Netiquette · Download · News · Gallery · Homepage · DSSR · Web-DSSR · DSSR Manual · Reproduce DSSR · DSSR-Jmol · DSSR-PyMOL · Web-SNAP

Author Topic: Output of a sample DSSR run on yeast phenylalanine tRNA (1ehz)  (Read 1747 times)

Offline xiangjun

  • Administrator
  • regular
  • ***
  • Posts: 1214
    • View Profile
    • 3DNA homepage
This analysis is straightforward, and takes virtually no time. The command is shown in the output file as well:

Code: [Select]
x3dna-dssr -i=1ehz.pdb --u-turn --non-pair --po4 -o=1ehz.out
For completeness, here is the original 1ehz.out file included in the Supplementary Data file of the DSSR paper.

Code: [Select]
****************************************************************************
                DSSR: an Integrated Software Tool for
               Dissecting the Spatial Structure of RNA
                v1.2.8-2015jun15 by xiangjun@x3dna.org

   This program is being actively maintained and developed. As always,
   I greatly appreciate your feedback! Please report all DSSR-related
   issues on the 3DNA Forum (forum.x3dna.org). I strive to respond
   *promptly* to *any questions* posted there.

****************************************************************************
Note: Each nucleotide is identified by model:chainId.name#, where the
      'model:' portion is omitted if no model number is available (as
      is often the case for x-ray crystal structures in the PDB). So a
      common example would be B.A1689, meaning adenosine #1689 on
      chain B. One-letter base names for modified nucleotides are put
      in lower case (e.g., 'c' for 5MC). For further information about
      the output notation, please refer to the DSSR User Manual.
      Questions and suggestions are always welcome on the 3DNA Forum.

Command: x3dna-dssr -i=1ehz.pdb --u-turn --non-pair --po4 -o=1ehz.out
Date and time: Mon Jun 15 02:58:49 2015
File name: 1ehz.pdb
    no. of DNA/RNA chains: 1 [A=76]
    no. of nucleotides:    76
    no. of atoms:          1821
    no. of waters:         160
    no. of metals:         9 [Mg=6,Mn=3]

****************************************************************************
List of 11 types of 14 modified nucleotides
      nt    count  list
   1 1MA-a    1    A.1MA58
   2 2MG-g    1    A.2MG10
   3 5MC-c    2    A.5MC40,A.5MC49
   4 5MU-t    1    A.5MU54
   5 7MG-g    1    A.7MG46
   6 H2U-u    2    A.H2U16,A.H2U17
   7 M2G-g    1    A.M2G26
   8 OMC-c    1    A.OMC32
   9 OMG-g    1    A.OMG34
  10 PSU-P    2    A.PSU39,A.PSU55
  11 YYG-g    1    A.YYG37

****************************************************************************
List of 34 base pairs
      nt1            nt2           bp  name        Saenger    LW  DSSR
   1 A.G1           A.C72          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.C2           A.G71          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
   3 A.G3           A.C70          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
   4 A.G4           A.U69          G-U Wobble      28-XXVIII cWW  cW-W
   5 A.A5           A.U68          A-U WC          20-XX     cWW  cW-W
   6 A.U6           A.A67          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
   7 A.U7           A.A66          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
   8 A.U8           A.A14          U-A rHoogsteen  24-XXIV   tWH  tW-M
   9 A.U8           A.A21          U+A --          n/a       tSW  tm+W
  10 A.A9           A.A23          A+A --          02-II     tHH  tM+M
  11 A.2MG10        A.C25          g-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
  12 A.2MG10        A.G45          g+G --          n/a       cHS  cM+m
  13 A.C11          A.G24          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
  14 A.U12          A.A23          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
  15 A.C13          A.G22          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
  16 A.G15          A.C48          G+C rWC         22-XXII   tWW  tW+W
  17 A.H2U16        A.U59          u+U --          n/a       tSW  tm+W
  18 A.G18          A.PSU55        G+P --          n/a       tWS  tW+m
  19 A.G19          A.C56          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
  20 A.G22          A.7MG46        G-g --          07-VII    tHW  tM-W
  21 A.M2G26        A.A44          g-A Imino       08-VIII   cWW  cW-W
  22 A.C27          A.G43          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
  23 A.C28          A.G42          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
  24 A.A29          A.U41          A-U WC          20-XX     cWW  cW-W
  25 A.G30          A.5MC40        G-c WC          19-XIX    cWW  cW-W
  26 A.A31          A.PSU39        A-P --          n/a       cWW  cW-W
  27 A.OMC32        A.A38          c-A --          n/a       c.W  c.-W
  28 A.U33          A.A36          U-A --          n/a       tSH  tm-M
  29 A.5MC49        A.G65          c-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
  30 A.U50          A.A64          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
  31 A.G51          A.C63          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
  32 A.U52          A.A62          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
  33 A.G53          A.C61          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
  34 A.5MU54        A.1MA58        t-a rHoogsteen  24-XXIV   tWH  tW-M

