Netiquette · Download · News · Gallery · Homepage · DSSR Manual · G-quadruplexes · DSSR-Jmol · DSSR-PyMOL · DSSR Download/Licensing · {Video Overview of DSSR}

Author Topic: How to change the criteria of base pair  (Read 7756 times)

Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
How to change the criteria of base pair
« on: July 27, 2016, 06:06:35 pm »
Hi,

I am using DSSR to find base pairs in a DNA duplex MD structure. It is a 12-mer DNA duplex which I expect there should be only 12 canonical base pairs. However, DSSR told me there are 13 base pairs which means it over counted one base pair. Is there any way to change the criteria to define a base pair (like hydrogen bond length) in DSSR?

I would really appreciate your reply.

Best,
Honglue

Offline xiangjun

  • Administrator
  • with-posts
  • *****
  • Posts: 1614
    • View Profile
    • 3DNA homepage
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #1 on: July 27, 2016, 06:59:50 pm »
Hi Honglue,

Thanks for using DSSR. Could you please provide an example to illustrate the case? Overall, the default base-pair criteria are well tested for the most common use cases and they are configurable from the command line.

Best regards,

Xiang-Jun

Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #2 on: July 27, 2016, 07:41:29 pm »
Hi,

Thanks for your feedback. Here is the case. This structure is from MD simulation:

Command: x3dna-dssr -i=A2-dna-1-102-37034.pdb --more
Date and time: Wed Jul 27 19:34:34 2016
File name: A2-dna-1-102-37034.pdb
    no. of DNA/RNA chains: 1 [X=24]
    no. of nucleotides:    24
    no. of atoms:          759
    no. of waters:         0
    no. of metals:         0
    total number of base pairs: 13
    total number of helices: 1
    total number of stems: 1

****************************************************************************

So, the DNA is a 12-mer double helix but it said the total number of base pairs are 13.

I double checked the output information and it seems it counted a non-canonical base pair.


   2 X.CYT2         X.THY22        C-T --          n/a       cWW  cW-W
       [-156.0(anti) .... lambda=29.3] [-156.4(anti) .... lambda=37.6]
       d(C1'-C1')=12.14 d(N1-N9)=9.71 d(C6-C8)=9.88 tor(C1'-N1-N9-C1')=7.5
       H-bonds[1]: "N4(amino)-O4(carbonyl)[3.39]"
       interBase-angle=8  Simple-bpParams: Shear=-0.74 Stretch=0.15 Buckle=-3.0 Propeller=-7.0
       bp-pars: [-0.75   0.09    -1.80   -2.46   -7.18   -39.36]

Is there anyway to avoid this non-canonical base pair?

Also, if this overcounted base pair is A-T or G-C pair (maybe they are not base pair but just very close), is there anyway to avoid this?

Best,
Honglue

Offline xiangjun

  • Administrator
  • with-posts
  • *****
  • Posts: 1614
    • View Profile
    • 3DNA homepage
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #3 on: July 27, 2016, 08:06:16 pm »
Hi,

Thanks for providing a sample output from DSSR on your MD simulation. I understand your point, but in reality it is hard to decide if two bases close together should be taken as a (mostly non-canonical) 'pair'. From the text output, I see no reason why DSSR should exclude the extra 'C-T' pair from the its output. There are certainly similiar C-U pairs in RNA structures. For illustration purpose, it helps if you could attach this DSSR-(mis)identified 'pair' in PDB format. Or better off, also attach a molecular image of this pair (using Jmol or PyMOL).

The way to solve your problem is to use 'find_pair' to get a prelimary list of pairs, presumably 13 with the extra you want to get rid of. Then edit this file to remove the extra pair, and run 'analyze' to get the parameters. I am planning to add the 'find_pair/analyze' functionality to DSSR that allows users to add/remove base pairs for the analysis.

Xiang-Jun

Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #4 on: July 27, 2016, 09:23:33 pm »
Hi,

Thank you so much for your feedback.

I totally understand your explanation. The reason why it is annoying is that we trying to analyze a lot of pdb files simultaneously from a big MD trajectories and sometimes the annoying extra base pairs will show up. Is there anyway to turn off the non-canonical base pair when we analyze them? Or is there anyway to change the criteria like decrease the H bond cutoff? I have a lot of trajectory pdb files and it will take me a long time to check them one by one and delete the extra base pair. I would really appreciate if you could provide a more efficient way to deal with this issue.

Thank you again.

