Show Posts

This section allows you to view all posts made by this member. Note that you can only see posts made in areas you currently have access to.


Netiquette · Download · News · Gallery · Homepage · DSSR · Web-DSSR · DSSR Manual · Reproduce DSSR · DSSR-Jmol · DSSR-PyMOL · Web-SNAP

Messages - cys

Pages: [1]
1
General discussions (Q&As) / Re: base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 06:45:06 pm »
I deleted X3DNA and reinstalled it. It's now working for this example.

2
General discussions (Q&As) / Re: base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 06:07:34 pm »
It doesn't work for me. I'll continue to look at it. Thanks.

3
General discussions (Q&As) / Re: base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 05:02:56 pm »
I swapped the C6 and C5M coordinates.

TITLE       
REMARK   
ATOM      1  O5'  DA A   1       3.324  -6.828   6.718  1.00 00.00           O 
ATOM      2  C5'  DA A   1       4.571  -7.209   6.133  1.00 00.00           C 
ATOM      3  C4'  DA A   1       4.756  -6.460   4.821  1.00 00.00           C 
ATOM      4  O4'  DA A   1       3.839  -6.953   3.812  1.00 00.00           O 
ATOM      5  C3'  DA A   1       4.487  -4.946   4.924  1.00 00.00           C 
ATOM      6  O3'  DA A   1       5.309  -4.203   4.005  1.00 00.00           O 
ATOM      7  C2'  DA A   1       3.038  -4.823   4.482  1.00 00.00           C 
ATOM      8  C1'  DA A   1       2.864  -5.975   3.475  1.00 00.00           C 
ATOM      9  N9   DA A   1       1.522  -6.566   3.524  1.00 00.00           N 
ATOM     10  C8   DA A   1       0.887  -7.103   4.638  1.00 00.00           C 
ATOM     11  N7   DA A   1      -0.373  -7.436   4.411  1.00 00.00           N 
ATOM     12  C5   DA A   1      -0.582  -7.109   3.081  1.00 00.00           C 
ATOM     13  C6   DA A   1      -1.753  -7.098   2.272  1.00 00.00           C 
ATOM     14  N6   DA A   1      -2.974  -7.451   2.709  1.00 00.00           N 
ATOM     15  N1   DA A   1      -1.610  -6.674   0.986  1.00 00.00           N 
ATOM     16  C2   DA A   1      -0.409  -6.249   0.543  1.00 00.00           C 
ATOM     17  N3   DA A   1       0.733  -6.141   1.234  1.00 00.00           N 
ATOM     18  C4   DA A   1       0.587  -6.578   2.501  1.00 00.00           C 
ATOM    166  O5'  DT B   8      -7.388  -3.499  -4.415  1.00 00.00           O 
ATOM    167  C5'  DT B   8      -6.648  -2.446  -5.053  1.00 00.00           C 
ATOM    168  C4'  DT B   8      -5.222  -2.934  -5.255  1.00 00.00           C 
ATOM    169  O4'  DT B   8      -4.667  -3.316  -3.975  1.00 00.00           O 
ATOM    170  C3'  DT B   8      -5.070  -4.167  -6.164  1.00 00.00           C 
ATOM    171  O3'  DT B   8      -3.796  -4.040  -6.799  1.00 00.00           O 
ATOM    172  C2'  DT B   8      -5.093  -5.322  -5.159  1.00 00.00           C 
ATOM    173  C1'  DT B   8      -4.324  -4.708  -3.988  1.00 00.00           C 
ATOM    174  N1   DT B   8      -4.607  -5.287  -2.674  1.00 00.00           N 
ATOM    175  C2   DT B   8      -3.512  -5.650  -1.875  1.00 00.00           C 
ATOM    176  O2   DT B   8      -2.343  -5.529  -2.250  1.00 00.00           O 
ATOM    177  N3   DT B   8      -3.840  -6.157  -0.640  1.00 00.00           N 
ATOM    178  C4   DT B   8      -5.115  -6.385  -0.132  1.00 00.00           C 
ATOM    179  O4   DT B   8      -5.262  -6.893   0.994  1.00 00.00           O 
ATOM    180  C5   DT B   8      -6.216  -5.990  -1.010  1.00 00.00           C 
ATOM    181  C5M  DT B   8      -7.630  -6.227  -0.557  1.00 00.00           C 
ATOM    182  C6   DT B   8      -5.907  -5.447  -2.226  1.00 00.00           C 
END














4
General discussions (Q&As) / Re: base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 04:54:46 pm »
If you make the coordinate swap does it detect the pair? I've made the swap, but this one pair is still not detected. All the other pairs in the larger duplex that this pair was extracted from are detected, including an unnatural base pair that I added to the baselist.dat file. Looking at the misc_3dna.par file it seems the pairing parameters are generous.

