Messages

1

General discussions (Q&As) / Re: intra base pair and inter base pair step parameters

« on: November 09, 2016, 12:33:59 pm »

Thank you.

The parameters that change sign are: shear, buckle, shift, tilt.

I switched helices in 355D. Here is the comparison:

  1   12 # base-pairs ORIGINAL
  2    0 # ***local base-pair & step parameters***
  3 #        Shear    Stretch   Stagger   Buckle   Prop-Tw   Opening     Shift     Slide     Rise      Tilt      Roll      Twist
  4 C-G      0.276    -0.140     0.073     6.930   -17.308    -0.606     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
  5 G-C     -0.236    -0.182     0.491     9.341   -14.302    -2.077     0.087     0.039     3.200    -3.216     8.520    32.731
  6 C-G      0.244    -0.171     0.159    -4.433    -5.405     0.434     0.496     0.668     3.691     2.847    -9.055    43.879
  7 G-C     -0.255    -0.115     0.008    10.806    -9.449     1.012    -0.138     0.593     3.000     0.967    11.300    25.114
  8 A-T     -0.037    -0.107     0.011     4.724   -15.314     1.601    -0.453    -0.139     3.388    -1.585     1.373    37.500
  9 A-T      0.051    -0.050     0.065     0.442   -15.001     6.233     0.171    -0.325     3.298    -0.330     0.459    37.520
 10 T-A     -0.037    -0.117     0.173    -0.264   -16.744     3.928    -0.011    -0.601     3.219    -0.311    -2.675    32.403
 11 T-A     -0.108    -0.120    -0.004    -1.561   -16.364     5.120    -0.082    -0.397     3.216     1.681    -0.974    33.744
 12 C-G      0.209    -0.127     0.003   -12.410   -10.274    -1.223    -0.267    -0.226     3.465     0.684    -1.686    42.136
 13 G-C     -0.106    -0.053     0.239     4.205    -9.603     3.206     0.700     0.776     3.068    -3.656     4.180    26.581
 14 C-G      0.156    -0.130     0.208     0.283   -17.417    -1.755    -1.311     0.360     3.371    -2.853    -9.368    41.601
 15 G-C     -0.244    -0.069     0.254     4.671    -4.954    -1.620    -0.309     0.211     3.174    -0.679     6.692    33.310
 16
 17
 18
 19
 20
 21
 22
 23
 24   12 # base-pairs SWITCHED
 25    0 # ***local base-pair & step parameters***
 26 #        Shear    Stretch   Stagger   Buckle   Prop-Tw   Opening     Shift     Slide     Rise      Tilt      Roll      Twist
 27 C-G      0.244    -0.069     0.254    -4.671    -4.954    -1.620     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 28 G-C     -0.156    -0.130     0.208    -0.283   -17.417    -1.755     0.309     0.211     3.174     0.679     6.692    33.310
 29 C-G      0.106    -0.053     0.239    -4.205    -9.603     3.206     1.311     0.360     3.371     2.853    -9.368    41.601
 30 G-C     -0.209    -0.127     0.003    12.410   -10.274    -1.223    -0.700     0.776     3.068     3.656     4.180    26.581
 31 A-T      0.108    -0.120    -0.004     1.561   -16.364     5.120     0.267    -0.226     3.465    -0.684    -1.686    42.136
 32 A-T      0.037    -0.117     0.173     0.264   -16.744     3.928     0.082    -0.397     3.216    -1.681    -0.974    33.744
 33 T-A     -0.051    -0.050     0.065    -0.442   -15.001     6.233     0.011    -0.601     3.219     0.311    -2.675    32.403
 34 T-A      0.037    -0.107     0.011    -4.724   -15.314     1.601    -0.171    -0.325     3.298     0.330     0.459    37.520
 35 C-G      0.255    -0.115     0.008   -10.806    -9.449     1.012     0.453    -0.139     3.388     1.585     1.373    37.500
 36 G-C     -0.244    -0.171     0.159     4.433    -5.405     0.434     0.138     0.593     3.000    -0.967    11.300    25.114
 37 C-G      0.236    -0.182     0.491    -9.341   -14.302    -2.077    -0.496     0.668     3.691    -2.847    -9.055    43.879
 38 G-C     -0.276    -0.140     0.073    -6.930   -17.308    -0.606    -0.087     0.039     3.200     3.216     8.520    32.731

Thank you Xiang-Jun.

2

General discussions (Q&As) / intra base pair and inter base pair step parameters

« on: November 01, 2016, 02:07:17 pm »

dear 3dna community,

If I have the AT intra base pair parameters (shear, stretch, stagger, etc), will these parameters be exactly the same for a TA base pair, or will they have the opposite sign? (the absolute values will be the same but I am not sure about the sign).

Similarly, if I have the AA base pair step parameters (shift, slide, rise etc) will these parameters be exactly the same for a TT base pair step, or will their values have the opposite sign?

Thank you,

3

General discussions (Q&As) / DNA structure with sequence-dependent structural characteristics

« on: October 14, 2012, 11:31:19 am »

Dear all,

my understanding is that currently we can create with 3DNA, DNA structures with average parameters for dihedral angles, angles and parameters. Is it possible to create DNA structures with sequence-dependent characteristics, such as minor groove compression in PURINEpPYRIMIDINE steps, compression of major groove in PYRIMIDINEpPURINE steps etc?

Thank you,

Christos