****************************************************************************
List of 4 multiplets
   1 nts=3 UAA A.U8,A.A14,A.A21
   2 nts=3 AUA A.A9,A.U12,A.A23
   3 nts=3 gCG A.2MG10,A.C25,A.G45
   4 nts=3 CGg A.C13,A.G22,A.7MG46

****************************************************************************
List of 2 helices
  Note: a helix is defined by base-stacking interactions, regardless of bp
        type and backbone connectivity, and may contain more than one stem.
      helix#number[stems-contained] bps=number-of-base-pairs in the helix
      bp-type: '|' for a canonical WC/wobble pair, '.' otherwise
      helix-form: classification of a dinucleotide step comprising the bp
        above the given designation and the bp that follows it. Types
        include 'A', 'B' or 'Z' for the common A-, B- and Z-form helices,
        '.' for an unclassified step, and 'x' for a step without a
        continuous backbone.
      --------------------------------------------------------------------
  helix#1[2] bps=15
      strand-1 5'-GCGGAUUcUGUGtPC-3'
       bp-type    ||||||||||||..|
      strand-2 3'-CGCUUAAGACACaGG-5'
      helix-form  AA....xAAAAxx.
   1 A.G1           A.C72          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.C2           A.G71          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   3 A.G3           A.C70          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   4 A.G4           A.U69          G-U Wobble       28-XXVIII cWW  cW-W
   5 A.A5           A.U68          A-U WC           20-XX     cWW  cW-W
   6 A.U6           A.A67          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   7 A.U7           A.A66          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   8 A.5MC49        A.G65          c-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   9 A.U50          A.A64          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
  10 A.G51          A.C63          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
  11 A.U52          A.A62          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
  12 A.G53          A.C61          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
  13 A.5MU54        A.1MA58        t-a rHoogsteen   24-XXIV   tWH  tW-M
  14 A.PSU55        A.G18          P+G --           n/a       tSW  tm+W
  15 A.C56          A.G19          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
  --------------------------------------------------------------------------
  helix#2[2] bps=15
      strand-1 5'-AAPcUGGAgCUCAGu-3'
       bp-type    ...||||.||||...
      strand-2 3'-UcAGACCgCGAGUCU-5'
      helix-form  x..AAAAxAA.xxx
   1 A.A36          A.U33          A-U --           n/a       tHS  tM-m
   2 A.A38          A.OMC32        A-c --           n/a       cW.  cW-.
   3 A.PSU39        A.A31          P-A --           n/a       cWW  cW-W
   4 A.5MC40        A.G30          c-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   5 A.U41          A.A29          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   6 A.G42          A.C28          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   7 A.G43          A.C27          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   8 A.A44          A.M2G26        A-g Imino        08-VIII   cWW  cW-W
   9 A.2MG10        A.C25          g-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
  10 A.C11          A.G24          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
  11 A.U12          A.A23          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
  12 A.C13          A.G22          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
  13 A.A14          A.U8           A-U rHoogsteen   24-XXIV   tHW  tM-W
  14 A.G15          A.C48          G+C rWC          22-XXII   tWW  tW+W
  15 A.H2U16        A.U59          u+U --           n/a       tSW  tm+W

