Netiquette · Download · News · Gallery · Homepage · DSSR Manual · G-quadruplexes · DSSR-Jmol · DSSR-PyMOL · DSSR License

Author Topic: SNAP: software for characterizing DNA-protein interactions  (Read 7764 times)

Offline xiangjun

  • Administrator
  • with-posts
  • *****
  • Posts: 1551
    • View Profile
    • 3DNA homepage
DNA/RNA-protein interactions underpin fundamental biological processes such as transcription, splicing, and translation. The increasing number of experimentally determined 3D structures of nucleic acid-protein complexes provides unprecedented opportunities to decipher the underlying principles governing the process of DNA/RNA-protein recognition. Existing bioinformatics tools are fragmented, with limited scope or usability. We have developed SNAP, a new 3DNA program for the characterization of 3D Structures of Nucleic Acid-Protein complexes. SNAP consolidates, refines, and significantly extends 3DNA's functionality for DNA-protein structural analysis.

Starting from a structure of a DNA-protein complex in PDB or PDBx/mmCIF format, SNAP automatically detects double-helical regions consisting of either canonical or non-canonical base-pairs using DSSR, and categorizes protein into secondary structural units (alpha-helices, beta-sheets, turns, and loops) using DSSP. The program aims to characterize DNA/RNA-protein interactions by checking all combinations between the two components: major groove, minor groove, and backbone for DNA/RNA, versus each alpha-helix, beta-sheet, turn, and loop for protein. SNAP recognizes and outputs base-amino-acid H-bonding and stacking interactions. To quantify the relative spatial relationship between interacting amino acids and bases, SNAP defines a local amino-acid reference frame in the side chain, and takes advantage of the standard base reference frame (see figures below). SNAP calculates all six rigid-body parameters to allow for the analysis of large sets of DNA/RNA-protein complexes consistently and rigorously.

Implemented in ANSI C as a standalone command-line program, SNAP follows the same minimalist design as DSSR. It is tiny (executables are about 1MB) and self-contained, with zero runtime dependencies on third party libraries or configurations. The program is currently under active development, and your feedback will make a difference!

SNAP has been integrated into DSSR, and is available from the Columbia Technology Ventures (CTV) website.

Release history (in reverse chronological order)

List of users who has helped improve SNAP by reporting bugs, making comments/suggestions etc:
Auffinger; jdbrown444; ldfinger; miaozhichao; Phosphoserine; jms89

-- Xiang-Jun


Note: please start a new topic with a more specific title; do not post directly below this announcement.


Abbreviations used: AA: amino acid; BP: base-pair




Here is a sample run on 1oct (see x3dna-snap -h for more info), the crystal structure of the Oct-1 POU domain bound to an octamer site solved by Pabo et al.:

Code: [Select]
Run: x3dna-snap --time-stamp=off --interface -i=1oct.pdb -o=1oct.out
****************************************************************************
       SNAP: a software tool for the characterization of 3D
           Structures of Nucleic Acid-Protein complexes
              v1.0.7-2020sep09, by xiangjun@x3dna.org

SNAP has been made possible by the NIH grant R01GM096889 (to X.J.Lu).
It is being actively maintained and developed. As always, I greatly
appreciate your feedback. Please report all SNAP-related issues on
the 3DNA Forum (forum.x3dna.org). I strive to respond promptly to any
questions posted there. SNAP is free of charge for NON-COMMERCIAL
purposes, and it comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.

****************************************************************************
Note: By default, each nucleotide/amino-acid is identified by chainId.name#.
      So a common case would be B.DA1689, meaning adenosine #1689 on chain B.
      Use the --idstr=long option to get strictly delineated id strings.

Command: x3dna-snap -i=1oct.pdb -o=1oct.out --interface --type=either
File name: 1oct.pdb
    no. of peptide chains: 1 [C=131]
    no. of DNA/RNA chains: 2 [A=15,B=15]
    no. of amino acids:    131
    no. of nucleotides:    30
    no. of atoms:          1670
    no. of waters:         0
    no. of metals:         0

****************************************************************************
List of 1 helix
  Note: a helix is defined by base-stacking interactions, regardless of bp
        type and backbone connectivity, and may contain more than one stem.
      helix#number[stems-contained] bps=number-of-base-pairs in the helix
      bp-type: '|' for a canonical WC/wobble pair, '.' otherwise
      helix-form: classification of a dinucleotide step comprising the bp
        above the given designation and the bp that follows it. Types
        include 'A', 'B' or 'Z' for the common A-, B- and Z-form helices,
        '.' for an unclassified step, and 'x' for a step without a
        continuous backbone.
      --------------------------------------------------------------------
  helix#1[0] bps=14
      strand-1 5'-GTATGCAAATAAGG-3'
       bp-type    ||||||||||||||
      strand-2 3'-CATACGTTTATTCC-5'
      helix-form  BBBBBBBBBBBBB
   1 A.DG202        B.DC230        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   2 A.DT203        B.DA229        T-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   3 A.DA204        B.DT228        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
   4 A.DT205        B.DA227        T-A WC           20-XX     cWW  cW-W
   5 A.DG206        B.DC226        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
   6 A.DC207        B.DG225        C-G WC           19-XIX    cWW  cW-W
   7 A.DA208        B.DT224        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
   8 A.DA209        B.DT223        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
   9 A.DA210        B.DT222        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
  10 A.DT211        B.DA221        T-A WC           20-XX     cWW  cW-W
  11 A.DA212        B.DT220        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
  12 A.DA213        B.DT219        A-T WC           20-XX     cWW  cW-W
  13 A.DG214        B.DC218        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W
  14 A.DG215        B.DC217        G-C WC           19-XIX    cWW  cW-W