Best,
Honglue


Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #5 on: July 27, 2016, 09:42:21 pm »
Here is the C-T mispair pdb file:


ATOM      1  P   CYT X   2      -4.828 -14.185  11.900  1.00  0.00           P 
ATOM      2  C5' CYT X   2      -3.306 -15.035  10.007  1.00  0.00           C 
ATOM      3  O5' CYT X   2      -3.975 -13.976  10.569  1.00  0.00           O 
ATOM      4  C4' CYT X   2      -2.679 -15.009   8.557  1.00  0.00           C 
ATOM      5  O4' CYT X   2      -3.655 -14.996   7.464  1.00  0.00           O 
ATOM      6  C3' CYT X   2      -1.900 -13.688   8.251  1.00  0.00           C 
ATOM      7  O3' CYT X   2      -0.605 -13.621   8.812  1.00  0.00           O 
ATOM      8  C2' CYT X   2      -1.801 -13.797   6.740  1.00  0.00           C 
ATOM      9  C1' CYT X   2      -2.880 -14.764   6.256  1.00  0.00           C 
ATOM     10  N1  CYT X   2      -3.562 -14.188   5.167  1.00  0.00           N 
ATOM     11  C2  CYT X   2      -3.112 -14.364   3.848  1.00  0.00           C 
ATOM     12  O2  CYT X   2      -2.006 -14.948   3.627  1.00  0.00           O 
ATOM     13  N3  CYT X   2      -3.853 -13.910   2.768  1.00  0.00           N 
ATOM     14  C4  CYT X   2      -4.877 -13.125   3.056  1.00  0.00           C 
ATOM     15  N4  CYT X   2      -5.718 -12.746   2.182  1.00  0.00           N 
ATOM     16  C5  CYT X   2      -5.302 -12.812   4.399  1.00  0.00           C 
ATOM     17  C6  CYT X   2      -4.588 -13.309   5.428  1.00  0.00           C 
ATOM     18  OP1 CYT X   2      -3.980 -14.962  12.864  1.00  0.00           O 
ATOM     19  OP2 CYT X   2      -5.426 -12.878  12.246  1.00  0.00           O 
ATOM     20  H5  CYT X   2      -6.111 -12.133   4.626  1.00  0.00           H 
ATOM     21  H6  CYT X   2      -4.706 -12.971   6.447  1.00  0.00           H 
ATOM     22  H1' CYT X   2      -2.306 -15.648   5.979  1.00  0.00           H 
ATOM     23  H2' CYT X   2      -1.915 -12.835   6.242  1.00  0.00           H 
ATOM     24  H3' CYT X   2      -2.624 -12.890   8.412  1.00  0.00           H 
ATOM     25  H4' CYT X   2      -1.967 -15.825   8.434  1.00  0.00           H 
ATOM     26  H41 CYT X   2      -5.572 -12.927   1.199  1.00  0.00           H 
ATOM     27  H5' CYT X   2      -3.923 -15.932  10.068  1.00  0.00           H 
ATOM     28  H42 CYT X   2      -6.452 -12.121   2.483  1.00  0.00           H 
ATOM     29 H2'' CYT X   2      -0.849 -14.165   6.357  1.00  0.00           H 
ATOM     30 H5'' CYT X   2      -2.521 -15.314  10.710  1.00  0.00           H 
ATOM     31  P   THY X  22      -6.463  -9.660  -9.742  1.00  0.00           P 
ATOM     32  C5' THY X  22      -4.221 -10.672  -8.863  1.00  0.00           C 
ATOM     33  O5' THY X  22      -5.614 -10.548  -8.755  1.00  0.00           O 
ATOM     34  C4' THY X  22      -3.634 -11.570  -7.724  1.00  0.00           C 
ATOM     35  O4' THY X  22      -3.758 -10.896  -6.525  1.00  0.00           O 
ATOM     36  C3' THY X  22      -4.179 -12.977  -7.575  1.00  0.00           C 
ATOM     37  O3' THY X  22      -3.695 -13.924  -8.501  1.00  0.00           O 
ATOM     38  C2' THY X  22      -3.741 -13.131  -6.143  1.00  0.00           C 
ATOM     39  C1' THY X  22      -3.446 -11.753  -5.486  1.00  0.00           C 
ATOM     40  N1  THY X  22      -4.184 -11.605  -4.172  1.00  0.00           N 
ATOM     41  C2  THY X  22      -3.584 -12.077  -3.008  1.00  0.00           C 
ATOM     42  O2  THY X  22      -2.595 -12.776  -3.092  1.00  0.00           O 
ATOM     43  N3  THY X  22      -4.123 -11.676  -1.813  1.00  0.00           N 
ATOM     44  C4  THY X  22      -5.294 -10.960  -1.674  1.00  0.00           C 
ATOM     45  O4  THY X  22      -5.658 -10.677  -0.504  1.00  0.00           O 
ATOM     46  C5  THY X  22      -6.019 -10.683  -2.925  1.00  0.00           C 
ATOM     47  C6  THY X  22      -5.459 -11.019  -4.148  1.00  0.00           C 
ATOM     48  C7  THY X  22      -7.457 -10.363  -2.839  1.00  0.00           C 
ATOM     49  OP1 THY X  22      -6.052  -9.807 -11.195  1.00  0.00           O 
ATOM     50  OP2 THY X  22      -7.882  -9.938  -9.400  1.00  0.00           O 
ATOM     51  H3  THY X  22      -3.747 -12.012  -0.938  1.00  0.00           H 
ATOM     52  H6  THY X  22      -5.992 -10.780  -5.057  1.00  0.00           H 
ATOM     53  H1' THY X  22      -2.365 -11.803  -5.356  1.00  0.00           H 
ATOM     54  H2' THY X  22      -4.589 -13.608  -5.652  1.00  0.00           H 
ATOM     55  H3' THY X  22      -5.260 -12.920  -7.706  1.00  0.00           H 
ATOM     56  H4' THY X  22      -2.570 -11.599  -7.960  1.00  0.00           H 
ATOM     57  H5' THY X  22      -3.739  -9.695  -8.895  1.00  0.00           H 
ATOM     58  H71 THY X  22      -7.996 -11.113  -2.260  1.00  0.00           H 
ATOM     59  H72 THY X  22      -7.608  -9.383  -2.388  1.00  0.00           H 
ATOM     60  H73 THY X  22      -7.994 -10.274  -3.784  1.00  0.00           H 
ATOM     61 H2'' THY X  22      -2.874 -13.790  -6.092  1.00  0.00           H 
ATOM     62 H5'' THY X  22      -3.986 -11.120  -9.829  1.00  0.00           H 
END

Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #6 on: July 27, 2016, 09:44:52 pm »
This is that mispair and its neighbors:


ATOM      1  P   CYT X   2      -4.828 -14.185  11.900  1.00  0.00           P 
ATOM      2  C5' CYT X   2      -3.306 -15.035  10.007  1.00  0.00           C 
ATOM      3  O5' CYT X   2      -3.975 -13.976  10.569  1.00  0.00           O 
ATOM      4  C4' CYT X   2      -2.679 -15.009   8.557  1.00  0.00           C 
ATOM      5  O4' CYT X   2      -3.655 -14.996   7.464  1.00  0.00           O 
ATOM      6  C3' CYT X   2      -1.900 -13.688   8.251  1.00  0.00           C 
ATOM      7  O3' CYT X   2      -0.605 -13.621   8.812  1.00  0.00           O 
ATOM      8  C2' CYT X   2      -1.801 -13.797   6.740  1.00  0.00           C 
ATOM      9  C1' CYT X   2      -2.880 -14.764   6.256  1.00  0.00           C 
ATOM     10  N1  CYT X   2      -3.562 -14.188   5.167  1.00  0.00           N 
ATOM     11  C2  CYT X   2      -3.112 -14.364   3.848  1.00  0.00           C 
ATOM     12  O2  CYT X   2      -2.006 -14.948   3.627  1.00  0.00           O 
ATOM     13  N3  CYT X   2      -3.853 -13.910   2.768  1.00  0.00           N 
ATOM     14  C4  CYT X   2      -4.877 -13.125   3.056  1.00  0.00           C 
ATOM     15  N4  CYT X   2      -5.718 -12.746   2.182  1.00  0.00           N 
ATOM     16  C5  CYT X   2      -5.302 -12.812   4.399  1.00  0.00           C 
ATOM     17  C6  CYT X   2      -4.588 -13.309   5.428  1.00  0.00           C 
ATOM     18  OP1 CYT X   2      -3.980 -14.962  12.864  1.00  0.00           O 
ATOM     19  OP2 CYT X   2      -5.426 -12.878  12.246  1.00  0.00           O 
ATOM     20  H5  CYT X   2      -6.111 -12.133   4.626  1.00  0.00           H 
ATOM     21  H6  CYT X   2      -4.706 -12.971   6.447  1.00  0.00           H 
ATOM     22  H1' CYT X   2      -2.306 -15.648   5.979  1.00  0.00           H 
ATOM     23  H2' CYT X   2      -1.915 -12.835   6.242  1.00  0.00           H 
ATOM     24  H3' CYT X   2      -2.624 -12.890   8.412  1.00  0.00           H 
ATOM     25  H4' CYT X   2      -1.967 -15.825   8.434  1.00  0.00           H 
ATOM     26  H41 CYT X   2      -5.572 -12.927   1.199  1.00  0.00           H 
ATOM     27  H5' CYT X   2      -3.923 -15.932  10.068  1.00  0.00           H 
ATOM     28  H42 CYT X   2      -6.452 -12.121   2.483  1.00  0.00           H 
ATOM     29 H2'' CYT X   2      -0.849 -14.165   6.357  1.00  0.00           H 
ATOM     30 H5'' CYT X   2      -2.521 -15.314  10.710  1.00  0.00           H 
ATOM     31  P   ADE X   3       0.355 -12.309   8.677  1.00  0.00           P 
ATOM     32  C5' ADE X   3       2.068 -13.534   7.100  1.00  0.00           C 
ATOM     33  O5' ADE X   3       1.168 -12.470   7.328  1.00  0.00           O 
ATOM     34  C4' ADE X   3       2.477 -13.635   5.591  1.00  0.00           C 
ATOM     35  O4' ADE X   3       1.233 -13.637   4.893  1.00  0.00           O 
ATOM     36  C3' ADE X   3       3.323 -12.466   5.127  1.00  0.00           C 
ATOM     37  O3' ADE X   3       4.429 -12.899   4.395  1.00  0.00           O 
ATOM     38  C2' ADE X   3       2.302 -11.682   4.259  1.00  0.00           C 
ATOM     39  C1' ADE X   3       1.291 -12.755   3.815  1.00  0.00           C 
ATOM     40  N1  ADE X   3      -2.345 -11.476   0.422  1.00  0.00           N 
ATOM     41  C2  ADE X   3      -1.286 -12.239   0.285  1.00  0.00           C 
ATOM     42  N3  ADE X   3      -0.343 -12.471   1.201  1.00  0.00           N 
ATOM     43  C4  ADE X   3      -0.686 -11.883   2.403  1.00  0.00           C 