****************************************************************************
List of 4 stems
  Note: a stem is defined as a helix consisting of only canonical WC/wobble
        pairs, with a continuous backbone.
      stem#number[#helix-number containing this stem]
      Other terms are defined as in the above Helix section.
      --------------------------------------------------------------------
  stem#1[#1] bps=7
      strand-1 5'-GCGGAUU-3'
       bp-type    |||||||
      strand-2 3'-CGCUUAA-5'
      helix-form  AA....
   1 A.G1           A.C72          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.C2           A.G71          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   3 A.G3           A.C70          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   4 A.G4           A.U69          G-U Wobble       28-XXVIII cWW  cW-W
   5 A.A5           A.U68          A-U WC           20-XX     cWW  cW-W
   6 A.U6           A.A67          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   7 A.U7           A.A66          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
  --------------------------------------------------------------------------
  stem#2[#2] bps=4
      strand-1 5'-gCUC-3'
       bp-type    ||||
      strand-2 3'-CGAG-5'
      helix-form  AA.
   1 A.2MG10        A.C25          g-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.C11          A.G24          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   3 A.U12          A.A23          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   4 A.C13          A.G22          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
  --------------------------------------------------------------------------
  stem#3[#2] bps=4
      strand-1 5'-CCAG-3'
       bp-type    ||||
      strand-2 3'-GGUc-5'
      helix-form  AAA
   1 A.C27          A.G43          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.C28          A.G42          C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   3 A.A29          A.U41          A-U WC           20-XX     cWW  cW-W
   4 A.G30          A.5MC40        G-c WC           19-XIX    cWW  cW-W
  --------------------------------------------------------------------------
  stem#4[#1] bps=5
      strand-1 5'-cUGUG-3'
       bp-type    |||||
      strand-2 3'-GACAC-5'
      helix-form  AAAA
   1 A.5MC49        A.G65          c-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.U50          A.A64          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   3 A.G51          A.C63          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   4 A.U52          A.A62          U-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   5 A.G53          A.C61          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W

****************************************************************************
List of 1 isolated WC/wobble pair
  Note: isolated WC/wobble pairs are assigned negative indices to
        differentiate them from the stem numbers, which are positive.
        --------------------------------------------------------------------
[#1]     -1 A.G19          A.C56          G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W

****************************************************************************
List of 2 coaxial stacks
   1 Helix#1 contains 2 stems: [#1,#4]
   2 Helix#2 contains 2 stems: [#3,#2]