****************************************************************************
List of 77 nucleotide/amino-acid interactions
       id   nt-aa   nt           aa              Tdst    Rdst     Tx      Ty      Tz      Rx      Ry      Rz
   1  1oct  G-thr  A.DG202      C.THR26         12.73  -38.52   -6.47   10.19    4.03  -24.59   26.49  -13.54
   2  1oct  T-arg  A.DT203      C.ARG20         19.41 -111.23  -15.89    8.93    6.68  -43.44  -11.44 -104.66
   3  1oct  T-ile  A.DT203      C.ILE21        -17.63 -139.08  -13.56    5.93   -9.58  -15.64   62.29 -131.25
   4  1oct  T-thr  A.DT203      C.THR26        -13.42  -56.68   -2.74   13.12    0.78  -17.93   32.10  -43.91
   5  1oct  T-gln  A.DT203      C.GLN27         12.54 -132.49   -5.55    8.99    6.76   21.85  -81.09 -114.36
   6  1oct  T-gln  A.DT203      C.GLN44         10.67 -115.42   -4.72    9.57   -0.05   65.02   27.06  -98.34
   7  1oct  T-ser  A.DT203      C.SER48         11.31  -84.75   -8.12    6.44    4.54   29.42    7.18  -80.13
   8  1oct  A-lys  A.DA204      C.LYS17        -18.07  175.87   14.34   -7.08   -8.42    7.85  -46.15  175.49
   9  1oct  A-gln  A.DA204      C.GLN27        -11.98  163.47    5.68   -8.28   -6.55   20.04  -87.74  156.55
  10  1oct  A-gln  A.DA204      C.GLN44          8.90 -147.71   -1.25    8.28   -3.00   62.13   -4.03 -142.09
  11  1oct  A-ser  A.DA204      C.SER48         10.01 -126.61   -5.86    8.07    0.89   21.11   -7.37 -125.49
  12  1oct  A-glu  A.DA204      C.GLU51         14.87 -145.96  -11.08    8.90   -4.38   87.37   -5.57 -132.18
  13  1oct  T-thr  A.DT205      C.THR45          6.48 -148.19   -1.00    5.50    3.28  -35.77    2.63 -146.52
  14  1oct  T-ser  A.DT205      C.SER48        -10.33 -151.96   -5.14    8.73   -2.03   28.42  -17.90 -150.69
  15  1oct  G-thr  A.DG206      C.THR45         -7.46  178.53   -1.92   -7.19    0.56   34.46  -11.97  178.45
  16  1oct  G-arg  A.DG206      C.ARG49        -11.02  175.51    3.67   -9.94    3.04   54.67  -28.85  174.77
  17  1oct  C-arg  A.DC207      C.ARG49        -10.55  130.65   -1.73  -10.40    0.39   42.89  -25.07  125.22
  18  1oct  C-arg  A.DC207      C.ARG105        10.64   61.56   -9.91   -3.22    2.16    3.33   59.24   17.22
  19  1oct  A-arg  A.DA208      C.ARG105        10.98  -45.39  -10.37   -1.40   -3.30   18.22   38.36  -16.42
  20  1oct  A-arg  A.DA208      C.ARG113        17.53  -87.05  -14.54    6.53   -7.31   61.91   23.81  -59.97
  21  1oct  A-arg  A.DA209      C.ARG102        12.96  -64.64  -12.42   -3.69    0.50   19.39   38.44  -49.42
  22  1oct  A-arg  A.DA209      C.ARG105       -10.54  -77.58   -9.01    0.77   -5.43   32.27   40.40  -59.98
  23  1oct  A-thr  A.DA209      C.THR106       -12.45   76.08   -4.46   10.70    4.55  -24.22  -70.81   14.79
  24  1oct  A-ile  A.DA209      C.ILE108       -14.17  -36.15   -5.74   12.87   -1.43   -1.65  -27.04  -24.16
  25  1oct  A-arg  A.DA209      C.ARG113       -16.89 -120.22  -11.02    8.88   -9.21   63.56   10.27 -107.85
  26  1oct  A-trp  A.DA209      C.TRP148        11.47  103.87    6.57    5.65    7.52    2.91   44.45   96.44
  27  1oct  A-asn  A.DA209      C.ASN151         9.24 -165.14   -6.41    6.54   -1.24   44.17   60.06 -161.30
  28  1oct  A-lys  A.DA209      C.LYS155        12.02  116.35    8.46   -4.66    7.15    1.16   62.24  103.95
  29  1oct  A-arg  A.DA210      C.ARG102        13.00  -90.23  -12.62   -0.84   -3.03   31.67   30.70  -80.82
  30  1oct  A-lys  A.DA210      C.LYS103       -13.17  -49.41   -7.21    9.69    5.25  -32.94  -36.47   -5.27
  31  1oct  A-lys  A.DA210      C.LYS104       -14.22  106.94    5.65   12.26   -4.48   29.91   64.97   85.63
  32  1oct  A-arg  A.DA210      C.ARG105       -12.13 -102.76   -8.14    2.20   -8.71   44.67   29.25  -91.36
  33  1oct  A-thr  A.DA210      C.THR106       -13.69  -77.72   -3.34   13.06    2.39  -41.68  -63.09  -19.46
  34  1oct  A-val  A.DA210      C.VAL144        12.95   98.31    5.37    9.78    6.57    9.45   78.15   64.48
  35  1oct  A-val  A.DA210      C.VAL147         9.50  177.54    8.35   -4.40    1.13  -31.38  -26.50  177.38
  36  1oct  A-asn  A.DA210      C.ASN151         7.95  169.39    3.58   -6.02   -3.76  -61.24  -46.91  166.41
  37  1oct  T-arg  A.DT211      C.ARG102       -14.28 -123.19  -12.66    2.15   -6.23   35.07   24.54 -118.55
  38  1oct  T-lys  A.DT211      C.LYS103       -14.60  -59.01   -4.92   13.51    2.53  -42.55  -18.37  -37.59
