18.7      18.4
  13 AA/TT       9.9       9.7      19.5      19.2
  14 AA/TT      10.4      10.3      20.7      20.7
  15 AA/TT      10.6       ---      18.7       ---
  16 AA/TT       ---       ---       ---       ---
  17 AA/TT       ---       ---       ---       ---

=)

Offline xiangjun

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Re: Minor and major grove calculation
« Reply #1 on: April 04, 2017, 11:10:25 pm »
Please upgrade 3DNA v2.3, that's the latest version. See $X3DNA/doc/groove-widths.pdf for the original El Hassan & Calladine reference.

Xiang-Jun
Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊]
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Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu[律祥俊]· Supported by the NIH grant R01GM096889 · Dr. Lu is currently a member of the Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University. The project is in collabration with the Olson Laborarory at Rutgers where 3DNA got started.