****************************************************************************
List of 92 non-pairing interactions
   1 A.G1           A.C2           stacking: 5.4(2.6)--pm(>>,forward) H-bonds[1]: "OP2*OP2[2.99]"
   2 A.G1           A.A73          stacking: 2.4(1.2)--mm(<>,outward)
   3 A.C2           A.G3           stacking: 0.5(0.0)--pm(>>,forward)
   4 A.G3           A.G4           stacking: 3.2(1.8)--pm(>>,forward)
   5 A.G3           A.G71          stacking: 2.6(0.3)--mm(<>,outward)
   6 A.G4           A.A5           stacking: 5.6(3.5)--pm(>>,forward)
   7 A.A5           A.U6           stacking: 5.9(4.3)--pm(>>,forward)
   8 A.U6           A.U7           stacking: 0.6(0.0)--pm(>>,forward)
   9 A.U7           A.5MC49        stacking: 1.2(0.0)--pm(>>,forward) H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-OP2[2.68]"
  10 A.U8           A.C13          stacking: 2.0(0.0)--pp(><,inward)
  11 A.U8           A.G15          stacking: 0.5(0.0)--mm(<>,outward)
  12 A.A9           A.C11          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-N4(amino)[2.90]"
  13 A.A9           A.C13          H-bonds[1]: "OP2-N4(amino)[3.01]"
  14 A.A9           A.G22          stacking: 0.1(0.0)--mp(<<,backward)
  15 A.A9           A.G45          stacking: 1.6(0.5)--pp(><,inward)
  16 A.A9           A.7MG46        stacking: 1.6(0.7)--mm(<>,outward) H-bonds[1]: "O5'-N2(amino)[3.34]"
  17 A.2MG10        A.C11          stacking: 4.2(1.3)--pm(>>,forward)
  18 A.2MG10        A.M2G26        stacking: 1.0(0.0)--mm(<>,outward)
  19 A.C11          A.U12          stacking: 0.9(0.0)--pm(>>,forward)
  20 A.U12          A.C13          stacking: 1.3(0.3)--pm(>>,forward)
  21 A.A14          A.G15          stacking: 2.4(0.8)--pm(>>,forward)
  22 A.A14          A.G22          stacking: 1.9(0.1)--mm(<>,outward)
  23 A.G15          A.H2U16        stacking: 0.4(0.0)--pm(>>,forward)
  24 A.G15          A.U59          stacking: 0.4(0.0)--pm(>>,forward)
  25 A.H2U16        A.C60          stacking: 1.4(0.0)--pm(>>,forward) H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-N3[3.46]"
  26 A.H2U17        A.G18          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-OP1[2.97]"
  27 A.G18          A.G57          stacking: 4.3(1.5)--pp(><,inward) H-bonds[3]: "O3'-N2(amino)[3.29],O2'(hydroxyl)-N1(imino)[3.04],O2'(hydroxyl)-N2(amino)[2.71]"
  28 A.G18          A.1MA58        stacking: 8.3(3.6)--mm(<>,outward) H-bonds[2]: "N2(amino)-O5'[3.22],N2(amino)-O4'[3.11]"
  29 A.G19          A.G57          stacking: 3.3(0.9)--mm(<>,outward) H-bonds[1]: "O4'-N2(amino)[3.17]"
  30 A.G19          A.C60          H-bonds[1]: "OP1-N4(amino)[3.27]"
  31 A.G20          A.A21          H-bonds[1]: "OP1*OP2[2.74]"
  32 A.G20          A.G22          H-bonds[1]: "N2(amino)-O4'[3.24]"
  33 A.A21          A.G22          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-O4'[3.44]"
  34 A.A21          A.7MG46        stacking: 5.0(2.1)--pp(><,inward)
  35 A.A21          A.C48          stacking: 5.9(2.9)--mm(<>,outward)
  36 A.G22          A.A23          stacking: 1.1(0.1)--pm(>>,forward)
  37 A.A23          A.G24          stacking: 4.1(3.3)--pm(>>,forward)
  38 A.G24          A.C25          stacking: 7.5(4.2)--pm(>>,forward)
  39 A.C25          A.M2G26        stacking: 2.0(1.0)--pm(>>,forward)
  40 A.M2G26        A.C27          stacking: 6.8(3.6)--pm(>>,forward)
  41 A.C27          A.C28          stacking: 0.9(0.1)--pm(>>,forward)
  42 A.C28          A.G43          stacking: 0.2(0.0)--mm(<>,outward)
  43 A.A29          A.G30          stacking: 2.4(2.2)--pm(>>,forward)
  44 A.A29          A.G42          stacking: 2.8(1.6)--mm(<>,outward)
  45 A.G30          A.A31          stacking: 6.3(3.5)--pm(>>,forward)
  46 A.G30          A.U41          stacking: 0.8(0.0)--mm(<>,outward)
  47 A.A31          A.OMC32        stacking: 6.2(4.1)--pm(>>,forward)
  48 A.OMC32        A.U33          stacking: 3.6(1.3)--pm(>>,forward)
  49 A.U33          A.A35          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-N7[2.37]"
  50 A.U33          A.YYG37        H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-O22[3.41]"
  51 A.OMG34        A.A35          stacking: 6.0(4.1)--pm(>>,forward) H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-O4'[3.33]"
  52 A.A35          A.A36          stacking: 4.7(2.1)--pm(>>,forward)
  53 A.A36          A.YYG37        stacking: 5.3(3.9)--pm(>>,forward) H-bonds[4]: "O2'(hydroxyl)-O4'[2.49],N6(amino)-O17[3.25],N6(amino)*N20[2.94],N6(amino)-O22[3.25]"
  54 A.YYG37        A.A38          stacking: 7.7(3.5)--pm(>>,forward)
  55 A.A38          A.PSU39        stacking: 5.9(4.1)--pm(>>,forward)
  56 A.PSU39        A.5MC40        stacking: 5.4(1.1)--pm(>>,forward)
  57 A.G42          A.G43          stacking: 3.3(1.8)--pm(>>,forward)
  58 A.G43          A.A44          stacking: 4.7(2.9)--pm(>>,forward)
  59 A.A44          A.G45          stacking: 5.4(2.5)--pm(>>,forward)
  60 A.7MG46        A.C48          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-OP2[3.55]"
  61 A.U47          A.5MC49        H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-O3'[3.21]"
  62 A.U47          A.U50          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-OP1[2.71]"
  63 A.C48          A.5MC49        H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-OP1[3.13]"
  64 A.C48          A.U59          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-O2'(hydroxyl)[3.07]"
  65 A.U50          A.G51          stacking: 0.4(0.0)--pm(>>,forward)
  66 A.U50          A.G65          stacking: 0.4(0.0)--mm(<>,outward)
  67 A.G51          A.U52          stacking: 6.8(4.0)--pm(>>,forward)
  68 A.G51          A.A64          stacking: 2.5(1.1)--mm(<>,outward)
  69 A.G53          A.5MU54        stacking: 7.9(3.4)--pm(>>,forward)
  70 A.G53          A.A62          stacking: 4.2(2.0)--mm(<>,outward)
  71 A.5MU54        A.PSU55        stacking: 5.7(2.2)--pm(>>,forward)
  72 A.PSU55        A.G57          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-N7[2.72]"
  73 A.PSU55        A.1MA58        H-bonds[1]: "N3-OP2[2.77]"
  74 A.C56          A.G57          stacking: 1.9(1.2)--pm(>>,forward)
  75 A.1MA58        A.C60          H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-OP2[2.42]"
  76 A.1MA58        A.C61          stacking: 4.8(1.3)--pm(>>,forward)
  77 A.U59          A.C60          stacking: 6.7(4.2)--pm(>>,forward)
  78 A.C60          A.C61          H-bonds[1]: "OP1-N4(amino)[3.12]"
  79 A.A62          A.C63          stacking: 4.7(3.0)--pm(>>,forward)
  80 A.C63          A.A64          stacking: 0.6(0.0)--pm(>>,forward)
  81 A.A64          A.G65          stacking: 4.0(2.9)--pm(>>,forward)
  82 A.G65          A.A66          stacking: 3.3(1.7)--pm(>>,forward)
  83 A.A66          A.A67          stacking: 4.7(3.9)--pm(>>,forward)
  84 A.A67          A.U68          stacking: 4.5(3.1)--pm(>>,forward)
  85 A.U68          A.U69          stacking: 2.6(1.0)--pm(>>,forward)
  86 A.U69          A.C70          stacking: 0.4(0.0)--pm(>>,forward) H-bonds[1]: "O2'(hydroxyl)-O4'[3.16]"
  87 A.C70          A.G71          stacking: 1.4(0.2)--pm(>>,forward)
  88 A.G71          A.C72          stacking: 7.4(4.2)--pm(>>,forward)
  89 A.C72          A.A73          stacking: 0.3(0.1)--pm(>>,forward)
  90 A.A73          A.C74          stacking: 6.0(4.0)--pm(>>,forward)
  91 A.C74          A.C75          stacking: 4.8(2.5)--pm(>>,forward)
  92 A.C75          A.A76          H-bonds[1]: "O5'*OP1[3.27]"