  39  1oct  T-val  A.DT211      C.VAL147        -9.12  143.26    7.02   -5.17   -2.68  -31.13  -15.46  141.43
  40  1oct  C-ser  B.DC217      C.SER128       -15.00  -66.88   -9.78    8.86   -7.13   36.24   36.65  -44.16
  41  1oct  C-lys  B.DC217      C.LYS142        18.35  -89.91   -7.88   15.79   -5.07   36.13   69.78  -47.78
  42  1oct  C-arg  B.DC217      C.ARG146        14.28  -55.97   -8.39   11.34    2.24   15.64   47.13  -26.68
  43  1oct  C-lys  B.DC218      C.LYS125        15.78 -137.92  -15.08    2.61   -3.83   11.82   49.06 -133.24
  44  1oct  C-arg  B.DC218      C.ARG146        13.18  -86.99   -2.76   12.86   -0.85   32.48   47.52  -68.28
  45  1oct  C-cys  B.DC218      C.CYS150        11.54  -63.48   -5.57    8.38    5.65    2.43   35.14  -53.68
  46  1oct  C-arg  B.DC218      C.ARG153        14.95 -110.67  -12.78    7.73    0.61   48.20   62.91  -84.80
  47  1oct  T-lys  B.DT219      C.LYS125       -16.35 -155.82  -12.71    6.20   -8.22   28.65   34.22 -153.83
  48  1oct  T-cys  B.DT219      C.CYS150        10.66  -81.40   -2.86   10.10    1.89    8.36   20.66  -78.81
  49  1oct  T-arg  B.DT219      C.ARG153        13.68 -118.82   -9.41    9.25   -3.59   61.30   38.84 -101.70
  50  1oct  T-lys  B.DT220      C.LYS157        15.34 -128.23  -11.99    9.55    0.74   26.77    7.97 -126.53
  51  1oct  T-ser  B.DT223      C.SER56         13.43 -172.88  -11.81    5.85    2.61   78.96  -41.85 -169.98
  52  1oct  T-lys  B.DT223      C.LYS58        -15.63 -104.26  -10.08    8.56   -8.32   47.88   32.02  -91.06
  53  1oct  T-asn  B.DT223      C.ASN59         13.38  -79.77   -9.24    8.66    4.33  -40.87    3.90  -69.96
  54  1oct  T-lys  B.DT223      C.LYS62         16.93  -82.77  -14.55    8.20   -2.75   16.71   20.50  -79.16
  55  1oct  T-arg  B.DT223      C.ARG102        12.45   46.89  -11.36    4.59    2.22   27.19  -16.42   34.94
  56  1oct  T-phe  B.DT224      C.PHE42         13.51   37.27   -1.91   12.27    5.32   -1.35    5.84   36.80
  57  1oct  T-thr  B.DT224      C.THR46         10.40  140.67    5.66    1.06    8.65  -28.39   38.51  136.80
  58  1oct  T-arg  B.DT224      C.ARG49         12.06 -116.46   -5.79   10.20    2.79   24.96   60.01 -102.74
  59  1oct  T-leu  B.DT224      C.LEU55         11.64  144.35    9.48   -3.62   -5.72  -19.44  -72.43  134.61
  60  1oct  T-asn  B.DT224      C.ASN59        -13.74 -111.77   -6.97   11.83    0.55  -36.46   15.99 -106.76
  61  1oct  T-lys  B.DT224      C.LYS62        -17.62 -117.67  -12.18   11.04   -6.35   23.45   13.68 -115.67
  62  1oct  T-leu  B.DT224      C.LEU63         16.98 -113.68  -11.93   10.63    5.74  -60.86   16.39 -100.17
  63  1oct  T-arg  B.DT224      C.ARG102       -14.08  -32.87  -11.42    8.12   -1.33   20.82  -25.38   -1.63
  64  1oct  T-arg  B.DT224      C.ARG105        10.20   47.44   -9.49    1.43    3.47   32.81  -33.87    5.35
  65  1oct  G-asp  B.DG225      C.ASP41        -15.79 -162.72  -12.41    2.27    9.49  -41.38  -74.71 -156.40
  66  1oct  G-phe  B.DG225      C.PHE42         12.92   10.20    2.40   12.63    1.36   -9.66    3.27    0.08
  67  1oct  G-ser  B.DG225      C.SER43         10.76 -127.61   -8.48    6.55   -1.00  -33.95   77.50 -106.70
  68  1oct  G-thr  B.DG225      C.THR45          8.31 -141.05   -5.19    5.96    2.57   27.42   16.56 -139.41
  69  1oct  G-thr  B.DG225      C.THR46          9.41  109.20    7.44   -0.06    5.76  -23.33   51.56   97.72
  70  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG49         10.84 -140.82   -1.39   10.75   -0.00   40.74   39.22 -135.24
  71  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG102       -14.97  -49.97   -8.82   10.75   -5.55    3.36  -36.30  -34.77
  72  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG105       -10.31  -55.06   -9.54    3.91   -0.13   12.03  -47.33  -26.24
  73  1oct  C-thr  B.DC226      C.THR45         -7.82 -173.77   -2.54    7.16   -1.83   17.56   14.19 -173.64
  74  1oct  C-lys  B.DC226      C.LYS104       -14.16  152.22   13.16    2.51   -4.59   66.99   37.28  144.36
  75  1oct  C-arg  B.DC226      C.ARG105       -11.37  -65.61   -8.90    6.45   -2.94   -3.39  -34.34  -56.68
  76  1oct  A-thr  B.DA227      C.THR45         -6.83  150.54   -0.53   -5.80   -3.56  -38.91   -1.49  148.71
  77  1oct  A-ser  B.DA227      C.SER107       -13.93  120.59    3.63    1.86  -13.32   63.52  -38.15  103.24

