Minor and major grove calculation

[bciezah1]

Dear Xiang-Jun,

I would like to understand why I got this output when I calculated the minor and major groove from my pdb. It seems that there is some miss values. I attached the pdb I used (I am using 3DNA v2.0)

Thanks you in advance,

Basilio.

                  Minor Groove        Major Groove
                 P-P     Refined     P-P     Refined
   1 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   2 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   3 AA/TT       9.2       ---      20.8       ---
   4 AA/TT       9.2       9.1      21.1      21.1
   5 AA/TT       9.6       ---      20.1       ---
   6 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   7 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   8 AA/TT       ---       ---       ---       ---
   9 AA/TT       ---       ---       ---       ---
  10 AA/TT       ---       ---       ---       ---
  11 AA/TT      10.9       ---      19.3       ---
  12 AA/TT      10.6      10.3      18.7      18.4
  13 AA/TT       9.9       9.7      19.5      19.2
  14 AA/TT      10.4      10.3      20.7      20.7
  15 AA/TT      10.6       ---      18.7       ---
  16 AA/TT       ---       ---       ---       ---
  17 AA/TT       ---       ---       ---       ---

[xiangjun]

Please upgrade 3DNA v2.3, that's the latest version. See $X3DNA/doc/groove-widths.pdf for the original El Hassan & Calladine reference.

Xiang-Jun