****************************************************************************
List of 11 stacks
  Note: a stack is an ordered list of nucleotides assembled together via
        base-stacking interactions, regardless of backbone connectivity.
        Stacking interactions within a stem are *not* included.
        --------------------------------------------------------------------
   1 nts=2 Uc A.U7,A.5MC49
   2 nts=2 UC A.U8,A.C13
   3 nts=2 GA A.G65,A.A66
   4 nts=3 CgC A.C25,A.M2G26,A.C27
   5 nts=3 gAC A.7MG46,A.A21,A.C48
   6 nts=3 GtP A.G53,A.5MU54,A.PSU55
   7 nts=4 GACC A.G1,A.A73,A.C74,A.C75
   8 nts=4 GAcU A.G30,A.A31,A.OMC32,A.U33
   9 nts=5 GGGaC A.G19,A.G57,A.G18,A.1MA58,A.C61
  10 nts=7 gAAgAPc A.OMG34,A.A35,A.A36,A.YYG37,A.A38,A.PSU39,A.5MC40
  11 nts=9 GAGAGAGUC A.G43,A.A44,A.G45,A.A9,A.G22,A.A14,A.G15,A.U59,A.C60
     -----------------------------------------------------------------------
  Nucleotides not involved in stacking interactions
     nts=4 uGUA A.H2U17,A.G20,A.U47,A.A76