ATOM     44  C5  ADE X   3      -1.736 -11.117   2.707  1.00  0.00           C 
ATOM     45  C6  ADE X   3      -2.603 -10.958   1.584  1.00  0.00           C 
ATOM     46  N6  ADE X   3      -3.668 -10.176   1.637  1.00  0.00           N 
ATOM     47  N7  ADE X   3      -1.714 -10.736   4.077  1.00  0.00           N 
ATOM     48  C8  ADE X   3      -0.669 -11.318   4.535  1.00  0.00           C 
ATOM     49  N9  ADE X   3      -0.005 -12.019   3.591  1.00  0.00           N 
ATOM     50  OP1 ADE X   3       1.325 -12.362   9.734  1.00  0.00           O 
ATOM     51  OP2 ADE X   3      -0.563 -11.125   8.609  1.00  0.00           O 
ATOM     52  H2  ADE X   3      -1.092 -12.660  -0.690  1.00  0.00           H 
ATOM     53  H8  ADE X   3      -0.337 -11.317   5.563  1.00  0.00           H 
ATOM     54  H1' ADE X   3       1.509 -13.198   2.843  1.00  0.00           H 
ATOM     55  H2' ADE X   3       1.806 -11.067   5.010  1.00  0.00           H 
ATOM     56  H3' ADE X   3       3.583 -11.853   5.989  1.00  0.00           H 
ATOM     57  H4' ADE X   3       2.950 -14.612   5.487  1.00  0.00           H 
ATOM     58  H5' ADE X   3       1.617 -14.442   7.500  1.00  0.00           H 
ATOM     59  H61 ADE X   3      -4.251 -10.028   0.825  1.00  0.00           H 
ATOM     60  H62 ADE X   3      -3.955  -9.962   2.581  1.00  0.00           H 
ATOM     61 H2'' ADE X   3       2.782 -11.201   3.407  1.00  0.00           H 
ATOM     62 H5'' ADE X   3       3.037 -13.389   7.578  1.00  0.00           H 
ATOM     63  P   THY X   4       5.602 -11.838   4.004  1.00  0.00           P 
ATOM     64  C5' THY X   4       4.943 -11.921   1.422  1.00  0.00           C 
ATOM     65  O5' THY X   4       5.116 -11.173   2.689  1.00  0.00           O 
ATOM     66  C4' THY X   4       4.168 -11.183   0.392  1.00  0.00           C 
ATOM     67  O4' THY X   4       2.923 -10.912   1.019  1.00  0.00           O 
ATOM     68  C3' THY X   4       4.744  -9.789  -0.005  1.00  0.00           C 
ATOM     69  O3' THY X   4       5.281  -9.844  -1.404  1.00  0.00           O 
ATOM     70  C2' THY X   4       3.496  -8.941   0.048  1.00  0.00           C 
ATOM     71  C1' THY X   4       2.335  -9.950   0.222  1.00  0.00           C 
ATOM     72  N1  THY X   4       1.146  -9.320   0.758  1.00  0.00           N 
ATOM     73  C2  THY X   4       0.040  -9.071  -0.054  1.00  0.00           C 
ATOM     74  O2  THY X   4       0.076  -9.359  -1.249  1.00  0.00           O 
ATOM     75  N3  THY X   4      -1.050  -8.360   0.451  1.00  0.00           N 
ATOM     76  C4  THY X   4      -1.039  -7.828   1.717  1.00  0.00           C 
ATOM     77  O4  THY X   4      -1.973  -7.172   2.118  1.00  0.00           O 
ATOM     78  C5  THY X   4       0.111  -8.179   2.597  1.00  0.00           C 
ATOM     79  C6  THY X   4       1.106  -8.902   2.053  1.00  0.00           C 
ATOM     80  C7  THY X   4       0.035  -7.663   4.010  1.00  0.00           C 
ATOM     81  OP1 THY X   4       6.827 -12.537   3.617  1.00  0.00           O 
ATOM     82  OP2 THY X   4       5.704 -10.708   4.916  1.00  0.00           O 
ATOM     83  H3  THY X   4      -1.789  -8.233  -0.225  1.00  0.00           H 
ATOM     84  H6  THY X   4       2.009  -9.051   2.626  1.00  0.00           H 
ATOM     85  H1' THY X   4       2.215 -10.378  -0.773  1.00  0.00           H 
ATOM     86  H2' THY X   4       3.458  -8.381   0.982  1.00  0.00           H 
ATOM     87  H3' THY X   4       5.530  -9.421   0.655  1.00  0.00           H 
ATOM     88  H4' THY X   4       4.252 -11.898  -0.427  1.00  0.00           H 
ATOM     89  H5' THY X   4       4.376 -12.830   1.621  1.00  0.00           H 
