Messages

1

General discussions (Q&As) / Re: different geometries

« on: November 06, 2012, 05:48:57 am »

Just one little question. What an .rpt file contains?

thanks for your help

2

General discussions (Q&As) / Re: different geometries

« on: October 29, 2012, 02:28:04 pm »

Ok, i can actually convert my files in PDB ones. For example i can easily convert the following molden file:

13

 N     -0.27027  -2.52902  -0.07647
 N     -0.30933   1.51866   0.00852
 N      0.86901  -0.54557   0.00442
 C     -0.26428  -1.15421  -0.01193
 C     -1.55706  -0.47298  -0.01607
 C      0.90709   0.84743   0.00653
 C     -1.51916   0.87341  -0.00349
 O      1.93530   1.46263   0.01428
 H      0.61273  -2.94719   0.14838
 H     -2.48328  -1.02141  -0.04004
 H     -2.39932   1.49728  -0.00681
 H     -1.05544  -2.98429   0.34380
 H     -0.26099   2.51631   0.01212

 in the following pdb file:

HEADER
HETATM    1  N     2     2      -0.270  -2.529  -0.076
HETATM    2  N     2     2      -0.309   1.519   0.009
HETATM    3  N     2     2       0.869  -0.546   0.004
HETATM    4  C     2     2      -0.264  -1.154  -0.012
HETATM    5  C     2     2      -1.557  -0.473  -0.016
HETATM    6  C     2     2       0.907   0.847   0.007
HETATM    7  C     2     2      -1.519   0.873  -0.003
HETATM    8  O     2     2       1.935   1.463   0.014
HETATM    9  H     2     2       0.613  -2.947   0.148
HETATM   10  H     2     2      -2.483  -1.021  -0.040
HETATM   11  H     2     2      -2.399   1.497  -0.007
HETATM   12  H     2     2      -1.055  -2.984   0.344
HETATM   13  H     2     2      -0.261   2.516   0.012

Having my two geometries in two such files, it is now possible to perform the task that i described in my first message?

Thanks

3

General discussions (Q&As) / Re: different geometries

« on: October 29, 2012, 12:36:43 pm »

Hi

a molden file contains a number equal to the number of atoms and then the coordinates. Here an example:
 
  15

 C     1.397720    -2.058510     0.380870
 C     0.217920    -2.704680     0.347260
 C    -0.714490    -2.367180    -0.746130
 N    -0.264230    -1.402130    -1.634910
 C     0.943010    -0.739230    -1.602440
 N     1.753070    -1.105070    -0.560170
 C    -0.201800    -3.743170     1.349530
 O    -1.794930    -2.871900    -0.889730
 O     1.251680     0.083850    -2.416570
 H    -1.119870    -3.442600     1.850390
 H    -0.394610    -4.694570     0.857760
 H     0.574230    -3.886580     2.097710
 H    -0.877580    -1.155340    -2.386380
 H     2.633990    -0.640570    -0.509790
 H     2.136440    -2.244190     1.142020

Thanks

4

General discussions (Q&As) / different geometries

« on: October 26, 2012, 01:18:20 pm »

Hi!

I have two molden file, each with a particular geometry of a nucleobase. I would like to get the coordinate of the system composed by these two nucleobases (in my particular geometries) orientated as in a B-DNA chain. How can i do that with 3dna?

thank you!