****************************************************************************
Note: for the various types of loops listed below, numbers within the first
      set of brackets are the number of loop nts, and numbers in the second
      set of brackets are the identities of the stems (positive number) or
      isolated WC/wobble pairs (negative numbers) to which they are linked.

****************************************************************************
List of 3 hairpin loops
   1 hairpin loop: nts=10; [8]; linked by [#2]
     nts=10 CAGuuGGGAG A.C13,A.A14,A.G15,A.H2U16,A.H2U17,A.G18,A.G19,A.G20,A.A21,A.G22
       nts=8 AGuuGGGA A.A14,A.G15,A.H2U16,A.H2U17,A.G18,A.G19,A.G20,A.A21
   2 hairpin loop: nts=11; [9]; linked by [#3]
     nts=11 GAcUgAAgAPc A.G30,A.A31,A.OMC32,A.U33,A.OMG34,A.A35,A.A36,A.YYG37,A.A38,A.PSU39,A.5MC40
       nts=9 AcUgAAgAP A.A31,A.OMC32,A.U33,A.OMG34,A.A35,A.A36,A.YYG37,A.A38,A.PSU39
   3 hairpin loop: nts=9; [7]; linked by [#4]
     nts=9 GtPCGaUCC A.G53,A.5MU54,A.PSU55,A.C56,A.G57,A.1MA58,A.U59,A.C60,A.C61
       nts=7 tPCGaUC A.5MU54,A.PSU55,A.C56,A.G57,A.1MA58,A.U59,A.C60

****************************************************************************
List of 1 junction
   1 4-way junction: nts=16; [2,1,5,0]; linked by [#1,#2,#3,#4]
     nts=16 UUAgCgCGAGgUCcGA A.U7,A.U8,A.A9,A.2MG10,A.C25,A.M2G26,A.C27,A.G43,A.A44,A.G45,A.7MG46,A.U47,A.C48,A.5MC49,A.G65,A.A66
       nts=2 UA A.U8,A.A9
       nts=1 g A.M2G26
       nts=5 AGgUC A.A44,A.G45,A.7MG46,A.U47,A.C48
       nts=0

****************************************************************************
List of 1 non-loop single-stranded segment
   1 nts=4 ACCA A.A73,A.C74,A.C75,A.A76