ATOM     90  H71 THY X   4       0.958  -8.085   4.409  1.00  0.00           H 
ATOM     91  H72 THY X   4       0.013  -6.574   3.990  1.00  0.00           H 
ATOM     92  H73 THY X   4      -0.809  -8.186   4.460  1.00  0.00           H 
ATOM     93 H2'' THY X   4       3.482  -8.324  -0.850  1.00  0.00           H 
ATOM     94 H5'' THY X   4       5.916 -12.339   1.165  1.00  0.00           H 
TER      95      THY X   4
ATOM     96  P   ADE X  21      -9.903  -4.235  -8.464  1.00  0.00           P 
ATOM     97  C5' ADE X  21      -7.477  -5.260  -8.680  1.00  0.00           C 
ATOM     98  O5' ADE X  21      -8.739  -5.329  -7.999  1.00  0.00           O 
ATOM     99  C4' ADE X  21      -6.411  -6.192  -8.056  1.00  0.00           C 
ATOM    100  O4' ADE X  21      -6.179  -5.914  -6.724  1.00  0.00           O 
ATOM    101  C3' ADE X  21      -6.855  -7.638  -8.180  1.00  0.00           C 
ATOM    102  O3' ADE X  21      -6.125  -8.210  -9.228  1.00  0.00           O 
ATOM    103  C2' ADE X  21      -6.428  -8.148  -6.781  1.00  0.00           C 
ATOM    104  C1' ADE X  21      -5.596  -7.065  -6.189  1.00  0.00           C 
ATOM    105  N1  ADE X  21      -3.423  -8.024  -1.589  1.00  0.00           N 
ATOM    106  C2  ADE X  21      -2.982  -8.348  -2.801  1.00  0.00           C 
ATOM    107  N3  ADE X  21      -3.582  -8.145  -3.919  1.00  0.00           N 
ATOM    108  C4  ADE X  21      -4.833  -7.499  -3.753  1.00  0.00           C 
ATOM    109  C5  ADE X  21      -5.383  -7.160  -2.537  1.00  0.00           C 
ATOM    110  C6  ADE X  21      -4.550  -7.411  -1.463  1.00  0.00           C 
ATOM    111  N6  ADE X  21      -4.705  -7.007  -0.200  1.00  0.00           N 
ATOM    112  N7  ADE X  21      -6.675  -6.610  -2.677  1.00  0.00           N 
ATOM    113  C8  ADE X  21      -6.794  -6.527  -3.978  1.00  0.00           C 
ATOM    114  N9  ADE X  21      -5.764  -7.113  -4.682  1.00  0.00           N 
ATOM    115  OP1 ADE X  21     -10.031  -4.296  -9.924  1.00  0.00           O 
ATOM    116  OP2 ADE X  21     -11.101  -4.421  -7.556  1.00  0.00           O 
ATOM    117  H2  ADE X  21      -2.024  -8.845  -2.852  1.00  0.00           H 
ATOM    118  H8  ADE X  21      -7.624  -6.059  -4.486  1.00  0.00           H 
ATOM    119  H1' ADE X  21      -4.538  -7.208  -6.409  1.00  0.00           H 
ATOM    120  H2' ADE X  21      -7.315  -8.216  -6.151  1.00  0.00           H 
ATOM    121  H3' ADE X  21      -7.939  -7.725  -8.256  1.00  0.00           H 
ATOM    122  H4' ADE X  21      -5.475  -6.107  -8.608  1.00  0.00           H 
ATOM    123  H5' ADE X  21      -7.166  -4.215  -8.652  1.00  0.00           H 
ATOM    124  H61 ADE X  21      -3.971  -7.212   0.462  1.00  0.00           H 
ATOM    125  H62 ADE X  21      -5.511  -6.433   0.003  1.00  0.00           H 
ATOM    126 H2'' ADE X  21      -5.862  -9.075  -6.874  1.00  0.00           H 
ATOM    127 H5'' ADE X  21      -7.608  -5.512  -9.732  1.00  0.00           H 
TER     128      ADE X  21
ATOM    129  P   THY X  22      -6.463  -9.660  -9.742  1.00  0.00           P 
ATOM    130  P   THY X  22      -6.463  -9.660  -9.742  1.00  0.00           P 
ATOM    131  C5' THY X  22      -4.221 -10.672  -8.863  1.00  0.00           C 
ATOM    132  C5' THY X  22      -4.221 -10.672  -8.863  1.00  0.00           C 
ATOM    133  O5' THY X  22      -5.614 -10.548  -8.755  1.00  0.00           O 
ATOM    134  O5' THY X  22      -5.614 -10.548  -8.755  1.00  0.00           O 
ATOM    135  C4' THY X  22      -3.634 -11.570  -7.724  1.00  0.00           C 
