base/nucleotide recognition

[cys]

I would like to ask how to adjust the recognition parameters as I'm running into problems with x3dna and dssr "missing" a TA base pair (x3DNA) and a T nucleotide (DSSR) in a small distorted DNA complex whose geometry was obtained by an ab initio calculation. I think it might have to do with the lack of planarity.

[xiangjun]

Could you please post a (minimal) example that illustrates the issue unambiguously?

Xiang-Jun

[cys]

Here is a minimal example. Thanks.


TITLE       
REMARK   
ATOM      1  O5'  DA A   1       3.324  -6.828   6.718  1.00 00.00           O 
ATOM      2  C5'  DA A   1       4.571  -7.209   6.133  1.00 00.00           C 
ATOM      3  C4'  DA A   1       4.756  -6.460   4.821  1.00 00.00           C 
ATOM      4  O4'  DA A   1       3.839  -6.953   3.812  1.00 00.00           O 
ATOM      5  C3'  DA A   1       4.487  -4.946   4.924  1.00 00.00           C 
ATOM      6  O3'  DA A   1       5.309  -4.203   4.005  1.00 00.00           O 
ATOM      7  C2'  DA A   1       3.038  -4.823   4.482  1.00 00.00           C 
ATOM      8  C1'  DA A   1       2.864  -5.975   3.475  1.00 00.00           C 
ATOM      9  N9   DA A   1       1.522  -6.566   3.524  1.00 00.00           N 
ATOM     10  C8   DA A   1       0.887  -7.103   4.638  1.00 00.00           C 
ATOM     11  N7   DA A   1      -0.373  -7.436   4.411  1.00 00.00           N 
ATOM     12  C5   DA A   1      -0.582  -7.109   3.081  1.00 00.00           C 
ATOM     13  C6   DA A   1      -1.753  -7.098   2.272  1.00 00.00           C 
ATOM     14  N6   DA A   1      -2.974  -7.451   2.709  1.00 00.00           N 
ATOM     15  N1   DA A   1      -1.610  -6.674   0.986  1.00 00.00           N 
ATOM     16  C2   DA A   1      -0.409  -6.249   0.543  1.00 00.00           C 
ATOM     17  N3   DA A   1       0.733  -6.141   1.234  1.00 00.00           N 
ATOM     18  C4   DA A   1       0.587  -6.578   2.501  1.00 00.00           C 
ATOM    166  O5'  DT B   8      -7.388  -3.499  -4.415  1.00 00.00           O 
ATOM    167  C5'  DT B   8      -6.648  -2.446  -5.053  1.00 00.00           C 
ATOM    168  C4'  DT B   8      -5.222  -2.934  -5.255  1.00 00.00           C 
ATOM    169  O4'  DT B   8      -4.667  -3.316  -3.975  1.00 00.00           O 
ATOM    170  C3'  DT B   8      -5.070  -4.167  -6.164  1.00 00.00           C 
ATOM    171  O3'  DT B   8      -3.796  -4.040  -6.799  1.00 00.00           O 
ATOM    172  C2'  DT B   8      -5.093  -5.322  -5.159  1.00 00.00           C 
ATOM    173  C1'  DT B   8      -4.324  -4.708  -3.988  1.00 00.00           C 
ATOM    174  N1   DT B   8      -4.607  -5.287  -2.674  1.00 00.00           N 
ATOM    175  C2   DT B   8      -3.512  -5.650  -1.875  1.00 00.00           C 
ATOM    176  O2   DT B   8      -2.343  -5.529  -2.250  1.00 00.00           O 
ATOM    177  N3   DT B   8      -3.840  -6.157  -0.640  1.00 00.00           N 
ATOM    178  C4   DT B   8      -5.115  -6.385  -0.132  1.00 00.00           C 
ATOM    179  O4   DT B   8      -5.262  -6.893   0.994  1.00 00.00           O 
ATOM    180  C5   DT B   8      -6.216  -5.990  -1.010  1.00 00.00           C 
ATOM    181  C5M  DT B   8      -5.907  -5.447  -2.226  1.00 00.00           C 
ATOM    182  C6   DT B   8      -7.630  -6.227  -0.557  1.00 00.00           C 
END

[xiangjun]

Thanks for attaching a PDB file that illustrates the problem. The issue is due to erroneous atom names for B.DT8. The C6 atom should be in the six-membered ring, whilst the C5M is the methyl-group attached to C5. In you AT.pdb file, the C6 and C5M atoms are swapped. See the attached image.

Xiang-Jun

[cys]

Thanks. Sorry for the trouble. I don't own a viewer that depicts the native pdb file names at present.

[cys]

If you make the coordinate swap does it detect the pair? I've made the swap, but this one pair is still not detected. All the other pairs in the larger duplex that this pair was extracted from are detected, including an unnatural base pair that I added to the baselist.dat file. Looking at the misc_3dna.par file it seems the pairing parameters are generous.

[xiangjun]

Again, show exactly what you did so other can reproduce the problem.