****************************************************************************
List of 1 kissing loop interaction
   1 isolated-pair #-1 between hairpin loops #1 and #3

****************************************************************************
List of 2 U-turns
   1  A.U33-A.A36 H-bonds[1]: "N3(imino)-OP2[2.80]" nts=6 cUgAAg A.OMC32,A.U33,A.OMG34,A.A35,A.A36,A.YYG37
   2  A.PSU55-A.1MA58 H-bonds[1]: "N3-OP2[2.77]" nts=6 tPCGaU A.5MU54,A.PSU55,A.C56,A.G57,A.1MA58,A.U59

****************************************************************************
List of 18 phosphate interactions
   1 A.U7            OP1-hbonds[1]: "MG@A.MG580[2.60]"
   2 A.A9            OP2-hbonds[1]: "N4@A.C13[3.01]"
   3 A.A14           OP2-hbonds[1]: "MG@A.MG580[1.93]"
   4 A.H2U16         OP2-cap: "A.H2U16"
   5 A.G18           OP1-hbonds[1]: "O2'@A.H2U17[2.97]"
   6 A.G19           OP1-hbonds[2]: "N4@A.C60[3.27],MN@A.MN530[2.19]"
   7 A.G20           OP1-hbonds[1]: "MG@A.MG540[2.07]"
   8 A.A21           OP2-hbonds[1]: "MG@A.MG540[2.11]"
   9 A.A23           OP2-hbonds[1]: "N6@A.A9[3.12]"
  10 A.A35           OP2-cap: "A.U33"
  11 A.A36           OP2-hbonds[1]: "N3@A.U33[2.80]"
  12 A.YYG37         OP2-hbonds[1]: "MG@A.MG590[2.53]"
  13 A.C48           OP2-hbonds[1]: "O2'@A.7MG46[3.55]"
  14 A.5MC49         OP1-hbonds[1]: "O2'@A.C48[3.13]" OP2-hbonds[1]: "O2'@A.U7[2.68]"
  15 A.U50           OP1-hbonds[1]: "O2'@A.U47[2.71]"
  16 A.G57           OP2-cap: "A.PSU55"
  17 A.1MA58         OP2-hbonds[1]: "N3@A.PSU55[2.77]"
  18 A.C60           OP1-hbonds[1]: "N4@A.C61[3.12]" OP2-hbonds[1]: "O2'@A.1MA58[2.42]"

****************************************************************************
This structure contains 1-order pseudoknot
   o You may want to run DSSR again with the '--nested' option which removes
     pseudoknots to get a fully nested secondary structure representation.

****************************************************************************
Secondary structures in dot-bracket notation (dbn) as a whole and per chain
>1ehz nts=76 [whole]
GCGGAUUUAgCUCAGuuGGGAGAGCgCCAGAcUgAAgAPcUGGAGgUCcUGUGtPCGaUCCACAGAAUUCGCACCA
(((((((..((((.....[..)))).((((.........)))).....(((((..]....))))))))))))....
>1ehz-A #1 nts=76 [chain] RNA
GCGGAUUUAgCUCAGuuGGGAGAGCgCCAGAcUgAAgAPcUGGAGgUCcUGUGtPCGaUCCACAGAAUUCGCACCA
(((((((..((((.....[..)))).((((.........)))).....(((((..]....))))))))))))....

****************************************************************************
List of 12 additional files
   1 dssr-stems.pdb -- an ensemble of stems
   2 dssr-helices.pdb -- an ensemble of helices (coaxial stacking)
   3 dssr-pairs.pdb -- an ensemble of base pairs
   4 dssr-multiplets.pdb -- an ensemble of multiplets
   5 dssr-hairpins.pdb -- an ensemble of hairpin loops
   6 dssr-junctions.pdb -- an ensemble of junctions (multi-branch)
   7 dssr-2ndstrs.bpseq -- secondary structure in bpseq format
   8 dssr-2ndstrs.ct -- secondary structure in connect table format
   9 dssr-2ndstrs.dbn -- secondary structure in dot-bracket notation
  10 dssr-torsions.txt -- backbone torsion angles and suite names
  11 dssr-Uturns.pdb -- an ensemble of U-turn motifs
  12 dssr-stacks.pdb -- an ensemble of stacks