ATOM    136  C4' THY X  22      -3.634 -11.570  -7.724  1.00  0.00           C 
ATOM    137  O4' THY X  22      -3.758 -10.896  -6.525  1.00  0.00           O 
ATOM    138  O4' THY X  22      -3.758 -10.896  -6.525  1.00  0.00           O 
ATOM    139  C3' THY X  22      -4.179 -12.977  -7.575  1.00  0.00           C 
ATOM    140  C3' THY X  22      -4.179 -12.977  -7.575  1.00  0.00           C 
ATOM    141  O3' THY X  22      -3.695 -13.924  -8.501  1.00  0.00           O 
ATOM    142  O3' THY X  22      -3.695 -13.924  -8.501  1.00  0.00           O 
ATOM    143  C2' THY X  22      -3.741 -13.131  -6.143  1.00  0.00           C 
ATOM    144  C2' THY X  22      -3.741 -13.131  -6.143  1.00  0.00           C 
ATOM    145  C1' THY X  22      -3.446 -11.753  -5.486  1.00  0.00           C 
ATOM    146  C1' THY X  22      -3.446 -11.753  -5.486  1.00  0.00           C 
ATOM    147  N1  THY X  22      -4.184 -11.605  -4.172  1.00  0.00           N 
ATOM    148  N1  THY X  22      -4.184 -11.605  -4.172  1.00  0.00           N 
ATOM    149  C2  THY X  22      -3.584 -12.077  -3.008  1.00  0.00           C 
ATOM    150  C2  THY X  22      -3.584 -12.077  -3.008  1.00  0.00           C 
ATOM    151  O2  THY X  22      -2.595 -12.776  -3.092  1.00  0.00           O 
ATOM    152  O2  THY X  22      -2.595 -12.776  -3.092  1.00  0.00           O 
ATOM    153  N3  THY X  22      -4.123 -11.676  -1.813  1.00  0.00           N 
ATOM    154  N3  THY X  22      -4.123 -11.676  -1.813  1.00  0.00           N 
ATOM    155  C4  THY X  22      -5.294 -10.960  -1.674  1.00  0.00           C 
ATOM    156  C4  THY X  22      -5.294 -10.960  -1.674  1.00  0.00           C 
ATOM    157  O4  THY X  22      -5.658 -10.677  -0.504  1.00  0.00           O 
ATOM    158  O4  THY X  22      -5.658 -10.677  -0.504  1.00  0.00           O 
ATOM    159  C5  THY X  22      -6.019 -10.683  -2.925  1.00  0.00           C 
ATOM    160  C5  THY X  22      -6.019 -10.683  -2.925  1.00  0.00           C 
ATOM    161  C6  THY X  22      -5.459 -11.019  -4.148  1.00  0.00           C 
ATOM    162  C6  THY X  22      -5.459 -11.019  -4.148  1.00  0.00           C 
ATOM    163  C7  THY X  22      -7.457 -10.363  -2.839  1.00  0.00           C 
ATOM    164  C7  THY X  22      -7.457 -10.363  -2.839  1.00  0.00           C 
ATOM    165  OP1 THY X  22      -6.052  -9.807 -11.195  1.00  0.00           O 
ATOM    166  OP1 THY X  22      -6.052  -9.807 -11.195  1.00  0.00           O 
ATOM    167  OP2 THY X  22      -7.882  -9.938  -9.400  1.00  0.00           O 
ATOM    168  OP2 THY X  22      -7.882  -9.938  -9.400  1.00  0.00           O 
ATOM    169  H3  THY X  22      -3.747 -12.012  -0.938  1.00  0.00           H 
ATOM    170  H3  THY X  22      -3.747 -12.012  -0.938  1.00  0.00           H 
ATOM    171  H6  THY X  22      -5.992 -10.780  -5.057  1.00  0.00           H 
ATOM    172  H6  THY X  22      -5.992 -10.780  -5.057  1.00  0.00           H 
ATOM    173  H1' THY X  22      -2.365 -11.803  -5.356  1.00  0.00           H 
ATOM    174  H1' THY X  22      -2.365 -11.803  -5.356  1.00  0.00           H 
ATOM    175  H2' THY X  22      -4.589 -13.608  -5.652  1.00  0.00           H 
ATOM    176  H2' THY X  22      -4.589 -13.608  -5.652  1.00  0.00           H 
ATOM    177  H3' THY X  22      -5.260 -12.920  -7.706  1.00  0.00           H 
ATOM    178  H3' THY X  22      -5.260 -12.920  -7.706  1.00  0.00           H 
ATOM    179  H4' THY X  22      -2.570 -11.599  -7.960  1.00  0.00           H 
ATOM    180  H4' THY X  22      -2.570 -11.599  -7.960  1.00  0.00           H 