****************************************************************************
List of 71 base-pair/amino-acid interactions
       id   bp-aa     nt1          nt2          aa              Tdst    Rdst    Tx      Ty      Tz      Rx      Ry      Rz
   1  1oct  AT-arg  B.DA229      A.DT203      C.ARG20        -19.52  117.19  -15.97   -9.33   -6.22  -41.53   15.52  111.52
   2  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG49        -12.01  110.94   -6.48   -9.84   -2.30   21.51  -51.98  100.00
   3  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG102        14.29  -31.63  -11.90   -7.65    1.98   13.43   28.49   -2.95
   4  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG105       -10.59  -45.43   -9.93   -1.42   -3.39   25.50   36.06  -10.92
   5  1oct  AT-arg  A.DA208      B.DT224      C.ARG113        17.31  -90.85  -14.39    6.97   -6.64   70.13   25.78  -55.99
   6  1oct  AT-arg  A.DA209      B.DT223      C.ARG102        12.71  -54.74  -11.96   -4.19   -0.89   23.07   27.36  -42.12
   7  1oct  AT-arg  A.DA209      B.DT223      C.ARG105       -10.29  -68.58   -8.18    0.74   -6.21   36.66   30.50  -50.81
   8  1oct  AT-arg  A.DA209      B.DT223      C.ARG113       -16.87 -116.63  -10.50    9.30   -9.38   73.35    5.41  -98.06
   9  1oct  AT-arg  A.DA210      B.DT222      C.ARG102       -13.20  -84.60  -12.59   -1.35   -3.71   32.25   24.46  -75.94
  10  1oct  AT-arg  A.DA210      B.DT222      C.ARG105       -12.11  -97.17   -7.84    1.95   -9.02   45.82   23.66  -85.44
  11  1oct  AT-arg  B.DA221      A.DT211      C.ARG102        14.18  115.79  -11.93   -1.95    7.41   37.89  -13.80  111.03
  12  1oct  AT-arg  A.DA213      B.DT219      C.ARG153       -13.63  118.33   -9.60   -9.00    3.57   62.96  -35.71  101.15
  13  1oct  AT-asn  A.DA208      B.DT224      C.ASN59         13.52  112.55   -7.23  -11.42    0.14  -38.45   -7.03  107.81
  14  1oct  AT-asn  A.DA209      B.DT223      C.ASN59        -13.39   77.54   -9.96   -8.07   -3.88  -34.03    7.88   70.36
  15  1oct  AT-asn  A.DA209      B.DT223      C.ASN151         9.34 -156.07   -6.69    6.48   -0.66   53.59   59.89 -148.51
  16  1oct  AT-asn  A.DA210      B.DT222      C.ASN151         7.73  175.46    3.73   -5.97   -3.21  -66.31  -46.20  174.04
  17  1oct  AT-cys  A.DA213      B.DT219      C.CYS150       -10.45   82.10   -3.17   -9.77   -1.89    9.43  -17.73   80.04
  18  1oct  AT-gln  B.DA229      A.DT203      C.GLN27        -12.65  160.63  -11.13   -5.09    3.19  -44.88  -77.69  152.54
  19  1oct  AT-gln  B.DA229      A.DT203      C.GLN44        -10.82  115.12   -4.79   -9.70   -0.08   67.58  -19.25   98.01
  20  1oct  AT-gln  A.DA204      B.DT228      C.GLN27        -11.93  166.48    5.68   -8.49   -6.16   16.93  -84.96  161.38
  21  1oct  AT-gln  A.DA204      B.DT228      C.GLN44          8.85 -145.35   -1.20    8.29   -2.86   64.97   -7.53 -138.55
  22  1oct  AT-glu  A.DA204      B.DT228      C.GLU51         14.79  -90.29   -0.94   12.66    7.59  -40.17   80.28  -10.94
  23  1oct  AT-ile  B.DA229      A.DT203      C.ILE21         17.69  140.07  -13.19   -6.51    9.84   -9.96  -57.42  133.98
  24  1oct  AT-ile  A.DA209      B.DT223      C.ILE108       -14.05  -45.00   -5.64   12.74   -1.80    1.85  -39.75  -21.44
  25  1oct  AT-leu  A.DA208      B.DT224      C.LEU55        -11.39 -149.57    9.27    3.36    5.69  -23.35   66.87 -142.43
  26  1oct  AT-leu  A.DA208      B.DT224      C.LEU63         16.88  116.53  -12.54  -10.40   -4.43  -63.20   -7.65  103.50
  27  1oct  AT-lys  A.DA204      B.DT228      C.LYS17        -18.00  178.12   14.14   -7.20   -8.51    4.21  -42.94  177.98
  28  1oct  AT-lys  A.DA208      B.DT224      C.LYS62         17.46  113.44  -12.10  -10.36    7.14   21.84   -5.49  111.96
  29  1oct  AT-lys  A.DA209      B.DT223      C.LYS58         15.58   97.17   -9.91   -8.49    8.52   54.71  -24.55   80.41
  30  1oct  AT-lys  A.DA209      B.DT223      C.LYS62         16.98   76.57  -14.77   -7.60    3.52   23.46  -10.58   72.75
  31  1oct  AT-lys  A.DA209      B.DT223      C.LYS155        12.22  111.66    8.02   -4.08    8.28   -9.80   54.07  101.45
  32  1oct  AT-lys  A.DA210      B.DT222      C.LYS103       -13.29  -56.30   -7.88    9.58    4.78  -35.38  -43.65   -3.71
  33  1oct  AT-lys  A.DA210      B.DT222      C.LYS104       -14.28  103.49    5.38   12.13   -5.25   22.30   62.89   84.32
  34  1oct  AT-lys  B.DA221      A.DT211      C.LYS103        14.53   67.18   -5.13  -13.50   -1.59  -46.94   30.72   38.56