Note the 14 modified nucleotides (shown below) auto-identified by DSSR:
Code: [Select]
List of 11 types of 14 modified nucleotides
      nt    count  list
   1 1MA-a    1    A.1MA58
   2 2MG-g    1    A.2MG10
   3 5MC-c    2    A.5MC40,A.5MC49
   4 5MU-t    1    A.5MU54
   5 7MG-g    1    A.7MG46
   6 H2U-u    2    A.H2U16,A.H2U17
   7 M2G-g    1    A.M2G26
   8 OMC-c    1    A.OMC32
   9 OMG-g    1    A.OMG34
  10 PSU-P    2    A.PSU39,A.PSU55
  11 YYG-g    1    A.YYG37

For simplicity, the --more option is excluded from the sample DSSR run. Otherwise, neat listings would be distracted by additional auxiliary parameters. For example, the section listing base pairs (without specifying --more as in the above 1ehz.out file) is shown below:

Code: [Select]
List of 34 base pairs
      nt1            nt2           bp  name        Saenger    LW  DSSR
   1 A.G1           A.C72          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.C2           A.G71          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
   3 A.G3           A.C70          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
   4 A.G4           A.U69          G-U Wobble      28-XXVIII cWW  cW-W
   5 A.A5           A.U68          A-U WC          20-XX     cWW  cW-W
   6 A.U6           A.A67          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
   7 A.U7           A.A66          U-A WC          20-XX     cWW  cW-W
   8 A.U8           A.A14          U-A rHoogsteen  24-XXIV   tWH  tW-M
......
With the --more option, it would become
Code: [Select]
List of 34 base pairs
      nt1            nt2           bp  name        Saenger    LW  DSSR
   1 A.G1           A.C72          G-C WC          19-XIX    cWW  cW-W
       [-167.8(anti) ~C3'-endo lambda=51.3] [-161.6(anti) ~C3'-endo lambda=56.2]
       d(C1'-C1')=10.58 d(N1-N9)=8.85 d(C6-C8)=9.75 tor(C1'-N1-N9-C1')=-0.7
       H-bonds[3]: "O6(carbonyl)-N4(amino)[2.83],N1(imino)-N3[2.88],N2(amino)-O2(carbonyl)[2.84]"
       bp-pars: [-0.55   -0.28   -0.43   -6.30   -9.83   -0.70]
   2 A.C2           A.G71          C-G WC          19-XIX    cWW  cW-W
       [-163.8(anti) ~C3'-endo lambda=53.0] [-162.8(anti) ~C3'-endo lambda=52.7]
       d(C1'-C1')=10.83 d(N1-N9)=9.06 d(C6-C8)=9.93 tor(C1'-N1-N9-C1')=-8.3
       H-bonds[3]: "O2(carbonyl)-N2(amino)[3.01],N3-N1(imino)[2.97],N4(amino)-O6(carbonyl)[2.86]"
       bp-pars: [0.13    -0.08   0.03    -7.96   -10.30  -2.67]
......

More informative, but less intuitive. As noted in the User Manual, "There is more to DSSR than meets the eye. By connecting dots in RNA structural bioinformatics, the program makes many common tasks simple and advanced applications feasible."
« Last Edit: August 05, 2015, 05:43:17 pm by xiangjun »
Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊]
Email: xiangjun@x3dna.org
Homepage: http://x3dna.org/
Forum: http://forum.x3dna.org/

 

Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu[律祥俊]· Supported by the NIH grant R01GM096889 · Dr. Lu is currently a member of the Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University. The project is in collabration with the Olson Laborarory at Rutgers where 3DNA got started.