ATOM    181  H5' THY X  22      -3.739  -9.695  -8.895  1.00  0.00           H 
ATOM    182  H5' THY X  22      -3.739  -9.695  -8.895  1.00  0.00           H 
ATOM    183  H71 THY X  22      -7.996 -11.113  -2.260  1.00  0.00           H 
ATOM    184  H71 THY X  22      -7.996 -11.113  -2.260  1.00  0.00           H 
ATOM    185  H72 THY X  22      -7.608  -9.383  -2.388  1.00  0.00           H 
ATOM    186  H72 THY X  22      -7.608  -9.383  -2.388  1.00  0.00           H 
ATOM    187  H73 THY X  22      -7.994 -10.274  -3.784  1.00  0.00           H 
ATOM    188  H73 THY X  22      -7.994 -10.274  -3.784  1.00  0.00           H 
ATOM    189 H2'' THY X  22      -2.874 -13.790  -6.092  1.00  0.00           H 
ATOM    190 H2'' THY X  22      -2.874 -13.790  -6.092  1.00  0.00           H 
ATOM    191 H5'' THY X  22      -3.986 -11.120  -9.829  1.00  0.00           H 
ATOM    192 H5'' THY X  22      -3.986 -11.120  -9.829  1.00  0.00           H 
ATOM    193  P   GUA X  23      -4.319 -15.414  -8.683  1.00  0.00           P 
ATOM    194  C5' GUA X  23      -2.225 -16.576  -7.639  1.00  0.00           C 
ATOM    195  O5' GUA X  23      -3.654 -16.281  -7.543  1.00  0.00           O 
ATOM    196  C4' GUA X  23      -1.521 -16.982  -6.358  1.00  0.00           C 
ATOM    197  O4' GUA X  23      -1.882 -16.094  -5.335  1.00  0.00           O 
ATOM    198  C3' GUA X  23      -1.781 -18.434  -5.890  1.00  0.00           C 
ATOM    199  O3' GUA X  23      -0.540 -18.845  -5.375  1.00  0.00           O 
ATOM    200  C2' GUA X  23      -2.822 -18.264  -4.780  1.00  0.00           C 
ATOM    201  C1' GUA X  23      -2.326 -16.890  -4.344  1.00  0.00           C 
ATOM    202  N1  GUA X  23      -3.804 -14.997   0.129  1.00  0.00           N 
ATOM    203  C2  GUA X  23      -2.836 -15.910  -0.108  1.00  0.00           C 
ATOM    204  N2  GUA X  23      -1.945 -16.249   0.771  1.00  0.00           N 
ATOM    205  N3  GUA X  23      -2.482 -16.314  -1.312  1.00  0.00           N 
ATOM    206  C4  GUA X  23      -3.329 -15.904  -2.282  1.00  0.00           C 
ATOM    207  C5  GUA X  23      -4.463 -15.115  -2.131  1.00  0.00           C 
ATOM    208  C6  GUA X  23      -4.731 -14.651  -0.778  1.00  0.00           C 
ATOM    209  O6  GUA X  23      -5.723 -14.008  -0.278  1.00  0.00           O 
ATOM    210  N7  GUA X  23      -5.160 -14.916  -3.326  1.00  0.00           N 
ATOM    211  C8  GUA X  23      -4.517 -15.726  -4.163  1.00  0.00           C 
ATOM    212  N9  GUA X  23      -3.309 -16.175  -3.605  1.00  0.00           N 
ATOM    213  OP1 GUA X  23      -3.872 -15.864 -10.013  1.00  0.00           O 
ATOM    214  OP2 GUA X  23      -5.774 -15.251  -8.489  1.00  0.00           O 
ATOM    215  H1  GUA X  23      -3.990 -14.674   1.067  1.00  0.00           H 
ATOM    216  H8  GUA X  23      -4.840 -15.925  -5.174  1.00  0.00           H 
ATOM    217  H1' GUA X  23      -1.454 -17.112  -3.728  1.00  0.00           H 
ATOM    218  H2' GUA X  23      -3.834 -18.201  -5.179  1.00  0.00           H 
ATOM    219  H21 GUA X  23      -2.158 -15.885   1.688  1.00  0.00           H 
ATOM    220  H3' GUA X  23      -2.105 -19.115  -6.677  1.00  0.00           H 
ATOM    221  H22 GUA X  23      -1.289 -17.002   0.623  1.00  0.00           H 
ATOM    222  H4' GUA X  23      -0.438 -16.860  -6.360  1.00  0.00           H 
ATOM    223  H5' GUA X  23      -1.712 -15.640  -7.860  1.00  0.00           H 
ATOM    224 H2'' GUA X  23      -2.691 -19.004  -3.990  1.00  0.00           H 
ATOM    225 H5'' GUA X  23      -1.968 -17.243  -8.462  1.00  0.00           H 
END