  35  1oct  AT-lys  A.DA212      B.DT220      C.LYS157       -15.24  126.42  -12.14   -9.18   -0.66   26.14   -7.61  124.74
  36  1oct  AT-lys  A.DA213      B.DT219      C.LYS125        16.19  156.20  -12.64   -6.01    8.15   31.37  -32.17  154.22
  37  1oct  AT-phe  A.DA208      B.DT224      C.PHE42        -13.70  -40.01   -2.53  -12.67   -4.56  -10.22   -4.94  -38.43
  38  1oct  AT-ser  B.DA229      A.DT203      C.SER48        -11.58   87.13   -8.41   -6.64   -4.39   30.60    0.15   82.61
  39  1oct  AT-ser  A.DA204      B.DT228      C.SER48          9.93 -125.38   -5.92    7.94    0.78   23.33  -11.93 -123.79
  40  1oct  AT-ser  B.DA227      A.DT205      C.SER48         10.37  152.19   -4.85   -8.92    2.09   26.76   18.96  150.98
  41  1oct  AT-ser  B.DA227      A.DT205      C.SER107       -13.72  120.33    3.45    2.22  -13.09   64.99  -38.86  101.87
  42  1oct  AT-ser  A.DA209      B.DT223      C.SER56        -13.35   90.10   -4.50  -12.57    0.15   -6.23  -78.04   48.75
  43  1oct  AT-thr  B.DA229      A.DT203      C.THR26         13.45   58.18   -2.51  -13.19   -0.70  -17.63  -26.42   49.39
  44  1oct  AT-thr  B.DA227      A.DT205      C.THR45         -6.65  149.36   -0.76   -5.65   -3.42  -37.34   -2.05  147.61
  45  1oct  AT-thr  A.DA208      B.DT224      C.THR46        -10.47 -143.48    5.83   -1.89   -8.49  -35.34  -44.18 -138.31
  46  1oct  AT-thr  A.DA209      B.DT223      C.THR106       -12.24   88.85   -4.96   10.54    3.77  -23.98  -84.29   16.44
  47  1oct  AT-thr  A.DA210      B.DT222      C.THR106       -13.61  -84.35   -3.84   12.88    2.19  -42.84  -70.72  -18.40
  48  1oct  AT-trp  A.DA209      B.DT223      C.TRP148        11.45  101.29    6.02    6.18    7.54   -7.55   35.76   96.20
  49  1oct  AT-val  A.DA210      B.DT222      C.VAL144        12.90   94.14    4.85   10.35    5.99    2.43   74.57   62.19
  50  1oct  AT-val  A.DA210      B.DT222      C.VAL147         9.44 -177.78   -8.53    3.83    1.33   37.06   24.02 -177.61
  51  1oct  AT-val  B.DA221      A.DT211      C.VAL147        -9.19 -149.81    7.12    5.31    2.37  -42.28   11.70 -147.39
  52  1oct  GC-arg  A.DG206      B.DC226      C.ARG49         11.14  174.67    3.34   -9.86    3.98   45.92  -30.78  173.98
  53  1oct  GC-arg  A.DG206      B.DC226      C.ARG105        11.24   73.06   -8.49   -6.69    3.11   -0.59   41.26   61.67
  54  1oct  GC-arg  B.DG225      A.DC207      C.ARG49         10.69 -135.66   -1.58   10.57   -0.18   41.82   32.16 -130.18
  55  1oct  GC-arg  B.DG225      A.DC207      C.ARG102       -15.17  -52.80   -8.81   10.28   -6.84   -0.85  -42.84  -31.61
  56  1oct  GC-arg  B.DG225      A.DC207      C.ARG105       -10.47  -57.77   -9.76    3.61   -1.15    7.66  -53.29  -21.80
  57  1oct  GC-arg  A.DG214      B.DC218      C.ARG146       -13.22   81.82   -3.10  -12.84    0.55   33.12  -42.77   63.89
  58  1oct  GC-arg  A.DG214      B.DC218      C.ARG153       -15.04  105.31  -13.12   -7.36   -0.34   48.96  -59.02   78.67
  59  1oct  GC-arg  A.DG215      B.DC217      C.ARG146       -14.12   54.56   -8.22  -11.26   -2.24   17.71  -44.22   27.42
  60  1oct  GC-asp  B.DG225      A.DC207      C.ASP41        -15.83  145.24    7.69    5.05  -12.89   14.51  -88.51  130.16
  61  1oct  GC-cys  A.DG214      B.DC218      C.CYS150       -11.64   58.75   -6.02   -8.19   -5.66    2.88  -29.51   51.30
  62  1oct  GC-lys  A.DG206      B.DC226      C.LYS104        14.00 -147.17   13.14   -1.87    4.47   60.50  -32.46 -139.97
  63  1oct  GC-lys  A.DG214      B.DC218      C.LYS125       -15.77  133.59  -15.05   -2.40    4.03   15.10  -45.64  128.88
  64  1oct  GC-lys  A.DG215      B.DC217      C.LYS142       -18.20   88.73   -7.54  -15.85    4.81   38.75  -67.02   47.26
  65  1oct  GC-phe  B.DG225      A.DC207      C.PHE42        -12.94   16.35    2.22   12.74    0.40  -16.24   -1.72    0.81
  66  1oct  GC-ser  B.DG225      A.DC207      C.SER43         10.70 -125.48   -8.19    6.60   -1.95  -34.20   69.17 -108.25
  67  1oct  GC-ser  A.DG215      B.DC217      C.SER128        14.83   66.84   -9.41   -8.96    7.15   38.53  -33.77   44.47
  68  1oct  GC-thr  A.DG202      B.DC230      C.THR26         12.81  -35.78   -6.69   10.25    3.78  -25.47   20.05  -15.35
  69  1oct  GC-thr  A.DG206      B.DC226      C.THR45         -7.64  176.19   -2.23   -7.21    1.19   26.03  -13.35  176.06
  70  1oct  GC-thr  B.DG225      A.DC207      C.THR45          8.13 -137.49   -5.46    5.69    1.99   29.38    9.20 -135.83
  71  1oct  GC-thr  B.DG225      A.DC207      C.THR46          9.34  109.47    7.63    0.45    5.38  -31.44   53.14   95.45