5
General discussions (Q&As) / Re: base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 04:11:34 pm »
Thanks. Sorry for the trouble. I don't own a viewer that depicts the native pdb file names at present.

6
General discussions (Q&As) / Re: base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 02:40:29 pm »
Here is a minimal example. Thanks.


TITLE       
REMARK   
ATOM      1  O5'  DA A   1       3.324  -6.828   6.718  1.00 00.00           O 
ATOM      2  C5'  DA A   1       4.571  -7.209   6.133  1.00 00.00           C 
ATOM      3  C4'  DA A   1       4.756  -6.460   4.821  1.00 00.00           C 
ATOM      4  O4'  DA A   1       3.839  -6.953   3.812  1.00 00.00           O 
ATOM      5  C3'  DA A   1       4.487  -4.946   4.924  1.00 00.00           C 
ATOM      6  O3'  DA A   1       5.309  -4.203   4.005  1.00 00.00           O 
ATOM      7  C2'  DA A   1       3.038  -4.823   4.482  1.00 00.00           C 
ATOM      8  C1'  DA A   1       2.864  -5.975   3.475  1.00 00.00           C 
ATOM      9  N9   DA A   1       1.522  -6.566   3.524  1.00 00.00           N 
ATOM     10  C8   DA A   1       0.887  -7.103   4.638  1.00 00.00           C 
ATOM     11  N7   DA A   1      -0.373  -7.436   4.411  1.00 00.00           N 
ATOM     12  C5   DA A   1      -0.582  -7.109   3.081  1.00 00.00           C 
ATOM     13  C6   DA A   1      -1.753  -7.098   2.272  1.00 00.00           C 
ATOM     14  N6   DA A   1      -2.974  -7.451   2.709  1.00 00.00           N 
ATOM     15  N1   DA A   1      -1.610  -6.674   0.986  1.00 00.00           N 
ATOM     16  C2   DA A   1      -0.409  -6.249   0.543  1.00 00.00           C 
ATOM     17  N3   DA A   1       0.733  -6.141   1.234  1.00 00.00           N 
ATOM     18  C4   DA A   1       0.587  -6.578   2.501  1.00 00.00           C 
ATOM    166  O5'  DT B   8      -7.388  -3.499  -4.415  1.00 00.00           O 
ATOM    167  C5'  DT B   8      -6.648  -2.446  -5.053  1.00 00.00           C 
ATOM    168  C4'  DT B   8      -5.222  -2.934  -5.255  1.00 00.00           C 
ATOM    169  O4'  DT B   8      -4.667  -3.316  -3.975  1.00 00.00           O 
ATOM    170  C3'  DT B   8      -5.070  -4.167  -6.164  1.00 00.00           C 
ATOM    171  O3'  DT B   8      -3.796  -4.040  -6.799  1.00 00.00           O 
ATOM    172  C2'  DT B   8      -5.093  -5.322  -5.159  1.00 00.00           C 
ATOM    173  C1'  DT B   8      -4.324  -4.708  -3.988  1.00 00.00           C 
ATOM    174  N1   DT B   8      -4.607  -5.287  -2.674  1.00 00.00           N 
ATOM    175  C2   DT B   8      -3.512  -5.650  -1.875  1.00 00.00           C 
ATOM    176  O2   DT B   8      -2.343  -5.529  -2.250  1.00 00.00           O 
ATOM    177  N3   DT B   8      -3.840  -6.157  -0.640  1.00 00.00           N 
ATOM    178  C4   DT B   8      -5.115  -6.385  -0.132  1.00 00.00           C 
ATOM    179  O4   DT B   8      -5.262  -6.893   0.994  1.00 00.00           O 
ATOM    180  C5   DT B   8      -6.216  -5.990  -1.010  1.00 00.00           C 
ATOM    181  C5M  DT B   8      -5.907  -5.447  -2.226  1.00 00.00           C 
ATOM    182  C6   DT B   8      -7.630  -6.227  -0.557  1.00 00.00           C 
END

7
General discussions (Q&As) / base/nucleotide recognition
« on: February 28, 2018, 02:19:12 pm »
I would like to ask how to adjust the recognition parameters as I'm running into problems with x3dna and dssr "missing" a TA base pair (x3DNA) and a T nucleotide (DSSR) in a small distorted DNA complex whose geometry was obtained by an ab initio calculation. I think it might have to do with the lack of planarity.

Pages: [1]

Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊], Principal Investigator of the NIH grant R01GM096889
Dr. Lu is currently affiliated with the Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University.