[cys]

I swapped the C6 and C5M coordinates.

TITLE       
REMARK   
ATOM      1  O5'  DA A   1       3.324  -6.828   6.718  1.00 00.00           O 
ATOM      2  C5'  DA A   1       4.571  -7.209   6.133  1.00 00.00           C 
ATOM      3  C4'  DA A   1       4.756  -6.460   4.821  1.00 00.00           C 
ATOM      4  O4'  DA A   1       3.839  -6.953   3.812  1.00 00.00           O 
ATOM      5  C3'  DA A   1       4.487  -4.946   4.924  1.00 00.00           C 
ATOM      6  O3'  DA A   1       5.309  -4.203   4.005  1.00 00.00           O 
ATOM      7  C2'  DA A   1       3.038  -4.823   4.482  1.00 00.00           C 
ATOM      8  C1'  DA A   1       2.864  -5.975   3.475  1.00 00.00           C 
ATOM      9  N9   DA A   1       1.522  -6.566   3.524  1.00 00.00           N 
ATOM     10  C8   DA A   1       0.887  -7.103   4.638  1.00 00.00           C 
ATOM     11  N7   DA A   1      -0.373  -7.436   4.411  1.00 00.00           N 
ATOM     12  C5   DA A   1      -0.582  -7.109   3.081  1.00 00.00           C 
ATOM     13  C6   DA A   1      -1.753  -7.098   2.272  1.00 00.00           C 
ATOM     14  N6   DA A   1      -2.974  -7.451   2.709  1.00 00.00           N 
ATOM     15  N1   DA A   1      -1.610  -6.674   0.986  1.00 00.00           N 
ATOM     16  C2   DA A   1      -0.409  -6.249   0.543  1.00 00.00           C 
ATOM     17  N3   DA A   1       0.733  -6.141   1.234  1.00 00.00           N 
ATOM     18  C4   DA A   1       0.587  -6.578   2.501  1.00 00.00           C 
ATOM    166  O5'  DT B   8      -7.388  -3.499  -4.415  1.00 00.00           O 
ATOM    167  C5'  DT B   8      -6.648  -2.446  -5.053  1.00 00.00           C 
ATOM    168  C4'  DT B   8      -5.222  -2.934  -5.255  1.00 00.00           C 
ATOM    169  O4'  DT B   8      -4.667  -3.316  -3.975  1.00 00.00           O 
ATOM    170  C3'  DT B   8      -5.070  -4.167  -6.164  1.00 00.00           C 
ATOM    171  O3'  DT B   8      -3.796  -4.040  -6.799  1.00 00.00           O 
ATOM    172  C2'  DT B   8      -5.093  -5.322  -5.159  1.00 00.00           C 
ATOM    173  C1'  DT B   8      -4.324  -4.708  -3.988  1.00 00.00           C 
ATOM    174  N1   DT B   8      -4.607  -5.287  -2.674  1.00 00.00           N 
ATOM    175  C2   DT B   8      -3.512  -5.650  -1.875  1.00 00.00           C 
ATOM    176  O2   DT B   8      -2.343  -5.529  -2.250  1.00 00.00           O 
ATOM    177  N3   DT B   8      -3.840  -6.157  -0.640  1.00 00.00           N 
ATOM    178  C4   DT B   8      -5.115  -6.385  -0.132  1.00 00.00           C 
ATOM    179  O4   DT B   8      -5.262  -6.893   0.994  1.00 00.00           O 
ATOM    180  C5   DT B   8      -6.216  -5.990  -1.010  1.00 00.00           C 
ATOM    181  C5M  DT B   8      -7.630  -6.227  -0.557  1.00 00.00           C 
ATOM    182  C6   DT B   8      -5.907  -5.447  -2.226  1.00 00.00           C 
END

[xiangjun]

Let your new PDB file called "AT-new.pdb", here is what I got:

Code: [Select]

# find_pair AT-new.pdb
AT-new.pdb
AT-new.out
    2         # duplex
    1         # number of base-pairs
    1     1    # explicit bp numbering/hetero atoms
    1     2   1 #    1 + ....>A:...1_:[.DA]A-----T[.DT]:...8_:B<....   0.12   0.02  16.77   8.81  -4.01
##### Base-pair criteria used:     4.00     0.00    15.00     2.50    65.00     4.50     7.80 [ O N]
##### 0 non-Watson-Crick base-pairs, and 1 helix (1 isolated bp)
##### Helix #1 (1): 1

# x3dna-dssr -i=AT-new.pdb
List of 1 base pair
     nt1            nt2            bp  name        Saenger   LW   DSSR
   1 A.DA1          B.DT8          A-T WC          20-XX     cWW  cW-W
...

3DNA/DSSR are working as expected.

[cys]

It doesn't work for me. I'll continue to look at it. Thanks.

[xiangjun]

Once again, reproducibility is the key, even for this presumably simple case.

[cys]

I deleted X3DNA and reinstalled it. It's now working for this example.