****************************************************************************
List of 25 phosphate/amino-acid H-bonds
       id    nt-atom         aa-atom            dist     type
   1  1oct  OP1@A.DT203      NH2@C.ARG20        2.74 po4:sidechain:salt-bridge
   2  1oct  OP2@A.DT203      NH2@C.ARG20        3.02 po4:sidechain:salt-bridge
   3  1oct  OP2@A.DT203      N@C.GLN27          3.19 po4:backbone
   4  1oct  OP2@A.DA204      NE2@C.GLN27        2.79 po4:sidechain
   5  1oct  OP2@A.DA204      OG@C.SER48         2.60 po4:sidechain
   6  1oct  OP1@A.DA208      NH2@C.ARG113       2.69 po4:sidechain:salt-bridge
   7  1oct  OP1@A.DA210      N@C.THR106         2.96 po4:backbone
   8  1oct  OP1@A.DA210      OG1@C.THR106       2.37 po4:sidechain
   9  1oct  OP1@A.DT211      N@C.LYS103         3.10 po4:backbone
  10  1oct  OP1@B.DC217      NZ@C.LYS142        3.64 po4:sidechain:salt-bridge
  11  1oct  O5'@B.DC217      OG@C.SER128        3.41 po4:sidechain
  12  1oct  OP2@B.DC218      NE@C.ARG146        2.90 po4:sidechain:salt-bridge
  13  1oct  OP1@B.DT219      NZ@C.LYS125        3.21 po4:sidechain:salt-bridge
  14  1oct  OP2@B.DT219      NE@C.ARG153        3.04 po4:sidechain:salt-bridge
  15  1oct  OP2@B.DT219      NH2@C.ARG153       2.58 po4:sidechain:salt-bridge
  16  1oct  O3'@B.DC218      NZ@C.LYS125        3.44 po4:sidechain
  17  1oct  O3'@B.DC218      NH2@C.ARG153       3.14 po4:sidechain
  18  1oct  OP2@B.DT223      OG@C.SER56         2.61 po4:sidechain
  19  1oct  OP1@B.DT224      NZ@C.LYS62         2.42 po4:sidechain:salt-bridge
  20  1oct  OP2@B.DT224      ND2@C.ASN59        2.83 po4:sidechain
  21  1oct  OP1@B.DG225      N@C.SER43          3.26 po4:backbone
  22  1oct  OP2@B.DG225      N@C.SER43          3.12 po4:backbone
  23  1oct  OP2@B.DG225      OG@C.SER43         2.74 po4:sidechain
  24  1oct  OP2@B.DG225      OG1@C.THR46        2.45 po4:sidechain
  25  1oct  OP1@B.DC226      N@C.ARG105         3.82 po4:backbone