Offline xiangjun

  • Administrator
  • with-posts
  • *****
  • Posts: 1614
    • View Profile
    • 3DNA homepage
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #7 on: July 27, 2016, 11:57:30 pm »
Hi,

Thanks for posting two PDB files associated with the 'extra' C-T pair. Instead of directly posting the content, did you know that you can attach files as you do for email, by clicking:
"Attachments and other options"?

Also, THY22 has duplicated atom records. See below for example:
Code: [Select]
ATOM    153  N3  THY X  22      -4.123 -11.676  -1.813  1.00  0.00           N 
ATOM    154  N3  THY X  22      -4.123 -11.676  -1.813  1.00  0.00           N 

The files clarify the issue. I agree that in your case, it'd be better if DSSR does not report the 'C-T' pair. Such cases may be removed in future releases of DSSR. However, for the analysis of MD simulation trajectories, one cannot count on DSSR or find_pair to automatically identify the same set of WC pairs. For example, changing criteria for H-bond cutoffs would help here since you may well lose some WC pairs (or H-bonds thereof) along the trajectories.

Please check "x3dna_ensemble analyze -h" or do_x3dna. In either case, you need to prepare a file with base-pair information. The file itself can be first generated with 'find_pair' and edit as necessary.

HTH,

Xiang-Jun

Offline xiangjun

  • Administrator
  • with-posts
  • *****
  • Posts: 1614
    • View Profile
    • 3DNA homepage
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #8 on: July 28, 2016, 12:52:34 pm »
As a follow-up of our conversation along the thread, I've just added a new DSSR option, "--pair-list", to allow full flexibility on the base pairs to be analyzed. There are two ways to use the option, for both writing and reading of the list of base pairs. As always, the case can be best illustrated with an example. Here, I am using PDB entry 1msy to make it clear on how to use the --pair-list option.

  • First, run DSSR with --pair-list specified,
    x3dna-dssr -i=1msy.pdb --pair-list

    In the list of additional files in the end of DSSR output, you will see the following line:
    4 dssr-pairs.txt -- a list of base pairs (to be edited and input to DSSR)

    With content as below:
        12  # number of pairs
         1     27  # 1      A.U2647 A.G2673
         2     26  # 2      A.G2648 A.U2672
         3     25  # 3      A.C2649 A.G2671
         4     24  # 4      A.U2650 A.A2670
         5     23  # 5      A.C2651 A.G2669
         6     22  # 6      A.C2652 A.G2668
         7     21  # 7      A.U2653 A.C2667
         8     20  # 8      A.A2654 A.C2666
        10     19  # 9      A.U2656 A.A2665
        11     18  # 10     A.A2657 A.G2664
        12     17  # 11     A.C2658 A.G2663
        13     16  # 12     A.G2659 A.A2662

    This is a plain text file, with the number of base pairs in the first line, and following lines each specifies a list of two bases to be paired. The # and following characters in a line are for comment only. Note that the number of pairs and the following list of pairs need to be consistent, for obvious reasons.
  • Edit the file as you see fit, for example delete the first two pairs. Rename/save the file to a new name (other than "dssr-pairs.txt"), e.g., "my_pairs.txt".
        10  # number of pairs
         3     25  # 3      A.C2649   A.G2671
         4     24  # 4      A.U2650   A.A2670
         5     23  # 5      A.C2651   A.G2669
         6     22  # 6      A.C2652   A.G2668
         7     21  # 7      A.U2653   A.C2667
         8     20  # 8      A.A2654   A.C2666
        10     19  # 9      A.U2656   A.A2665
        11     18  # 10     A.A2657   A.G2664
        12     17  # 11     A.C2658   A.G2663
        13     16  # 12     A.G2659   A.A2662
  • Run DSSR again, with --pair-list=my-pairs.txt specified,
    x3dna-dssr -i=1msy.pdb --pair-list=my-pairs.txt

    Now, the DSSR output results would be only for the pairs specified in "my-pairs.txt".

This should solve your problem, and you can use the same pairs list for the whole MD simulation trajectories. Please download DSSR again, and report back how it goes.

Xiang-Jun
« Last Edit: July 28, 2016, 12:57:30 pm by xiangjun »

Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #9 on: August 03, 2016, 01:54:28 pm »
Thank you so much for your help!

I have another question:

If I also want to output local helical parameters (roll, tilt, twist, slide), can I also input a file (like pair list) to tell dssr which steps do I want to analyze as we analyze the base pair parameters?

Best,
Honglue

Offline xiangjun

  • Administrator
  • with-posts
  • *****
  • Posts: 1614
    • View Profile
    • 3DNA homepage
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #10 on: August 03, 2016, 02:23:39 pm »
Quote
If I also want to output local helical parameters (roll, tilt, twist, slide), can I also input a file (like pair list) to tell dssr which steps do I want to analyze as we analyze the base pair parameters?

Not yet (if I understand you correctly). What're you missing? Do you have a specific use-case? Please provide concrete (even contrived) examples to make your point clear.

Xiang-Jun
« Last Edit: August 03, 2016, 02:43:48 pm by xiangjun »

Offline lvelve0901

  • non-commercial
  • with-posts
  • *
  • Posts: 74
    • View Profile
Re: How to change the criteria of base pair
« Reply #11 on: August 03, 2016, 06:52:38 pm »
Hi,

Hoestly, I haven't tested it yet but I will need these local helical parameters (twist roll side propeller tilt ...) later.

The reason why I ask this question is that DSSR sometimes will overcount base pairs (like my example above) in a duplex DNA but we can fix this issue by inputing which base pair steps we want to analyze. I am not sure if local helical parameters also has this issue that it will mess up when it overcount some extra base pairs in a duplex DNA because these local helical parameters are dependent on base pairs, right?

I will try this later but if you have some advice about this please let me know.

Thanks a lot.

Best,
Honglue

 

Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊] (xiangjun@x3dna.org)
The Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University.