Messages

1

General discussions (Q&As) / Re: Classifying structures into A, B , AB, TA .. types

« on: July 04, 2018, 11:40:08 pm »

Hello.

I was wondering if you had a response regarding my post above.

Thanks.

2

General discussions (Q&As) / Re: Classifying structures into A, B , AB, TA .. types

« on: June 22, 2018, 01:26:17 pm »

Hello. Thank you for your responses.

I will clarify my questions to the best of my ability.

I am trying to classify structures as A ( 75-100 percent = A , 57/58- 75 percent = A-like , 43% - 58% = A to B)  ..in this manner. I was wondering if 3dna has a way of accomplishing this without me having to do it manually say for a database of 300 structures of DNA/DNA and RNA/RNA duplexes that I have created.

Examples: step       Xp      Yp      Zp     XpH     YpH     ZpH    Form
   1 GG/CC   -2.93    8.97    0.37   -3.31    8.93    0.93     B
   2 GT/AC   -3.35    9.11   -0.39   -4.65    9.11    0.27     B
   3 TG/CA   -2.75    8.65   -0.88    0.06    8.42   -2.19     B
   4 GC/GC   -3.75    8.88   -1.02   -4.46    8.86    1.15     B
   5 CA/TG   -2.21    8.39   -0.80    0.87    8.11   -2.24
   6 AA/TT   -3.16    8.72   -0.76   -3.15    8.69   -1.08     B
   7 AC/GT   -3.34    8.80    0.30   -4.58    8.79   -0.36     B
   8 CA/TG   -3.15    8.59    0.82   -5.42    7.85    3.62
   9 AA/TT   -3.40    8.91   -0.05   -5.18    8.77    1.57     B
  10 AA/TT   -2.85    9.21    0.49   -4.46    8.93    2.31     B
  11 AT/AT   -2.73    9.23    0.37   -5.90    8.10    4.48
  12 TT/AA   -3.06    8.49    0.75   -7.77    2.66    8.09
  13 TG/CA   -1.93    8.53   -1.20   -1.73    8.42    1.80
  14 GA/TC   -3.71    8.29   -1.70   -1.39    8.33   -1.77
  15 AT/AT   -3.33    8.91    0.01   -3.85    8.89   -0.62     B
  16 TA/TA   -3.07    8.68    0.30   -3.26    8.62   -1.09     B
  17 AA/TT   -3.23    8.99   -0.12   -3.62    8.93   -1.05     B
  18 AG/CT   -2.99    8.80   -0.12   -4.25    8.76    0.81     B
  19 GC/GC   -2.88    8.98   -0.05   -2.91    8.98   -0.13     B
  20 CA/TG    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
  21 AA/TT    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
  22 AT/AT   -1.31    5.67   -0.75   -1.12    5.67   -0.38
  23 TG/CA   -3.05    9.04   -0.43   -1.94    9.05   -0.15     B
  24 GC/GC   -3.22    9.12   -0.18   -3.87    9.12    0.02     B
  25 CT/AG   -3.15    8.71    0.12   -4.40    8.67    0.80     B
  26 TT/AA   -3.20    9.07   -0.14   -3.66    9.01   -1.00     B
  27 TT/AA   -3.31    9.00   -0.28   -4.03    9.00   -0.28     B
  28 TT/AA   -3.32    8.90   -0.38   -3.06    8.75   -1.69     B
  29 TT/AA   -2.84    8.83   -0.02   -2.70    8.77   -0.99     B
  30 TT/AA   -3.17    8.80   -0.39   -4.01    8.81   -0.16     B
  31 TG/CA   -2.68    8.86   -0.39   -2.17    8.73    1.56     B
  32 GG/CC   -2.62    8.93    0.55   -4.88    8.43    3.01
  33 GC/GC   -3.01    9.06    0.57   -4.46    8.93    1.66

About 63 percent B so, B- Like
Structure 1ihf.pdb



    step       Xp      Yp      Zp     XpH     YpH     ZpH    Form
   1 Ug/gA   -0.59    1.90  -10.29   -1.26   -5.96   -8.21
   2 gg/gg   -0.03   11.87   -0.05   -0.04   11.87   -0.05
   3 gA/Ug    4.30    6.48    0.76    4.86    6.47    0.71
   4 AG/GU    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
   5 GA/UG    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
   6 AG/GU    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
   7 GA/UG    0.91    7.95   -3.89    0.95    7.96   -3.89
   8 AU/AU    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
   9 UG/GA    4.86   -3.16   -3.09    3.46   -5.61   -2.45
  10 GG/GG    2.86   -8.07    9.47    0.69  -11.79    7.22
  11 GU/UG   -0.70   -5.57    0.33   -0.39   -5.58   -0.02
  12 UA/UU    4.87    4.65    9.91    6.37    4.62    8.66
  13 Ag/gU    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
  14 gU/Ag    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
  15 UG/GA    4.76   -3.15   -3.07    3.40   -5.68   -2.41
  16 GU/UG   -0.69   -0.62    3.16    3.87    0.05   -5.38
  17 UG/GU   -1.13    9.00   12.68   -1.60    9.15   12.56
  18 GU/UG   -2.66    2.33    7.98   -3.11   -1.49    5.97
  19 UA/UU    1.44    7.36    8.41    1.48    7.36    8.39
  20 Ag/gU    ---     ---     ---     ---     ---     ---     ---
  21 gG/Gg   -1.88   -0.50    6.72   -3.52   -0.95    6.73
  22 GG/GG    2.93   -8.32    9.69    0.64  -11.88    7.20
  23 GU/UG   -0.93   -5.19    0.60   -0.36   -5.24    0.05

(this structure has x on for a step without a continuous backbone- from the DSSR output; 3dna just leaves them blank)


    step       Xp      Yp      Zp     XpH     YpH     ZpH    Form
   1 ga/TC   -2.77    8.59    0.69   -3.28    8.62    0.28
   2 ac/GT   -2.49    8.71    1.70   -4.62    8.57    2.22
   3 ca/TG   -3.29    8.69    1.01   -7.71    7.93    3.84
   4 ac/GT   -3.02    9.01    1.11   -8.02    8.96    1.50
   5 cc/GG   -1.93    8.22    2.51   -5.41    7.78    3.66     A
   6 cu/AG   -2.26    8.95    1.99   -6.31    9.06    1.61     A
   7 ug/CA   -2.51    8.67    1.19   -4.74    8.70    1.07
   8 ga/uC   -2.43    8.87    1.41   -6.30    7.97    4.14
   9 au/Au   -2.90    8.63    0.53   -5.39    8.55    1.15
  10 uu/AA   -2.76    8.87    1.25   -8.18    8.07    3.92
  11 uc/GA   -2.38    8.52    1.92   -5.00    8.39    2.38


9 percent A..?



3DNA has been incredible to use so far, very multi-dimensional and comprehensive.
Thank you.

3

General discussions (Q&As) / Classifying structures into A, B , AB, TA .. types

« on: June 19, 2018, 03:42:05 pm »

Hello

I have been working on RNA/DNA hybrids with conformational parameters, along with DNA and RNA duplexes.

I was wondering if there is a script , another way to classify the structures that I have compiled by A, B, AB, TA- type( which is done and seen on the forum)?


Sincerely,
Puru