****************************************************************************
List of 1 sugar/amino-acid H-bonds
       id    nt-atom         aa-atom            dist     type
   1  1oct  O4'@A.DA208      NH2@C.ARG105       3.40 sugar:sidechain

****************************************************************************
List of 12 base/amino-acid H-bonds
       id    nt-atom         aa-atom            dist     type
   1  1oct  N7@A.DA204       NE2@C.GLN44        3.16 base:sidechain
   2  1oct  N6@A.DA204       OE1@C.GLN44        3.37 base:sidechain
   3  1oct  O4@A.DT205       OG1@C.THR45        2.93 base:sidechain
   4  1oct  N7@A.DG206       NH2@C.ARG49        3.44 base:sidechain
   5  1oct  N3@A.DA208       NH1@C.ARG105       3.23 base:sidechain
   6  1oct  N7@A.DA210       ND2@C.ASN151       3.47 base:sidechain
   7  1oct  N6@A.DA210       OD1@C.ASN151       3.54 base:sidechain
   8  1oct  N3@A.DA210       NH2@C.ARG102       3.85 base:sidechain
   9  1oct  O2@B.DT223       NH2@C.ARG102       3.69 base:sidechain
  10  1oct  O6@B.DG225       NH1@C.ARG49        2.84 base:sidechain
  11  1oct  O6@B.DG225       NH2@C.ARG49        3.21 base:sidechain
  12  1oct  N4@B.DC226       OG1@C.THR45        3.22 base:sidechain

****************************************************************************
List of 7 base/amino-acid pairs
       id   nt-aa   nt           aa      vertical-distance   plane-angle
   1  1oct  A-gln  A.DA204      C.GLN44         0.05              9
   2  1oct  G-arg  A.DG206      C.ARG49         1.68             26
   3  1oct  A-arg  A.DA208      C.ARG105        0.33             44
   4  1oct  A-arg  A.DA210      C.ARG102        2.12             37
   5  1oct  A-asn  A.DA210      C.ASN151        0.70             27
   6  1oct  T-arg  B.DT223      C.ARG102        1.17             49
   7  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG49         0.44             32

****************************************************************************
List of 2 base/amino-acid stacks
       id   nt-aa   nt           aa      vertical-distance   plane-angle
   1  1oct  T-gln  A.DT203      C.GLN44         3.79              1
   2  1oct  G-arg  B.DG225      C.ARG105        3.31             37

****************************************************************************
List of 19 nucleotides interacting with amino acids
   1 A.DG202  d=3.25 C5'@A.DG202   CG2@C.THR26   aas=1 T C.THR26 ...
   2 A.DT203  d=2.74 OP1@A.DT203   NH2@C.ARG20   aas=6 RITQQS C.ARG20,C.ILE21,C.THR26,C.GLN27,C.GLN44,C.SER48 h..,...,...,h..,..s,...
   3 A.DA204  d=2.60 OP2@A.DA204   OG@C.SER48    aas=5 KQQSE C.LYS17,C.GLN27,C.GLN44,C.SER48,C.GLU51 ...,h..,hp.,h..,...
   4 A.DT205  d=2.93 O4@A.DT205    OG1@C.THR45   aas=2 TS C.THR45,C.SER48 h..,...
   5 A.DG206  d=3.44 N7@A.DG206    NH2@C.ARG49   aas=2 TR C.THR45,C.ARG49 ...,hp.
   6 A.DC207  d=3.53 N4@A.DC207    NH2@C.ARG49   aas=2 RR C.ARG49,C.ARG105 ...,...
   7 A.DA208  d=2.69 OP1@A.DA208   NH2@C.ARG113  aas=2 RR C.ARG105,C.ARG113 hp.,h..
   8 A.DA209  d=3.35 O4'@A.DA209   NH1@C.ARG105  aas=8 RRTIRWNK C.ARG102,C.ARG105,C.THR106,C.ILE108,C.ARG113,C.TRP148,C.ASN151,C.LYS155 ...,...,...,...,...,...,...,...
   9 A.DA210  d=2.37 OP1@A.DA210   OG1@C.THR106  aas=8 RKKRTVVN C.ARG102,C.LYS103,C.LYS104,C.ARG105,C.THR106,C.VAL144,C.VAL147,C.ASN151 hp.,...,...,...,h..,...,...,hp.
  10 A.DT211  d=3.10 OP1@A.DT211   N@C.LYS103    aas=3 RKV C.ARG102,C.LYS103,C.VAL147 ...,h..,...
  11 B.DC217  d=3.29 C5'@B.DC217   OG@C.SER128   aas=3 SKR C.SER128,C.LYS142,C.ARG146 h..,h..,...
  12 B.DC218  d=2.90 OP2@B.DC218   NE@C.ARG146   aas=4 KRCR C.LYS125,C.ARG146,C.CYS150,C.ARG153 h..,h..,...,h..
  13 B.DT219  d=2.58 OP2@B.DT219   NH2@C.ARG153  aas=3 KCR C.LYS125,C.CYS150,C.ARG153 h..,...,h..
  14 B.DT220  d=3.96 OP2@B.DT220   CE@C.LYS157   aas=1 K C.LYS157 ...
  15 B.DT223  d=2.61 OP2@B.DT223   OG@C.SER56    aas=5 SKNKR C.SER56,C.LYS58,C.ASN59,C.LYS62,C.ARG102 h..,...,...,...,hp.
  16 B.DT224  d=2.42 OP1@B.DT224   NZ@C.LYS62    aas=9 FTRLNKLRR C.PHE42,C.THR46,C.ARG49,C.LEU55,C.ASN59,C.LYS62,C.LEU63,C.ARG102,C.ARG105 ...,...,...,...,h..,h..,...,...,...
  17 B.DG225  d=2.45 OP2@B.DG225   OG1@C.THR46   aas=8 DFSTTRRR C.ASP41,C.PHE42,C.SER43,C.THR45,C.THR46,C.ARG49,C.ARG102,C.ARG105 ...,...,h..,...,h..,hp.,...,..s
  18 B.DC226  d=3.22 N4@B.DC226    OG1@C.THR45   aas=3 TKR C.THR45,C.LYS104,C.ARG105 h..,...,h..
  19 B.DA227  d=3.71 OP1@B.DA227   OG@C.SER107   aas=2 TS C.THR45,C.SER107 ...,...
« Last Edit: January 11, 2021, 10:39:48 am by xiangjun »
Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊]
Email: xiangjun@x3dna.org
Homepage: http://x3dna.org/
Forum: http://forum.x3dna.org/

* Click "NOTIFY" to receive email notifications
* Original Poster, please provide a summary
* DSSR has superseded the 3DNA v2.4 suite

 

Created and maintained by Dr. Xiang-Jun Lu [律祥俊] (xiangjun@x3dna.org)
The Bussemaker Laboratory at the Department of Biological Sciences, Columbia University.